澗水湛如藍

Selected Papers 121711

2011-12-17T12:47:00.000+08:00

biochemistry
How Fast-Folding Proteins Fold
A Mechanism for the Evolution of Phosphorylation Sites

biophysics
Chemically Mediated Mechanical Expansion of the Pollen Tube Cell Wall
Nonequilibrium Candidate Monte Carlo Is an Efficient Tool for Equilibrium Simulation

autophagy
Autophagy: Renovation of Cells and Tissues
Autophagy [special issue]
Canonical and Non-canonical Autophagy: Variations on a Common Theme of Self-eating? [perspective]
Atg8 Transfer from Atg7 to Atg3: A Distinctive E1-E2 Architecture and Mechanism in the Autophagy Pathway
Structural Basis of Atg8 Activation by a Homodimeric E1, Atg7
Microtubule-associated Protein 1 Light Chain 3 Alpha (LC3)-associated Phagocytosis Is Required for the Efficient Clearance of Dead Cells

cell biology
ER Tubules Mark Sites of Mitochondrial Division
Extracting a Cellular Hierarchy from High-Dimensional Cytometry Data with SPADE
Linking Flickering to Waves and Whole-Cell Oscillations in a Mitochondrial Network Model
Physical Limits of Cells and Proteomes
A Quantitative Model for Ordered Cdk Substrate Dephosphorylation during Mitotic Exit
A Highly Dynamic ER-Derived Phosphatidylinositol-Synthesizing Organelle Supplies Phosphoinositides to Cellular Membranes

developmental biology
Measurement and Perturbation of Morphogen Lifetime: Effects on Gradient Shape

developmental biology, computational biology
Dynamics and Control of State-dependent Networks for Probing Genomic Organization

ecology, computational biology
Bayesian Modeling to Unmask and Predict Influenza A/H1N1pdm Dynamics in London
Temporal Dynamics of Bacterial Aging and Rejuvenation

evolution, computational biology
Predictability of Evolutionary Trajectories in Fitness Landscapes

imaging
Single-Molecule Transcript Counting of Stem-Cell Markers in the Mouse Intestine
A Reversibly Photoswitchable GFP-like Protein with Fluorescence Excitation Decoupled from Switching
Probing Protein Heterogeneity in the Plasma Membrane Using PALM and Pair Correlation Analysis

Song of the Day

2011-12-03T08:13:00.001+08:00

今年的生日選歌是梅村的Happiness is here and now :)

相當感謝在過去一年艱辛的日子中，
仍有許多善良的因緣匯集與種子萌發。

首先是一行師父跟梅村僧團（還有晨光跟游老師等...）
讓我在強烈的世俗八風席捲過後，
還能重新找回安穩與自在，
即使必須以相當短的時間弄好碩論和申請學校的考試與資料，
還是可以隨時回到當下，按部就班地把事情完成

再來是四位幫我寫推薦信的老師們
本年度的奮戰目標有一半正好deadline在12/01，
看到學校網頁顯示letter received，
真的是今年最大的生日禮物:)

還有實驗室的大家以及眾多在國外的同學與朋友們
感謝你們無私的幫助，
今年如果真的能申請到學校&&未來能有任何好的成就，
你們功不可沒;)

不能不提本年度幾個新認識的朋友們
從你們每個人獨特的life history，
我成長了很多而且多了不少歡樂的時光;D

最後很感謝100-1T的準POA們
認識你們讓我有機會開拓原本狹隘的視野、
得以學著在種種環境中掌握心緒轉化心念；
還有幾個原本就認識的同學朋友沒注意到我的生日，
讓我可以平平安安地渡過莒光日。
星期四吃晚餐前在餐廳門口，
陳宜嶸說他很累問我要不要當一日POA，
原本讓我以為別有陰謀，
不過在我直接回絕後他的反應讓我知道應該是多慮了。
記不記得生日這種很表層的東西向來不是我衡量友誼的標準，
今年生日最快樂的兩個moments要感謝楊智凱跟黃顯欽：
星期四下午楊智凱轉診失敗跑過來坐我這邊哈幹，
我很喜歡跟別人聊biology &&
謝謝你幫忙看了我已經送出去的申請資料，
並給了一些要是今年失敗明年再來時有用的意見，
還有謝謝你覺得我自認寫得沒有很好的PHS很不錯，
把它推銷出去給江杰翰過目還有被小小地傳閱了一番，
這給我帶來不少的信心:)
星期四洗完澡黃顯欽又啓動了Dixit邀約，
玩得很開心雖然被集合打斷不過我是該回合的最高分呵呵:)
雖然天性有Dororo...uhhh...
或者說很容易就變成路邊一棵不起眼的松樹的傾向，
而且實際上我很喜歡這種一個人靜靜地看世界變化的感覺，
不過對於偶爾路過願意駐足聊聊我們各自眼中的世界或是
常常跑來跑來拍拍枝幹澆澆養分與水的人們，
你們會是大樹願意在烈陽下提供遮蔽暴雨中提供躲藏的朋友:)

Selected Papers 101511

2011-10-15T21:34:00.000+08:00

synthetic biology
Entrainment of a Population of Synthetic Genetic Oscillators

autophagy
The WD40 Repeat PtdIns(3)P-Binding Protein EPG-6 Regulates Progression of Omegasomes to Autophagosomes
p62/SQSTM1 in autophagic clearance of a non-ubiquitylated substrate

cell biology
Reconstructing Regulatory Network Transitions [review]
Commitment to a Cellular Transition Precedes Genome-wide Transcriptional Change
Distinct Interactions Select and Maintain a Specific Cell Fate
The Min Oscillator Uses MinD-Dependent Conformational Changes in MinE to Spatially Regulate Cytokinesis
Divergent Strategies for Controlling the Nuclear Membrane Satisfy Geometric Constraints during Nuclear Division
Chromosome Organization by a Nucleoid-Associated Protein in Live Bacteria
The Spatial Arrangement of Chromosomes during Prometaphase Facilitates Spindle Assembly
Rapid Microtubule Self-Assembly Kinetics
In Vitro Centromere and Kinetochore Assembly on Defined Chromatin Templates

cell biology, quantitative biology
Random Partitioning of Molecules at Cell Division
Integrating Multiple Signals into Cell Decisions by Networks of Protein Modification Cycles

developmental biology
Generation of Spatial Patterns Through Cell Polarity Switching

developmental biology, modeling
Does the Potential for Chaos Constrain the Embryonic Cell-Cycle Oscillator?

evolution
Signalling and the Evolution of Cooperative Foraging in Dynamic Environments

evolution, cancer biology, theoretical biology
Stochastic State Transitions Give Rise to Phenotypic Equilibrium in Populations of Cancer Cells

ecology
A Unifying Approach for Food Webs, Phylogeny, Social Networks, and Statistics

imaging
An Expanded Palette of Genetically Encoded Ca2+ Indicators
Superresolution Imaging of Multiple Fluorescent Proteins with Highly Overlapping Emission Spectra in Living Cells
Quantifying Spatial Correlations of Fluorescent Markers Using Enhanced Background Reduction with Protein Proximity Index and Correlation Coefficient Estimations

當兵當修行

2011-10-01T11:33:00.000+08:00

很久以前，在晨曦社板上看過文威學長講軍中環境是不算小的逆緣；
當我還在台大而為晋先跑去當兵之時，為晋也是如此認為。
不過一直到正式踏進這個環境前我還是認為有辦法克服，
即使升碩二以來某些因素把持續有一段時日的工夫打斷了。

經過新訓這八週，
我才體會到有些心境甚至言行若不是有深刻的底子是很難轉化掉的，
還好在部隊裡選擇不碰葷食，讓某些起伏的可能性消失了，
不然應該要花很久的時間才能恢復吧。

儘管如此，其實我還滿喜歡入伍訓單純的生活，
嗯，還有五班與六班的大家，讓我這八週大部份時間都是在歡笑中度過，
不過最後一星期全連流行模仿李榮森喊換手讓我一直狂笑，
害我在其他人的腦海中除了狀況外之外，還多了笑點極低的刻板印象⋯

到北投後，即使有很多很多事情要準備，
還是要找個時間回山上，另外也應該到農禪寺跟雲來寺走走，
兩座寺院都離政戰學校不到兩公里，不去拜訪實在說不過去。

Ajahn Chah跟Ajahn Sumedo的這個故事
（摘自奚淞老師的〈看，那飄落的葉片〉），
應該可以做為當兵當修行的參考吧！

……午後的陽光炙熱，比丘蘇美多掃除林地落葉，心裡不禁焦躁起來。

出家不久的他，滿懷追求開悟的熱忱，來到阿姜查主持的森林寺院——巴蓬寺。待了一段時日，他發現這裡的修行生活圍繞於清理環境、挑水、打掃落葉等單調寺務上。

看看，昨天掃過的地面，今天又滿鋪落葉；就算今天掃乾淨，明日又待如何？「我是來攻讀佛學和修行的，如今我竟在毫無目的的掃落葉……」比丘蘇美多怨忿地想：「我的聰明、才智，都在這裡白白耗費了！」他開始覺得一切都令人厭惡，法師不好、比丘教育不足，他也怨恨太陽、怨恨落葉，討厭一切的一切……他氣惱地持竹帚嘩嘩刮掃地面，激得枯葉泥塵四散紛飛。

驀地，他發現阿姜查竟站立眼前，什麼時候走來的也不知道。

「苦在哪兒？在巴蓬寺苦嗎？」阿姜查裂開他那著名的、把圓臉橫切成上下兩截的笑容，向蘇美多拋下一句問話。然後，法師悠然轉身、穿越林間小徑走開，留下持帚怔立的蘇美多。

「苦嗎？剛才確實是滿心煩惱啊！」比丘蘇美多捉摸法師突兀的問話，心想：「可是，這一打斷，剛才的苦究竟跑到哪裡去了？苦，是什麼在苦？巴蓬寺不苦，掃地也不算苦。那麼，製造一大堆牢騷和怨恨的又是誰？」

經阿姜查一句話點醒，比丘蘇美多直下看到了自己的心。

重新掃地的他，動作減慢、兩手使力也均勻了。午後的樹林寂靜，沙沙的竹帚觸地聲，把他帶入平寧的正念觀照中。落葉撇掃成堆，而他的心，正像那經清掃而敞露出的泥沙地，平整、清爽，有著脈絡分明的竹帚掃痕……

Selected Papers 073011

2011-07-30T17:44:00.007+08:00

biochemistry
A Synthetic Prestin Reveals Protein Domains and Molecular Operation of Outer Hair Cell Piezoelectricity

genetics
Fundamental Relationship between Operon Organization and Gene Expression

autophagy
SNARE Proteins Are Required for Macroautophagy
Autophagosome Precursor Maturation Requires Homotypic Fusion
Mitochondria Regulate Autophagy by Conserved Signalling Pathways
Distinct Autophagosomal-Lysosomal Fusion Mechanism Revealed by Thapsigargin-Induced Autophagy Arrest

cell biology
On a Bender—BARs, ESCRTs, COPs, and Finally Getting Your Coat [review]
The Nucleoplasmic Reticulum: Form and Function [review]
Metazoan Operons Accelerate Recovery from Growth-Arrested States
Feedback Control in Sensing Chromosome Biorientation by the Aurora B Kinase
Dynamics of Cdk1 Substrate Specificity during the Cell Cycle
Temporal and Spatial Oscillations in Bacteria [review]
Modularity of the Bacterial Cell Cycle Enables Independent Spatial and Temporal Control of DNA Replication
Micropatterned Mammalian Cells Exhibit Phenotype-specific Left-right Asymmetry

cell biology, evolution
Evolution of the Mitochondrial Fusion–Fission Cycle and Its Role in Aging
Non-adaptive Origins of Interactome Complexity

cell biology, modeling
Turing's Next Steps: The Mechanochemical Basis of Morphogenesis [perspective]

developmental biology
Scales of Understanding in Biological Development [special issue]
A Decade of Developmental Cell [special issue]

neuroscience
Perceiving Spatial Relations via Attentional Tracking and Shifting
The Human Visual System's Assumption That Light Comes from Above Is Weak

neuroscience, modeling
Using Theoretical Models to Analyse Neural Development [review]

ecology
How Social Influence can Undermine the Wisdom of Crowd Effect
Gene Flow Increases Fitness at the Warm Edge of a Species’ Range
Aerosol–cloud–precipitation System as a Predator-prey Problem

evolution
Chaos and Unpredictability in Evolutionary Dynamics in Discrete Time

imaging
Fast, Three-dimensional Super-resolution Imaging of Live Cells

論文致謝

2011-07-16T00:25:00.000+08:00

真的沒想到，這個當初合力接手時，還深埋在荊棘荒礫中的小苗，在眾人的心力灌溉下，短短一年不到的時光就能如此茁壯。雖然還未到花開果熟的時節，但抬頭仰望那鮮綠的枒葉，或者低頭俯瞰它堅穩的腳根，抑或伸手撫抱它那年輕卻已佈滿歲月滄桑紋理的枝幹，就足以讓我心裡漾起一抹微笑──是的，正如收穫季節你會在農夫臉上見到的，那種陽光下滴滴汗水揮灑凝聚而成的笑容。

這個研究主題能有今日的生機盎然，首先要感謝我現在的指導教授楊維元老師。想起碩一下在原本的題目遇到瓶頸時，雖然那時候還不是實驗室的一份子，老師卻樂意聽我訴苦，並給我許多實用可行的建議；也記得某晚心情極糟時，冒昧打電話給老師，打算問問看可能的解決辦法，想不到老師真的大半夜跑出來陪我聊天，雖然事情最後並不是朝原先所想的那樣發展。無論如何，真的感謝老師給我這個機會學習PALM這個在生物顯微技術領域中相當新穎的方法，從架設光路、使用電腦控制周邊設備、組裝符合運算需求的電腦、設定Linux作業環境，到寫程式分析資料。雖然因為老師總是讓我們自己嘗試，所以過程中遇到很多障礙，不過還好老師也會適時地幫忙分析、排除問題，柳暗花明後又是一條可行的小徑。

碩士班兩年的歲月，待在實驗室的時間少說也有三分之一，要是沒有身邊夥伴的引領與支持，大概沒有辦法完成手上這本論文。首先是正偉，謝謝你在我碩一下的那段黑暗時光，願意花時間聽我的抱怨、打消我想要放棄的念頭，在當時的一片闇黑渾沌中，你是少數的光亮與溫暖。接下來是聿賢，謝謝你願意和我分享一切你所知道的，無論是實驗上的、生活上的，還是海賊王；當實驗操作或是程式除錯遇到困難時，總是有人可以討論的感覺很好。再來是惠君跟柏樺，謝謝你們教我許多細胞與分生實驗的技巧，還有實驗室裡大大小小儀器的操作。最後要謝謝旭祺、顯壹和佩璇，還好一路上有你們三個好同學的互相扶持，讓我的奮鬥不顯得孤單。

此外，我要真心感謝在這兩年內，特別是我換實驗室前後的那段日子，曾經陪我聊天，甚至出過好主意的朋友與師長們：遠在UCSD的家宜以及NYU的暐翔學長，有你們走在前方，讓我更有勇氣朝理論生物學的未知疆域前進；國中時代的好朋友映均和大學時期的好學弟明翰，你們的故事分享，讓我知道每個實驗室或家庭都有本難念的經；還有景旭、桑傑、宗諺、慧柔、明媛、景賀、國華、彥鈞、振華、姜寧、幸怡、婕媞、冠毅、雅丹、惠明、乙雯、禮鋒學長、信增學長，你們適時的關心鼓勵或幫忙，讓我看見這個世界最美好的一面；當然也要謝謝王致恬老師、何佳幸老師、吳世雄老師、張震東老師，願意同年輕氣盛的我分享你們珍貴的人生歷練。

人總要經過磨難才能有所成長，研究工作也是如此。所以我要感謝王偉仲老師、陳光超老師和陳培菱老師，對於我們的主題與我的論文中尚待補強之處所給的批判與建議，無論是軟硬體部分的可能提升，還是生物學與實驗上的邏輯思考。此外，我也應該感謝之前的指導教授史有伶老師，在我分生與生化實驗技術上的教導與啟發。

另外，我要感謝這一路上遇到的各個繽紛有趣的生物們，特別是那些出沒或是定居在台大農場中的，你們身上展現的動人生命力與複雜秩序，是促使我繼續前進的原動力；還有佛法僧三寶與眾多在佛學上的良師益友，特別是台大晨曦社的各位、曾德明老師和林純瑜老師、聖嚴師父與法鼓山僧團，以及一行師父與梅村僧團，是你們讓我找回生命中真正的安穩。

最後，我要謝謝我的好朋友與家人們：首先是向上和為晋，感謝你們對我智識上的啟發，即使你們知道我有很多會讓人不快的脾氣和個性，還是願意在我最需要的時候聆聽陪伴，你們的友誼就像月光，單純卻有照亮我心中黑暗的力量；再來是耀華，雖然我們認識不久，但和你無意間的再次相遇，讓我重新找回生命裡失落已久的開朗和樂觀；當然最該感謝的，是願意容忍我不當濟世救人的醫生、讓我得以追求自己夢想的爸爸和媽媽。

實驗技術終究會過時，科學理論常常會被修正，但生命裡有些事物，我相信是可以恆久長存的。正如席慕蓉在〈詩的成因〉中所寫的：「為了爭得那些終必要丟棄的／我付出了／整整的一日啊　整整的一生／日落之後　我才開始／不斷地回想／回想在所有溪流旁的／淡淡的陽光　和／淡淡的花香」謹以此篇致謝，聊記這些輕柔美好的陽光與花香。

Selected Papers 051411

2011-05-14T10:10:00.004+08:00

biophysics, plant physiology
Growth, Geometry, and Mechanics of a Blooming Lily
Universal Rule for the Symmetric Division of Plant Cells

biochemistry, membrane biology
A 3D Analysis of Yeast ER Structure Reveals How ER Domains Are Organized by Membrane Curvature

synthetic biology, evolution
A System for the Continuous Directed Evolution of Biomolecules

autophagy
Atg1-mediated Myosin II Activation Regulates Autophagosome Formation during Starvation-induced Autophagy
Microautophagy of Cytosolic Proteins by Late Endosomes
Lysosomal Positioning Coordinates Cellular Nutrient Responses
LC3 and GATE-16 N Termini Mediate Membrane Fusion Processes Required for Autophagosome Biogenesis
During Autophagy Mitochondria Elongate, Are Spared from Degradation and Sustain Cell Viability
Autophagosome Targeting and Membrane Curvature Sensing by Barkor/Atg14(L)

cell biology
Influence of Cell Geometry on Division-Plane Positioning

cell biology, computational biology
Review Issue: Systems Biology [special issue]
Modeling Vesicle Traffic Reveals Unexpected Consequences for Cdc42p-Mediated Polarity Establishment
Topology of Protein Interaction Network Shapes Protein Abundances and Strengths of Their Functional and Nonspecific Interactions
Modular Coherence of Protein Dynamics in Yeast Cell Polarity System

developmental biology
Intronic Delay is Essential for Oscillatory Expression in the Segmentation Clock
Local Kinetics of Morphogen Gradients

neuroscience
Non-Bayesian Contour Synthesis

plant physiology
Timing of Plant Immune Responses by a Central Circadian Regulator
Model for the Regulation of Arabidopsis thaliana Leaf Margin Development

plant physiology, computational biology
Computational Morphodynamics of Plants: Integrating Development over Space and Time [perspective]

ecology, theoretical biology
Compartmentalization Increases Food-web Persistence
A Competitive Network Theory of Species Diversity

evolution
Gene Clustering Pattern, Promoter Architecture, and Gene Expression Stability in Eukaryotic Genomes
An Evolutionary Process That Assembles Phenotypes through Space Rather Than through Time
Experimental Illumination of a Fitness Landscape

mathematical biology
Topology-free Stability of a Steady State in Network Systems with Dynamic Connections

mathematical biology, evolution
The Noisy Edge of Traveling Waves
Multiple Strategies in Structured Populations

imaging
Confined Activation and Subdiffractive Localization Enables Whole-cell PALM with Genetically Expressed Probes

Please Call Me by My True Names

2011-04-05T08:55:00.008+08:00

Seeing dependent arising is seeing the dharma nature;
seeing Dharma is seeing Buddha.
見緣起即見法
見法即見佛

Many teachings other than Buddhism
can also help us develop four immeasurable minds:
loving-kindness, compassion, sympathetic joy, and impartiality.
Nevertheless,
only those arising from present insight into the truth of emptiness,
that is, perceiving the nature of interbeing here and now,
are pure, steadfast, and indefatigable.
有很多其他的教導也能幫助開發人們的慈悲喜捨四無量心
不過只有現觀空性〈也就是能當下覺察萬物互即互入本質〉
而生起的慈悲心
才是真切穩固不斷的:)

Share with you this little poem,
at this moment that Thay is coming to Taiwan:
在老師來台灣的前夕，與大家分享這首小詩：

Please Call Me by My True Names / Thich Nhat Hahn
請以種種真實之名呼喚我　／　釋一行

Don't say that I will depart tomorrow --
別說明日我將離去，
even today I am still arriving.
因為今天我依舊前來。

Look deeply: every second I am arriving
請深入觀察我：我分分秒秒都前來，
to be a bud on a Spring branch,
作春天枝頭上的一朵蓓蕾，
to be a tiny bird, with still-fragile wings,
作一隻羽翼未豐的雛鳥，
learning to sing in my new nest,
在新巢中學習引吭高唱，
to be a caterpillar in the heart of a flower,
作花蕊中的一條毛毛蟲，
to be a jewel hiding itself in a stone.
作埋身岩壁的一顆寶石。

I still arrive, in order to laugh and to cry,
我依舊前來，為了要歡笑，為了要哭泣，
to fear and to hope.
為了要害怕，為了要期望。

The rhythm of my heart is the birth and death
of all that is alive.
我心臟的律動
就是一切眾生的生與死。

I am the mayfly metamorphosing
on the surface of the river.
我是河面上蛻變的蜉蝣，
And I am the bird
that swoops down to swallow the mayfly.
我也是在大地春回及時前來掠食蜉蝣的鳥。

I am the frog swimming happily
in the clear water of a pond.
我是悠游於清澈池塘的青蛙，
And I am the grass-snake
that silently feeds itself on the frog.
我也是悄悄前近吞食青蛙的草蛇。

I am the child in Uganda,
我是烏干達的小孩，
all skin and bones,my legs as thin as bamboo sticks.
全身只剩皮包骨，雙腿細如竹竿
And I am the arms merchant,
我也是軍火販子，
selling deadly weapons to Uganda.
出售致命武器給烏干達。

I am the twelve-year-old girl,
refugee on a small boat,
我是小船上那名十二歲的難民少女，
who throws herself into the ocean
after being raped by a sea pirate.
被一個海盜強暴後，跳海自盡；
And I am the pirate,
我也是那個海盜，
my heart not yet capable
of seeing and loving.
我的心還被矇蔽，無法愛人。

I am a member of the politburo,
with plenty of power in my hands.
我是最高決策當局的一員，大權在握；
And I am the man who has to pay
his "debt of blood" to my people
我也是必須償還人民「血債」的人，
dying slowly in a forced-labor camp.
在勞改營裡緩慢地死去。

My joy is like Spring, so warm
我的喜悅像春天－如此溫暖，
it makes flowers bloom all over the Earth.
讓世間百花盛開；
My pain is like a river of tears,
我的痛苦如淚河－
so vast it fills the four oceans.
如此氾濫，讓四海滿溢。

Please call me by my true names,
請以種種真實之名呼喚我，
so I can hear all my cries and my laughter at once,
我才能同時聽見我所有的哭泣與歡笑，
so I can see that my joy and pain are one.
我才能看到我的喜悅與痛苦是一體。

Please call me by my true names,
請以種種真實之名呼喚我，
so I can wake up,
我才能覺醒，
and so the door of my heart
can be left open,
也才能讓我的心門敞開，
the door of compassion.
那正是慈悲之門。

Selected Papers 012111

2011-01-21T21:08:00.008+08:00

biophysics
Mitotic Membrane Helps to Focus and Stabilize the Mitotic Spindle

biochemistry
Membrane Curvature during Peroxisome Fission Requires Pex11
Cell-free Fusion of Bacteria-containing Phagosomes with Endocytic Compartments
Tracking and Visualizing the Circadian Ticking of the Cyanobacterial Clock Protein KaiC in Solution
Nonspecific Binding Limits the Number of Proteins in a Cell and Shapes Their Interaction Networks

autophagy
p62 Targeting to the Autophagosome Formation Site Requires Self-oligomerization but not LC3 Binding
Autophagic Substrate Clearance Requires Activity of the Syntaxin-5 SNARE Complex
Mechanisms of Mitophagy [review]

cell biology
Mechanisms Determining the Morphology of the Peripheral ER
Cdc42 Localization and Cell Polarity Depend on Membrane Traffic
Spatial Gradient of Protein Phosphorylation Underlies Replicative Asymmetry in a Bacterium
Driving the Cell Cycle with a Minimal CDK Control Network
Mitochondrial Fusion and Fission in Cell Life and Death [review]
Membrane Budding [review]
Asymmetric Cell Division: Recent Developments and Their Implications for Tumour Biology [review]

cell biology, modeling
Bimodal Gene Expression in Noncooperative Regulatory Systems
Robust Circadian Clocks from Coupled Protein-modification and Transcription–translation Cycles
Stochastic Reaction-diffusion Kinetics in the Microscopic Limit
A Computational Model Predicts Xenopus Meiotic Spindle Organization

evolution, modeling
Dynamical Phase Transition in a Model for Evolution with Migration

imaging
Single-molecule Imaging Reveals Mechanisms of Protein Disruption by a DNA Translocase
Single SNARE-Mediated Vesicle Fusion Observed In Vitro by Polarized TIRFM
Protein Localization in Electron Micrographs Using Fluorescence Nanoscopy

Song of the Day

2010-12-01T23:50:00.005+08:00

Tchaikovsky's Andante cantabile from String Quartet No.1
four cello version by Rastrelli Cello Quartett
five cello version by Lübecker Cello Ensemble

所有我想說的
柴可夫斯基都幫我說完了QQ

謝謝所有今天祝福我的人
很抱歉我沒有愉快的旋律可以跟你們分享XD

Selected Papers 111610

2010-11-16T22:23:00.005+08:00

biophysics
Continuum Electromechanical Modeling of Protein-Membrane Interactions
Crowding and Hydrodynamic Interactions Likely Dominate in Vivo Macromolecular Motion
Phospholipid Bilayers Are Viscoelastic

biochemistry
Appropriation of the MinD Protein-interaction Motif by the Dimeric Interface of the Bacterial Cell Division Regulator MinE

autophagy
Cdc48/p97 and Shp1/p47 Regulate Autophagosome Biogenesis in Concert with Ubiquitin-like Atg8
An Atg9-containing Compartment That Functions in the Early Steps of Autophagosome Biogenesis
p53-dependent Regulation of Autophagy Protein LC3 Supports Cancer Cell Survival under Prolonged Starvation
Autophagy Protein Microtubule-associated Protein 1 Light Chain-3B (LC3B) Activates Extrinsic Apoptosis during Cigarette Smoke-induced Emphysema

cell biology
Systematic Protein Location Mapping Reveals Five Principal Chromatin Types in Drosophila Cells
Imaging-Based Identification of a Critical Regulator of FtsZ Protofilament Curvature in Caulobacter
Direct Dynamin–Actin Interactions Regulate the Actin Cytoskeleton
Nuclear Membrane: Nuclear Envelope PORosity in Fission Yeast Meiosis [commentary]
Nuclear Compartmentalization Is Abolished during Fission Yeast Meiosis
Virtual Breakdown of the Nuclear Envelope in Fission Yeast Meiosis
Multisubunit Tethering Complexes and Their Role in Membrane Fusion [review]
TRAPP Complexes in Membrane Traffic: Convergence through a Common Rab [perspective]

evolution
Molecular and Regulatory Properties of a Public Good Shape the Evolution of Cooperation

mathematical biology
Calcium Wave Propagation in Chains of Endothelial Cells with Nonlinear Reaction Dynamics: Green's Function Approach

theoretical biology
Stochastic Models for Large Interacting Systems and Related Correlation Inequalities
Accumulation of Driver and Passenger Mutations during Tumor Progression

imaging
A Quantitative Approach to Analyze Binding Diffusion Kinetics by Confocal FRAP

Well-Tempered Clavier

2010-10-23T21:36:00.002+08:00

Bach的WTC
如此抽象、結構化的東西
加之Gould的觸鍵又是那樣的簡淨
想不到這樣的樂音裡頭
竟然蘊藏那麼豐富的層次
Gould把他的哲思一層一層的注入
隨著音符開展前後迴盪呼應

聽Goldberg variations也不曾讓我聽到熱淚盈眶啊
只能說隱藏在Well-Tempered Clavier背後的美麗相當神奇QQ

Selected Papers 091110

2010-09-11T08:46:00.005+08:00

biochemistry
A Red-Shifted Chlorophyll

biophysics
Polar Patterns of Driven Filaments

autophagy
Focus on Autophagy [Special Issue]
Plasma Membrane Contributes to the Formation of Pre-autophagosomal Structures
Autophagy Requires Endoplasmic Reticulum Targeting of the PI3-kinase Complex via Atg14L
Regulation of the Autophagy Protein LC3 by Phosphorylation
ATG12 Conjugation to ATG3 Regulates Mitochondrial Homeostasis and Cell Death

cell biology
Long Noncoding RNA as Modular Scaffold of Histone Modification Complexes
Caulobacter Chromosome Segregation Is an Ordered Multistep Process
MEC-17 Is an α-Tubulin Acetyltransferase
Self-Assembly of Filopodia-Like Structures on Supported Lipid Bilayers
Spindle Position Is Coordinated with Cell-Cycle Progression through Establishment of Mitotic Exit-Activating and -Inhibitory Zones
Intermolecular Associations Determine the Dynamics of the Circadian KaiABC Oscillator
Phosphatidic Acid Is a pH Biosensor That Links Membrane Biogenesis to Metabolism
Aquaporin-3 Mediates Hydrogen Peroxide Uptake to Regulate Downstream Intracellular Signaling

plant physiology, cell biology
Oscillating Gene Expression Determines Competence for Periodic Arabidopsis Root Branching

ecology
Bacterial Charity Work Leads to Population-wide Resistance

theoretical biology
Functional Roles for Noise in Genetic Circuits [review]
Fundamental Limits on the Suppression of Molecular Fluctuations

theoretical biology, ecology
Stability of Ecological Communities and the Architecture of Mutualistic and Trophic Networks
Statistical Inference for Noisy Nonlinear Ecological Dynamic Systems

imaging
Time-resolved Luminescence Resonance Energy Transfer Imaging of Protein–Protein Interactions in Living Cells

The ParA Year...

2010-08-23T21:32:00.005+08:00

我之前在研究的prokaryotic cytoskeletal system
在Caulobacter crescentus異常的成功啊XD
這個暑假出了兩篇research articles──
A Nat Cell Biol:
A Spindle-like Apparatus Guides Bacterial Chromosome Segregation
A PNAS:
Caulobacter Chromosome Segregation Is an Ordered Multistep Process

回頭看六月在"道阻且長"提到的
累計今年已經有一篇Science、一篇Nat Cell Biol、兩篇PNAS
外加一篇Cell Leading Edge Review

事實上在我決定做那麼大的改變的時候
手邊的實驗結果也已經露出了一線曙光
跟近來幾個大頭提的看法相符
Nat Cell Biol那篇做了大部分我能力所及而且有希望完成的實驗
然而他們沒有做某個重要的assay！
假如我之前在這個assay的結果可以apply到Caulobacter crescentus
他們的model有相當關鍵的一點可能需要修正

真的是天時地利缺人和啊XD

Wunderbar ist Sennheiser!

2010-08-19T22:20:00.002+08:00

替最近購入的MBP買了一副Sennheiser的耳機來搭配
過去五年買來接PC的耳機價位大概都是在五百上下
想說能感動人的好音樂再怎麼爛的音響放出來還是可以感動人
真的沒想到
從這支來自德國知名大廠的耳機裡奔流出來的樂音
天啊XD
如此甘醇厚實溫暖
聽到快哭了QQ

What Makes You Different

2010-08-18T23:15:00.006+08:00

上個週末到柯禿頭的暫居處互相交換音樂
拿到了一些BSB的曲子
因為高中時柯禿頭給我的那幾首BSB的歌都相當不錯
原本以為要來的這三張專輯裡頭應該很多歌都可以感動到我
結果沒想到我跟他們大部分的音樂並不相應XD

雖然如此
還是發現了一首旋律、歌聲和歌詞都相當真誠的作品──
"What Makes You Different"

這首曲子原本應該是情歌
但是對我而言
那種感覺在和一個人變成好友的過程中也會出現:)
就像柯志明老師提過的
真正的友愛根基於彼此的良善與對真善美的共同追求
會讓我們真心投入的理由就是在朋友身上看到的良善

抑或是我天生就只喜歡跟不正常的人推心置腹？！

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You don't run with the crowd
You go your own way
You don't play after dark
You light up my day
Got your own kind of style that sets you apart
Baby, that's why you captured my heart

I know sometimes you feel like you don't fit in
And this world doesn't know what you have within
When I look at you, I see something rare
A rose that can grow anywhere
And there's no one I know that can compare

What makes you different, makes you beautiful
What's there inside you, shines through to me
In your eyes I see, all the love I'll ever need
What makes you different, makes you beautiful to me

You got something so real
You touched me so deep
You see material things
Don't matter to me
So come as you are, you've got nothing to prove
You won me with all that you do
And I wanna take this chance to say to you

What makes you different, makes you beautiful
What's there inside you, shines through to me
In your eyes I see, all the love I'll ever need
What makes you different, makes you beautiful

You don't know how you touch my life
Oh, in so many ways I just can't describe
You taught me what love is supposed to be
It's all the little things that make you beautiful to me

What makes you
What makes you different, makes you beautiful
What's there inside you, shines through to me
In your eyes I see, all the love I'll ever need
What makes you different, makes you beautiful to me

Everything you do is beautiful
Love you give shines right through me
Everything you do is beautiful
Oh, you're beautiful to me

Selected Papers 073110

2010-07-31T21:07:00.006+08:00

biophysics
Understanding Phase Behavior of Plant Cell Cortex Microtubule Organization
Protein Folded States Are Kinetic Hubs

prokaryotic cytoskeleton
Membrane Potential Is Important for Bacterial Cell Division
Dynamic SpoIIIE Assembly Mediates Septal Membrane Fission during Bacillus subtilis Sporulation
Crystal Structure of Helicobacter pylori MinE, a Cell Division Topological Specificity Factor
Actin-like Cytoskeleton Filaments Contribute to Cell Mechanics in Bacteria
Plasmid Protein TubR Uses a Distinct Mode of HTH-DNA Binding and Recruits the Prokaryotic Tubulin Homolog TubZ to Effect DNA Partition
Pushing and Pulling in Prokaryotic DNA Segregation [review]

cell biology
Decision Making at a Subcellular Level Determines the Outcome of Bacteriophage Infection
Asymmetrical Distribution of the Second Messenger c-di-GMP upon Bacterial Cell Division
Robust Growth of Escherichia coli
Imaging Interorganelle Contacts and Local Calcium Dynamics at the ER-Mitochondrial Interface
Cell Division Intersects with Cell Geometry [perspective]

cell biology, signaling
Aurora B and 14-3-3 Coordinately Regulate Clustering of Centralspindlin during Cytokinesis
Aurora B Phosphorylates Spatially Distinct Targets to Differentially Regulate the Kinetochore-Microtubule Interface
Fourier Analysis and Systems Identification of the p53 Feedback Loop

developmental biology
Intercellular Coupling Regulates the Period of the Segmentation Clock

neuroscience
Astrocytes Control Breathing Through pH-Dependent Release of ATP

evolution
A Generalization of Hamilton’s Rule for the Evolution of Microbial Cooperation
Population Robustness Arising from Cellular Heterogeneity
Genetic Flexibility of Regulatory Networks
Individual Histories and Selection in Heterogeneous Populations

imaging
Biophotonic Probing of Macromolecular Transformations during Apoptosis
Quantifying E. coli Proteome and Transcriptome with Single-Molecule Sensitivity in Single Cells

theoretical biology
Community Structure in Time-Dependent, Multiscale, and Multiplex Networks
Arrested Phase Separation in Reproducing Bacteria Creates a Generic Route to Pattern Formation
Inferring Individual Rules from Collective Behavior
Stability of Graph Communities across Time Scales

寔命不猶

2010-07-31T17:30:00.008+08:00

嘒彼小星，三五在東。
肅肅宵征，夙夜在公，寔命不同。

嘒彼小星，維參與昴。
肅肅宵征，抱衾與裯，寔命不猶。

──《詩經》〈國風‧召南‧小星〉

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雖在黑夜中跋涉
但天邊還有三五小星閃爍
真理的光芒在混沌的黑暗中益發顯明

這一連串的事件風暴並非完全在預料之外
可是發展的過程與結果的確不如原先設想
經歷了這次的風風雨雨
學習到相當相當多
對人與世界的互動倫理有更深的體察

或許之前曾說過有些態度可能無法復原了
不過別擔心
我的兩句名言在浩劫之後仍然存活了下來:-)

"誤解、成見、立場，是一切糟糕事情的根源。"

"因著愛，世間殘缺得以填補；因著愛，生命限制得以超越。"

真的相當感謝這兩個多月以來
關心過我、陪我聊過、出過好主意甚至實質協助我學長與我的所有人：
CW學長(XD)、the Yangs、Allison、小球學長、
Erwin、明翰、柯禿頭、Weijin、Jason、逸昆學長、阿丹、明媛、
SY學姊、YW、CT、KY學長、慧柔、景賀、小寧、Cassie、Ming、LH、
景旭、旭祺、國華、葉董學長、京倫、老共、法鼓山的法師們、
Dr. Wang、何老師、Dr. Wu、Dr. Chang、Dr. Chen
或許也該感謝我的ex-boss？！
最後當然要感謝這一路上碰到的所有植物們與佛法僧三寶:)

月亮忘記了

2010-07-18T16:20:00.006+08:00

此後，那些無言孤獨的時刻，
只要我們帶著微笑仰望夜空，
只要我們帶著微笑俯瞰城市，
都能看到瑩潤可愛的月亮，
帶著甜蜜笑容，發出溫柔的光芒，
都能看到傷後成長的男孩，
漾著淡淡笑臉，沐浴在月光中慢慢睡著:)

The Hardest Jigsaw

2010-06-20T09:13:00.002+08:00

#1 from 文益禪師
問：「十二時中如何行履？」
師曰：「步步踏著。」

#2 from 席慕蓉
為了爭得那些終必要丟棄的
我付出了
整整的一日啊　整整的一生

日落之後　我才開始
不斷地回想
回想在所有溪流旁的
淡淡的陽光　和
淡淡的　花香

#3 from Eric Anderson

好好享受當下這一步吧
其餘的能許則許:)

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先謝謝Allison跟CW學長
能認識你們是件幸福的事情:-)

度過下星期的finals再來找Dr. Yang聊聊

道阻且長

2010-06-16T22:09:00.004+08:00

這一個月幾個assays的結果實在太...

該是繞路的時候了嗎？

雖然目前的這個蛋白質這個系統並不是我真正appreciate的東西
但是它在其他原核生物的homologs們記錄還滿輝煌的
光是今年上半年就有一篇Science、一篇PNAS
上星期還來了一篇Cell leading edge review
唉　再做幾個測試
把底線設在七月中吧...

假若決定要繞路的話
我可以繞多遠？我想要繞多遠？
[換我要找人聊天了XD]

Selected Papers 061210

2010-06-12T22:28:00.006+08:00

biophysics
Dynamic Sorting of Lipids and Proteins in Membrane Tubes with a Moving Phase Boundary
Steric Confinement of Proteins on Lipid Membranes Can Drive Curvature and Tubulation

prokaryotic cytoskeleton, theoretical biology
Mesoscale Spatial Patterning in the Escherichia coli Min System: Reaction–Diffusion versus Mechanical Communication [perspective]
Multiple Modes of Interconverting Dynamic Pattern Formation by Bacterial Cell Division Proteins

cell biology
The Palmitoylation Machinery Is a Spatially Organizing System for Peripheral Membrane Proteins

cell biology, theoretical biology
Potential and Flux Landscapes Quantify the Stability and Robustness of Budding Yeast Cell Cycle Network

developmental biology, modeling
Scaling of Morphogen Gradients by an Expansion-Repression Integral Feedback Control

plant physiology, physics
Foldable Structures and the Natural Design of Pollen Grains

ecology
The Origins of C4 Grasslands: Integrating Evolutionary and Ecosystem Science

ecology, theoretical biology
Complexity and Diversity
Disentangling Collective Trends from Local Dynamics
Self-Similarity and Scaling in Forest Communities

evolution, cell biology
Rapid Diversification of Cell Signaling Phenotypes by Modular Domain Recombination
Imprints of the Genetic Code in the Ribosome

imaging, biophysics
Stoichiometry and Architecture of Active DNA Replication Machinery in Escherichia coli

憨人

2010-06-10T23:30:00.006+08:00

五月天開始出專輯接著紅遍台灣大街小巷
應該是我還在讀國中時的事了
那幾年歲月可說是我人生中最瘋狂的時光
記得國三我當康樂兼體育股長
在校運時還選了〈終結孤單〉當班上的啦啦隊歌
那樣的曲風跟當時浮躁的心滿相應的
不過隨著思想開始深沉起來
就很少主動去拾起這些片段零碎的旋律

星期一晚上
學弟來找我聊了一些關於生涯的事情後
星期二開始
五月天的這首〈憨人〉就一直在腦海中迴盪
起初只是隨口哼哼旋律
但是沒想到回來查過歌詞後
發現裡頭描寫的那種對夢想的傻勁
滿契合現在的心境:)

音樂真的很奇妙
十年前我對這樣的境況不太可能有太深的領悟
沒想到一首歌可以這樣深藏在心中十年
慢慢醞釀慢慢熟成直到適合的時機來臨

在標題連結中所選的是十年前演唱會的live版本

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我們一起來唱　今天的最後一首歌　憨人

我的心內感覺　人生的沈重　不敢來振動
我不是好子　嘛不是歹人　我只是愛眠夢
我不願隨浪隨風　飄浪西東　親像船無港
我不願做人　奸巧鑽縫　甘願來作憨人

我不是頭腦空空　我不是一隻米蟲
人啊人　一世人　要安怎歡喜　過春夏秋冬

我有我的路　有我的夢
夢中的那個世界　甘講伊是一場空
我走過的路　只有希望
希望你我講過的話　放在心肝內　總有一天

看到滿天全金條　要煞無半項　環境來戲弄
背景無夠強　天才無夠弄　逐項是攏輸人
只好看破這虛華　不怕路歹行　不怕大雨淋
心上一字敢　面對我的夢　甘願來作憨人

我不是頭腦空空　我不是一隻米蟲
人啊人　一世人　要安怎歡喜　過春夏秋冬

我有我的路　有我的夢
夢中的那個世界　甘講伊是一場空
我走過的路　只有希望
希望你我講過的話　放在心肝內　總有一天

我有我的路　有我的夢
夢中的那個世界　甘講伊是一場空
我走過的路　只有希望
希望你我講過的話　放在心肝內　總有一天
總會有一天　yeah...
La La La...

我有我的路　我有我的夢
總有一天　總有一天

四年

2010-06-03T22:43:00.002+08:00

今年生科系的畢業歌:)
雖然我跟生科系之間的感情並不算深厚
但畢竟我們也一起度過了四年時光啊XD

旋律採用了我很喜歡的一首曲子
歌詞改寫得相當好
不但有注意到韻腳也用了一些生物梗
生科系實在年年出文藝大師啊:)

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〈四年〉
曲：羅大佑；選曲：周顥海；詞：何熙誠；主唱／吉他：周顥海

那個蟬鳴的夏天裡　突然站在生科系館前
外表看起來很平常　其實緊張藏在心裡面
第一次的共同課　想要趕快記住幾張同學的臉
期待著相識　期待著相戀　期待將來的四年

魚房桌上什麼都有　蛙骨旁放著吃剩的泡麵
普生課本墊在桌上　手裡卻拿著火鳳燎原
以為自己化學還好　怎麼有機分析那麼難唸
微積才考完　危機又眼前　這樣開始的四年

每年都有好多盃賽　光是生科盃就兩次去花蓮
系壘的球衣特別帥　系桌的大吃總讓人垂涎
男排系籃努力揮汗　獎盃還是系羽女排多一點
練習又練習　熱血更熱血　青春團結的四年

不像BCT那麼簡單　Primer總夾不到片段的兩邊
出外走走是很有趣　可是出差卻一點不悠閒
就要遲到了　老師卻說Data總是排在Dating之前
撐著眼瞇聽　咬著牙實驗　成長茁壯的四年

又到蟬鳴的夏天裡　那種豆科植物盛開的季節
身邊陪伴著良師益友　實在很不想說出再見
這就是紅后理論吧　勇敢改變才有動力向前
帶著我祝福　記住我笑臉　珍藏我們的四年
OH~今天說再見　就一定再見　回味我們的四年

弓焰弦情

2010-05-08T22:56:00.012+08:00

今天跟景旭去聽TCO的"弓焰弦情"
amazing!!!

雖然國中練了三年的二胡
也時有機會聽學校的國樂班演奏
不過像今天這樣聽專業樂團的現場演出還是第一次
或許是哈薩克小孩再次來訪給了我一些新的刺激
今晚在樂音響起後
猛然驚覺國樂其實是很奧妙的東西
混雜了兩種看似矛盾的樂思卻又能調和的如此自然──
南方江河邊的沉思低吟、西北大漠上的奔放高歌
真的很神奇:)

馬曉輝的二胡搭上TCO本就令人無話可說
〈蘭花花〉跟安可曲(名曲一首，名字待查)都相當震撼人心
而在〈月夜〉和〈琴韻〉中
都很自然地把創作者心中相當深層細膩的情思表達出來

至於Maisky的大提琴跟TCO可以融會成這樣就實在令人擊掌了
關於〈蒙古幻想曲〉
台大交響樂團前團長(XD)楊景旭寫得很好──
"麥斯基的第一首〈蒙古幻想曲〉是團長鍾耀光作曲的
非常有深度　我都傻了　真是時代巨人！
獨奏部分難度超高　我猜比任何協奏曲都難上多倍
麥拉起來很有勁道　非常真誠的帶來這首萬馬奔騰的草原驚奇"
而Shostakovich的〈第一大提琴協奏曲〉
能跟國樂團搭起來的確不容易
但我要慚愧地說──
"其實我聽不太懂Shostakovich想說什麼XD"
前年跟柯禿頭和Weijin去聽倫敦愛樂演奏Tchaikovsky的〈悲愴〉時
也是如此
大概斯拉夫民族跟我還有一點隔閡吧？！
[不過好消息是
台大交響樂團楊前團長也聽不太懂〈第一大提琴協奏曲〉XD
而且今年在對Tchaikovsky有比較多認識後已經可以感覺〈悲愴〉了]

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去年底本來打算這樂季聽一場就好
其一是今年的藝文預算都花在蕭邦上了
其二是不確定景旭喜不喜歡國樂

但因為Zimerman不來換成Ohlsson吐了一些錢回來
而且景旭今天聽得滿高興的
所以下下星期六決定再衝一場經典重現:)

Oh My Dear Central Asia

2010-05-06T22:50:00.005+08:00

上星期見了哈薩克小孩之後
我一直很納悶為啥我兩年前沒跟老共一起衝中亞
因為若只是實驗室的國科會計畫
對我而言完全不可能outweigh去見哈薩克小孩跟感受中亞的自然人文
結果翻了MSN的對話記錄後
赫然發現......
竟然是暑假的BCT！！！

真後悔我讀了生科系XD

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老共率領的中亞團在哈薩克斯坦的照片精選
哈薩克斯坦真是個好地方
特別是舊首都 Алматы就在天山腳下啊！！！
列入50歲後退休閉關考慮地點之一:)

[BONUS]老共率領的中亞團在吉爾吉斯斯坦的照片精選
真的是太壯麗了
跟台灣的山氣勢完全不同
以後真的要去中亞時
搞不好可以拿這些照片1 2 3 4 5 6跟我爸凹
提升答應的機率
[我家很喜歡登山
特別是我爸把台灣百岳都爬完了...
現在沒事很常帶登山團]

[BONUS]老共率領的中亞團在烏茲別克斯坦的照片精選
Samarqand(撒馬爾罕)光看照片就讓我感動到想哭啊XD
撒馬爾罕除了地處中西文化交會地域
也是伊斯蘭世界重要的學術中心
還是歷史上許多帝國的首都或大城
更是《軒轅劍三》裡頭重要的一個點XD
這輩子一定要去個兩三次！

The Last Night

2010-05-02T02:29:00.014+08:00

三年來五次中三次超過2:00, 2:30, 3:00 AM還沒睡的記錄
就這樣獻給了哈薩克小孩:)

With my best wishes,
Assalamu alaikum!

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本來以為會睡到九點多才醒得來的
沒想到在他們表定離開台北的這個時刻醒來
睡不到三小時可是睡不著了QQ
今天凌晨沒和老共預謀再送他們一次真是失策

雖然這樣說可能有點對不起從小到大所有我的同學們
但我真的要說──
今天比起任何一次畢業典禮都還讓我想哭啊T^T
完了XD
好強的執著啊

老友豈能忘記
豈能不常懷於心？
怎能忘記舊日的友誼
和那美好往昔。

為了往日友誼，我的摯友
為了那往日友誼
讓我們舉杯暢飲
敬友誼地久天長。

我們曾奔過山崗
品過野菊芳香
但如今各自奔波歷盡艱辛
往昔美好不再。

我們曾涉過小溪
從日出到夕暮
但如今波濤橫亙我倆之間
往昔美好不再。

為了往日友誼，我的摯友
為了那往日友誼
讓我們舉杯暢飲
敬友誼地久天長。

你飲下杯中酒
我也一乾而盡
讓我們舉杯暢飲
敬友誼地久天長。

我信賴的朋友，我伸出了手
也伸出你的手給我吧，朋友！
美好友誼始終常在
讓我們舉杯
敬友誼地久天長。

為了往日友誼，我的摯友
為了那往日友誼
讓我們舉杯暢飲
敬友誼地久天長。

為了往日友誼，我的摯友
為了那往日友誼
讓我們舉杯暢飲
敬友誼地久天長。

A Conflict

2010-05-01T08:52:00.012+08:00

[此篇目前是在只睡了四小時的狀態下動筆的
可能有一些用詞或想法不是很恰當...再說吧XD]

昨晚10點多臨時決定和老共夜衝劍潭找哈薩克小孩
說臨時也不是那麼地臨時
其一是
在星期日(04/25)晚上見面後
本來決定再去找個他們兩三次的
可惜星期二下午他們來水源宿舍商場逛時
我要回中研院參加實驗室的meeting
他們星期四在台北市自由行時
因為有重要的課不能skip故只能作罷
時間就這樣來到了星期五
想要和哈薩克小孩碰個面的渴望已經累積不少
其二是
星期日哈薩克小孩告訴我們
他們要在台灣多留一天[就是今天QQ]
理論上今天APhO已經officially closed
料想老共和我等非APhO正式staffs的人應可跟行程
但當時他們還不確定這多出來的free day確切的安排
於是行前晚上(昨晚)決定call他們隊輔問清楚
因緣巧合
隊輔沒接可是我發現Tamirlan在facebook線上
確定他們還不是太累就通知老共一起衝劍潭了

到劍潭後
老共和我沒通知他們隊輔就直奔他們房間
[會這樣做的原因是
其實他們隊輔覺得哈薩克小孩有幾個特別難帶
聽說早上特別會賴床
之前去故宮時還走丟三個
星期日我們已經聽她抱怨很久了XD
不是很想再把時間耗在這上]
在交誼廳遇到幾個哈薩克小孩後
馬上就在走廊上碰到Aidyn
Aidyn進房間把正要睡的Tamirlan挖起來
討論一下明天可能的行程順便聊個天
這時候的Aidyn感覺起來又是我記憶中的Aidyn了
[因為星期日晚上Aidyn看似很累其實也沒講太多話]
太歡樂了XD
沒想到他還記得怎麼說"這丟係愛台灣"
讓Tamirlan回去睡覺後
Aidyn、老共和我就一起到交誼廳去
好死不死竟然讓我們碰到他們隊輔
更糟糕的是她要貫徹上層指示
不讓我們跟任何行程...

基本上是這樣
這次她帶哈薩克隊似乎累積了很多怨氣
加之上層確實有交代
各國隊員要是有台灣朋友在APhO期間想跟行程一律不准
她另外的concerns是
雖然Aidyn和Tamirlan屬於乖的那群
但是如果老共和我跟行程
除了Aidyn和Tamirlan會跑過來跟我們走之外
其他哈薩克小孩也會有樣學樣甚至重演之前的走丟事件
二者她認定老共和我不時會出一些餿主意告訴哈薩克小孩
讓哈薩克小孩變得更難帶

即便如此
我還是堅持找老師也就是所謂的上層們談
原因是這些老師基本上就是吳健雄那一批XD
畢竟包括ASC在內
我參加過五次吳健雄而且三次是隊輔
除了簡揚庭、吳晟彰、蘇曼儂等人以外
大概就沒人混吳健雄的資歷如此深厚了
於情於理他們應該還信得過我
不會去捅他們婁子才是
雖然得知有康國輝讓我的信心下降到30%
不過還是值得一試

在他們隊輔以及以色列隊輔陪同下
我們去找老師們
看到康國輝沒出現讓我成功說服的信心提升到80%
不過...
讓他們隊輔以及以色列隊輔陪我們過去真是失策
首先老師們都還沒講話
以色列隊輔就用安全理由阻止我們跟團
還拿各國大使館跟警察單位壓我們
ㄍ！ㄊㄇㄉ！
[23年多來真正有想要把這句話講出口的時機應小於三次
而這次真的讓我火了(雖然看起來還是和氣平靜)]
這種官僚想法真的讓人厭惡
況且我跟老共又不是什麼阿貓阿狗跨國人口販賣集團
好吧輪到反方的攻守了
老共和我決定動之以情
講哈薩克小孩和我們之間深厚的友誼
在聽完我們的statement和保證後
老師們看起來是快要同意了
沒想到他們隊輔竟然又捅我們好幾刀
情勢馬上逆轉
在多次來回後終究還是宣告失敗QQ

跟在這些人以及半途遇到的蒙古隊後面踱步回劍潭
唉！
工作人員們走在前面聊自己的天
蒙古的小孩走在後面東看西摸
這種模式對乖小孩而言應該還好
但對皮一點的會走丟應該是很正常的事吧！
老共還說他星期二到水源時
隊輔們還在星巴克喝咖啡...
快到劍潭時
以色列隊輔不知道是哪個筋不對
竟然跟我說去做其他有意義的事情不是比較好嗎
幹嘛來這裡跟他們耗時間？
ㄍ！ㄊㄇㄉ！
[23年多來讓我想講這句話的情境1/2都出現在她身上了]
你是不知道我們要見面並不是件簡單的事嗎？
!@#$%^&*

回到劍潭上樓跟Aidyn說這個壞消息
[而且還要說是老師的意思不能爆隊輔的底...]
之後跟Aidyn和其他三個哈薩克小孩在交誼廳講話看照片
因為>80%是俄文有些東西沒catch到
不過一件有趣的事情是這次哈薩克隊裡頭似乎有東干人
[修正：其實是他們有一個朋友姓Lee
老共問是不是東干人但他們說他應該是朝鮮族人
若真如此我猜想他是高仙芝這類人物的後裔吧:)]
每回和這些小孩碰面都會有歷史文化上的衝擊與感動啊:)
一點半時以色列隊輔現身趕他們去睡覺
沒想到他們竟然說兩點要去夜店喝酒XD
我猜他們隊輔說的最皮的三個人應該就是這三位了:)
以色列隊輔看來真的怒了
對老共跟我說我們都這麼大了還在跟小朋友起鬨
下達逐客令

三年來
除了2008年暑假在科學營帶夜遊那天外
超過2:00, 2:30, 3:30, 3:30 AM還沒睡的記錄
就是上次和哈薩克小孩一起畫海報那天和這次了
[修正：經查還有一次聽蒙古人講話也到那麼晚]
To Қазақстан!

期待今晚的最後一次見面！

Selected Papers 042910

2010-04-29T23:44:00.002+08:00

biochemistry
Mechanosensitive Self-Replication Driven by Self-Organization
An Evolutionarily Conserved Mechanism for Controlling the Efficiency of Protein Translation

prokaryotic cytoskeleton
Spatially Ordered Dynamics of the Bacterial Carbon Fixation Machinery
ParA2, a Vibrio cholerae Chromosome Partitioning Protein, Forms Left-Handed Helical Filaments on DNA
Estimating Z-Ring Radius and Contraction in Dividing Escherichia coli
Intra- and Intercellular Fluctuations in Min-Protein Dynamics Decrease with Cell Length

cell biology
Membrane Curvature Controls Dynamin Polymerization
Circadian Gating of the Cell Cycle Revealed in Single Cyanobacterial Cells
The KaiA Protein of the Cyanobacterial Circadian Oscillator Is Modulated by a Redox-Active Cofactor
Mitochondrial Fusion Is Required for mtDNA Stability in Skeletal Muscle and Tolerance of mtDNA Mutations
Cooperation Between Translating Ribosomes and RNA Polymerase in Transcription Elongation

neuroscience
Learning as a Phenomenon Occurring in a Critical State

plant physiology
Floral Symmetry Genes and the Origin and Maintenance of Zygomorphy in a Plant-Pollinator Mutualism

evolution
Toward Extracting All Phylogenetic Information from Matrices of Evolutionary Distances

theoretical biology
Evolutionary Games in the Multiverse
Maximum Entropy Models for Antibody Diversity
Dissipation and Displacement of Hotspots in Reaction-Diffusion Models of Crime

Auld Lang Syne

2010-04-27T23:10:00.006+08:00

我常覺得
像現在這樣
有各式各樣的交通工具
可以在很短的時間內往來世界各地
有e-mail, MSN, facebook, skype之類的溝通管道
可以立即和遠方的人聯絡上
不見得是一件好事情

習慣了這種便捷後
人們似乎比較不會去珍惜和朋友家人相處的每一分每一秒
更糟糕的是
有一些很深刻的情感在這種模式下完全消失得無影無蹤
譬如李白在他的《送友人》中的刻劃──
青山橫北郭　白水繞東城
此地一為別　孤蓬萬里征
浮雲遊子意　落日故人情
揮手自茲去　蕭蕭班馬鳴
今天有多少人曾經有過這樣的體會？

三年前在亞洲科學營結束之際
當我跟小隊上幾個遠道而來的隊員或是五個哈薩克小孩道別時
都懷著在這次道別後此生可能再也沒有機會見到面的一種警覺
在這種心境下的一個重重的握手、一個深深的擁抱
各種情緒夾雜直擊內心深處
真的難以言喻
也難怪李白只能以景寓情

這次有機會再見到兩個哈薩克小孩
我真的非常高興
因為他們喜歡踢足球
所以後來想說問問看實驗室一個也喜歡踢球的學長
有沒有什麼足球相關的東西可以送朋友
學長問說預算上限
我當時想都沒想就回了"沒有上限"
這答案或許有點未經理智思考
但是friendship或是companionship本來就是無價的
不管經過三年後發生了多少變化
當時這些哈薩克小孩和我之間的真心互動
一起為同樣的目標耗費精神心力後產生的繫結
到現在回想起來都會讓我微笑
[exactly是我在這篇中提到的那種微笑:)]
再者這次分別以後
除非我空出時間去中亞一趟
我想是真的再也沒有機會見到面了
最後一個理由
真正的朋友在我心中的順位是最高的
這可能是《海賊王》看太多的後遺症XD

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如果他們聽得懂中文
我想我會唱〈處處都有你〉送他們
雖然歌詞流露出的執著太深
不過這首歌確實從我小二一直讓我感動到現在

但悲欣交集的場合
或許〈Auld Lang Syne〉會更合適吧
by Sissel Kyrkjebø, by Dougie MacLean

Should auld acquaintance be forgot,
and never brought to mind?
Should auld acquaintance be forgot,
and days of auld lang syne?

For auld lang syne, my dear.
For auld lang syne.
We’ll tak a cup o’ kindness yet,
for days of auld lang syne.

We twa hae run about the braes,
and pou’d the gowans fine;
but we’ve wander’d many a weary fit,
since days of auld lang syne.

And we twa hae paidl’d in the burn,
frae morning sun till dine;
but seas between us braid hae roar’d
since days of auld lang syne.

For auld lang syne, my dear.
For auld lang syne.
We’ll tak a cup o’ kindness yet,
for days of auld lang syne.

And surely ye’ll be your pint’ stoup!
And surely I’ll be mine!
And we’ll tak a cup o’ kindness yet,
for auld lang syne.

And there’s a hand my trusty fiere!
And gie’s a hand o’ thine!
And we’ll tak a right guid-willie-waught,
for auld lang syne.

For auld lang syne, my dear.
For auld lang syne.
We’ll tak a cup o’ kindness yet,
for auld lang syne.

For auld lang syne, my dear.
For auld lang syne.
We’ll tak a cup o’ kindness yet,
for auld lang syne.

有朋自遠方來

2010-04-23T22:43:00.008+08:00

不亦樂乎:)
這個世界還是很美好的XD

三年前認識的五個哈薩克斯坦小孩中
有兩個(Aidyn and Tamirlan)這週到台灣來！

雖然已經快兩年沒連絡了
(我最後一封寫給他們的mail "Assalamu Alaikum"是0504'08發的
他們最後一封寫給我的mail "UAGALEIKUM ASSALAM!"是0510'08發的)
但是我永遠不會忘記他們那真情的握手、
離開台灣前我們一起度過的那17個小時、
特別是夜半時分我們一同打拚歡笑的那段時光

希望在老共的協助下能盡快和他們碰到面:D

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"Caidai shi ai Daiuaan"
這句話是我剛剛重讀Aidyn寫給我的mail時發現的
想必三年前我一定是沒看懂這句話
不然早就笑翻了XD

看習慣漢語拼音後
今天才知道這是一句很常見的台語口號XD
雖然不知道是誰教壞Aidyn的
但是我猜應該是黃天亮這個深綠份子:D

Concerning Hobbits

2010-04-22T23:04:00.007+08:00

在生活困頓時
還能感受到這個世界仍有美好的事物存在
是件相當幸福的事情QQ
有佛法、音樂還有親愛的植物們:)

國三時的a blue month
大二時的a black month
應該不會重現

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在大二的a black month進入尾聲之際
也就是期末考全部結束、
到台大醫院看過胃腸肝膽科確定我還有救之後
一個窗外灑滿餘暉的落日時分
我拿起小寧借我的魔戒DVD放到電腦上播放
耳邊不久就響起了"Concerning Hobbits"
......
在受盡將近一個月的苦難折磨後
Howard Shore的這段旋律真的打到我心裡最深處
如同春風拂過萎黃的花草一般
頓時綠意再度盎然
這樣比喻事實上還不足以描述我當時的感動

雖然"Concerning Hobbits"沒有人聲部份
但是部分段落在"The Breaking of the Fellowship"中有歌詞──

When the cold of winter comes
Starless night will cover day
In the veiling of the sun
We will walk in bitter rain

But in dreams
I can hear your name
And in dreams
We will meet again

When the seas and mountains fall
And we come, to end of days
In the dark I hear a call
Calling me there,
I will go there
And back again

照破黑暗的那一線光明:)
這兩首和Enya唱的"May It Be"對我都是相當有用的療傷音樂
不過"The Breaking of the Fellowship"和"May It Be"意境較為沉重
不像"Concerning Hobbits"中有許多輕快跳躍充滿活力的音符

或許有人早已知道
在魔戒三部電影中我最喜歡的配樂就是"Concerning Hobbits"
不過我想在這篇出現之前應該沒人知道原因吧:)

Schubert Piano Sonata in B flat major, D960

2010-04-19T23:17:00.005+08:00

舒伯特的這首鋼琴奏鳴曲我手邊有四個版本──
Arrau, 兩個Brendel, 還有Pollini
這樣的版本數量
相對於古典音樂整體收藏的貧乏程度來說
足見D960在我心目中的地位

真正體察到蘊藏在Schubert音樂底下的情感與哲思
就是從Brendel早年的D960開始的
隨著樂句流動開展出的那一片風景到現在還是難以言喻
然而...
今天晚上在youtube上聽Richter的版本
想不到放慢步調竟能看到另一番更深刻的境界T^T
大師真的是大師:)

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關於D960一篇不錯的樂評
關於Richter教官的看法

台大晨曦學社50週年社慶

2010-04-10T21:31:00.000+08:00

(main content written on June 13 '10)

有幸參加並能付出一點心力在晨曦社的50週年社慶上
真的不知道是多久以前累積來的福報
雖然昱力學長與眾學長們討論社團現況時
稱現有的兩名社員都相當精進用功
但是自己的修行到哪裡自己最清楚

表相上
過去一年多內養成的每天打坐念佛功課幾無間斷
不過其實自從上了研究所
開始過著每天都要向實驗室報到的日子後
過去在大學四年那種有很多時間獨處的時光已然消逝
當然身獨處並不是心獨處的必要條件
不過對於我這種定力薄弱但卻妄想達到鬧中取靜的人來說
在面對與處理實驗室裡人際互動關係上
可以說是相當失敗
而少數稱得上真正了解我、講話對得上頭的朋友們
都已不在台大或甚少機會碰面
在缺少知音的狀況下更讓這事雪上加霜
不知道造成過多少回有意無意的傷害
違背菩薩律儀實在忝為佛弟子
[真的很感謝還有
晨曦社、LTTC的德文課、以及這學期曾老師的藏文課
為我的生活注入許多歡喜與活力
要不然情況恐怕會更糟糕XD]

在這樣的因緣下
本來就已經相當熾盛的煩惱更加熾盛
雖然阿姜查說──
"混亂升起的地方，就是寧靜可以升起的地方；
那裡有混亂，我們透過智慧，那裡就有寧靜。"
但顯然自己的智慧還不足以時時徹見實相
常常讓三毒之火把正念燒掉了

其實年初擬撰社慶邀請函自勉的用意相當濃厚
但成稿後至社慶這段時日所犯罪業實在罄竹難書
所以說
能參加社慶向眾學長們學習是久遠以前累積來的福報
這句話所言不虛

......

因為學弟希望能幫忙帶相見歡的小遊戲
所以比表訂時間提早半小時到二活
其實我很懷疑我有辦法帶好這種互相認識的小團康XD
一者我如果要認識一個原本不熟的人
向來都是採用一對一細火慢燉的模式
不習慣混進一大群人中裝熟哈啦
[因為這樣生科系的魚房一直跟我很絕緣XD]
二者上次當隊輔已經是快兩年前的事了
相關經驗在腦海表層已經沒什麼蹤跡可覓
不過到了會場
見到一些在開籌備會議時碰過的學長
心情放鬆不少
更好的消息是
許多學長似乎都是好友多年未見的境況
並有相片文物回顧展作催化劑
就很自動地聚成一群一群談了起來
雖然原本設計的小團康是希望讓不同世代的學長們能彼此認識
這樣的情形跟原意有點相違
不過念在大家見面實在不易
相見歡的小遊戲就默默地不執行了:)

看學弟忙著處理電腦的問題
而我似乎也幫不上什麼忙
就跟學弟的爸爸聊天
學弟的爸爸現在是中興的教授
是做plant physiology的
很久沒跟boss level的人談career的問題
有一點收穫:)

在報到時拿到一套書籤跟一本社慶專刊
趁著活動開始前略為翻閱
專刊的品質完全在意料之外！
國中畢業時當過班刊的總編
知道編刊物並不是件輕鬆的事
對於一個現有社員數小於五人的社團來說
能產生這樣一本刊物
真的要感謝眾學長們的發心分享與付出

主題演講是慧開法師的"生命意義的探索與實踐"
這表面上看似嚴肅深沉的課題
學長竟然能把它講得那麼歡喜又不失深度
實在是功力深厚:)

陸陸續續有幾位遲到的學長前來
我認得的有
系上的王淑美老師:-)
雖然以前上植生的時候
就覺得老師有些話語跟佛學思想滿相應的
但是從來沒想過老師也學佛而且曾是晨曦社的一份子XD
立法委員田秋堇:-)
沒想到田秋堇在肇璧學長當社長的年代是副社
好吧其實我也看不出來田委員有學佛
不過委員在台灣政壇上是少數有在為環保議題努力的
值得稱讚XD
其餘今天前來的學長中
在世學方面對台灣社會有比較大貢獻的
應該就是消基會的創辦人李伸一學長了

接下來的研討會在籌備會議期間的定位一直是比較學術的
奈何稿源不足結果轉型成以晨曦社的發展為討論重心
在整天輕鬆歡喜的氣氛中這個議題的討論學長們可說是砲火猛烈XD
或許因為我接觸佛法的過程滿曲折的
不像昱力是在一個佛教家庭[晨曦家庭]中長大
對於晨曦社的課程活動規劃沒有像昱力那麼保守
不過跟昱力比較相近的是
我也認為即便現在的環境如何如何
要真正吸引從未好好認識佛法的人進門來
需要的是幾位有深刻修行的師長
好的修行人就像好的音樂一樣
[這個比喻可能不好但沒有任何不敬的意味]
無論什麼樣的人碰到他都能生起歡喜與感動:)
或許這一路上從研讀義理到實際修行
理性思辨的成份相當高
但是真正的動力來源還是要歸於
佛法對於轉化心念品質的效果相當強大
在這條道路上從起點開始
一直都能感受到超越身心束縛苦樂的自由[與"快樂"]"是""存在"的
[礙於語言問題還是要用到快樂、存在兩個形容詞跟一個繫詞XD]
也因此我不太能理解部分學長提的朝慈青社或福智社模式轉型的建議
不是說從日常生活中實際付出奉獻來修習智慧不好
不是說辦活動出遊交友大家快快樂樂歡歡喜喜不好
有些方法包裝得可能太多
反而會看不見智慧的核心

中午用完餐後
先後是兩種不同形式的社友故事與心得分享
經歷了五十年
全盛時期社員數可高達數百人的一個社團
隨手捻來都是充滿趣味的故事或是深具啟發的心得
西蓮淨苑的慧觀法師跟幾位淨苑的僧眾此時也到達會場
因為淨苑跟師大中道社的深厚因緣
他們早上先前往參加中道社的五十週年社慶
我是今天才知道原來慧觀法師也曾是晨曦社的一員:-)

接下來的淨修捷要是今日活動中的行門
跟倫理學一樣思考與實踐互相激盪成長
解行並重才是修行的正途:-)
本來以為是謝老師帶領
結果竟然請到了淨苑的法源、法可、法洲(？)法師
真是不可思議

整日的正式活動依照傳統以無盡燈來收尾
[現在很多地方辦活動也會用無盡燈作結束
不過聽說這是晨曦社首創的？！待查證]
聖誕節去懷恩堂也有唱平安夜傳燭火的活動
不過還是無盡燈比較感人啊XD
或許基督宗教的某些精神與佛法共通
但是在佛法修行上對一切有情所發的大願與承諾
那樣平等廣大的心量是我不曾在基督宗教中見到的
現在光是回想那情景
就讓我汗毛直豎了好久
更讓我對自己在身語意上下的功夫不多感到慚愧
這也是我第一次唱弘一大師(李叔同)作的三寶歌
除了感動還是感動

晚上的聚餐就近在二活的筷子舉行
筷子大概因為不是專門做素食料理的
用了滿多奇奇怪怪的加工素料XD
聚餐意外的收穫是
抽中某經營攝影器材的學長布施的一台Nikon Coolpix S4000
雖然相機對我而言一直算不上必備品
不過既然得到了也就歡喜接受
拍一些生活中令人感動的畫面也是不錯

......

今天可謂法喜充滿的一天

很久沒有這樣的因緣
可以如此毫無罣礙地和別人互動
雖然跨越了整整半個世紀
大家各有不同的修持法門
有些學長事業或官也做得很大
但碰了面談論起來
卻能這樣一見如故、平等輕鬆自在
這樣的際會並不多見
在台灣大概也只有晨曦社有這樣的傳統

從眾多在家出家的學長身上學到了很多:)

Congrats to Bald Ko

2010-03-10T23:44:00.004+08:00

雖然距離消息發布已經過了好幾個星期了
不過今晚感覺不錯
補上這篇遲來的恭喜文

我高中時期最好的朋友柯禿頭
順利申請到DPhil Program at Oxford University Computing Laboratory
順利拿到全額的Clarendon fund

這是件邪惡的事情
但還是要祝Bon Voyage!

遺傳學家與遺傳學

2010-02-28T21:16:00.004+08:00

謝兆樞老師在我進台大前就一直有歸隱的風聲
不過我還是很幸運地在大二下修到了他開的分子遺傳學
而老師今年寒假也正式退休
這原本是個美好的結局

萬萬沒想到
老師在退休前竟然開了一門新課"遺傳學家與遺傳學"
上學期因為所上課程太重
在選課期間完全沒逛課程網而沒發現
沒修這門課對我而言是個缺憾
對台大而言
要是老師再也不會重出江湖開這門課
那真的是巨大的損失
[這不是誇飾法
看看老師在開場白上的最後一張slide吧]

Selected Papers 022610

2010-02-26T17:23:00.002+08:00

biophysics
Measurement of the Membrane Curvature Preference of Phospholipids Reveals Only Weak Coupling between Lipid Shape and Leaflet Curvature
Curvature and Shape Determination of Growing Bacteria

biochemistry
Topology Links RNA Secondary Structure with Global Conformation, Dynamics, and Adaptation
The Transition State for Peptide Bond Formation Reveals the Ribosome as a Water Trap

prokaryotic cytoskeleton
P1 Plasmid Segregation: Accurate Redistribution by Dynamic Plasmid Pairing and Separation
Examination of the interaction between FtsZ and MinC^N in E. coli suggests how MinC disrupts Z rings
MreB Drives De Novo Rod Morphogenesis in Caulobacter crescentus via Remodeling of the Cell Wall

cytoskeleton
The Kinesin-8 Kif18A Dampens Microtubule Plus-End Dynamics

cell biology
Lipid Rafts As a Membrane-Organizing Principle [review]
CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea [review]
Elevated ATPase Activity of KaiC Applies a Circadian Checkpoint on Cell Division in Synechococcus elongatus
Actin Dynamics Drive Membrane Reorganization and Scission in Clathrin-Independent Endocytosis

cell biology, modeling
Noise Can Induce Bimodality in Positive Transcriptional Feedback Loops Without Bistability
Building Biological Memory by Linking Positive Feedback Loops
Discrete, Continuous, and Stochastic Models of Protein Sorting in the Golgi Apparatus
Modeling the Resonant Release of Synaptic Transmitter by Hair Cells as an Example of Biological Oscillators with Cooperative Steps

neuroscience
Decorrelated Neuronal Firing in Cortical Microcircuits
The Asynchronous State in Cortical Circuits

ecology
Mixed-Power Scaling of Whole-Plant Respiration from Seedlings to Giant Trees

evolution
Lack of Evolvability in Self-Sustaining Autocatalytic Networks Constraints Metabolism-First Scenarios for the Origin of Life
Network Analyses Structure Genetic Diversity in Independent Genetic Worlds

evolution, theoretical biology
Competition-Colonization Dynamics in an RNA Virus

The Paper

2010-01-14T22:45:00.006+08:00

實驗室第一篇自產的paper
"Direct MinE–membrane interaction contributes to the proper localization of MinDE in E. coli"
在這期的Mol Microbiol上

MinE-membrane interaction這件事很有趣
可惜的是
它們彼此間的interaction strength並不強
而且它的生理意義相當elusive
我個人對MinE-membrane interaction的想法也仍十分保留
[不過最近日本有個group作simulation的結果也認為這件事是重要的
因為是獨立於我們的lab work而且反應擴散模擬看起來不錯
讓我的態度比較沒那麼保守了XD]

一年半前老闆把相關結果投到Cell時
reviewers的看法是interesting but immature
中間歷經了Mol Cell, Science, and PNAS
最後終於把部分結果弄上了Mol Microbiol
雖然Mol Microbiol的IF只有5.2
但也是bacterial cell biology這領域在PNAS下最好的期刊了
此外剛剛發現Faculty of 1000 Biology也選了這篇paper
算是好消息吧

Global Warming, Global Cooling & Arctic Oscillation

2010-01-12T15:11:00.002+08:00

昨日和高中同學吃晚餐時
因為近日台灣和北半球的天氣型態
被問到幾個關於氣候變遷的問題──
全球暖化是假的嗎？
是不是要進入冰河期了？

這些問題都不是簡單的是非題
也不是三言兩語就能解決的問答題
況且一般人在問類似問題的時候
對於諸如全球暖化、冰河期等名詞在大氣科學上的定義與意涵並未弄清
常常只是憑著自身短短數十載甚或十數載對天氣的經驗與記憶來推想
而氣候變遷卻是在多重時間尺度下許多機制回饋疊加出來的結果
因著媒體的斷章取義
產生誤解實在是太容易了

對近日天氣型態變化有興趣的
可以先讀魏國彥和許晃雄老師寫的全球環境變遷導論
或是我根據Ruddiman的Earth Climate和其他參考書寫成的
論極區氣候變遷及冰融現象與人為溫室氣體增量的關聯性
[雖然我不是大氣科學背景出身的
但climatology是我在數學和生物之外的第三個興趣
而且當初修大氣系必修地球系統科學概論時成績也是全班最高
裡頭的論理不敢說沒有錯誤不過已盡量降到最低]
時間很多的人
可以直接從IPCC AR4的WGI Report下手

最後該注意的是
人類所認知的與建構於其上的理論
跟實相兩者間的差距
見諸相非相，才能即見如來:)

Selected Papers 122609

2009-12-26T21:26:00.003+08:00

biophysics
Computational Model of Membrane Fission Catalyzed by ESCRT-III

biochemistry
An Analytical Solution to the Kinetics of Breakable Filament Assembly
Structure of a Bacterial Dynamin-like Protein Lipid Tube Provides a Mechanism For Assembly and Membrane Curving

biochemistry, applied math
Detection of Protein Secondary Structures via the Discrete Wavelet Transform

prokaryotic cytoskeleton
Curved FtsZ Protofilaments Generate Bending Forces on Liposome Membranes
Lateral FtsZ Association and the Assembly of the Cytokinetic Z Ring in Bacteria
Membrane-Mediated Interactions Drive the Condensation and Coalescence of FtsZ Rings
Movement and Equipositioning of Plasmids by ParA Filament Disassembly
Linear Plasmid SLP2 Is Maintained by Partitioning, Intrahyphal Spread, and Conjugal Transfer in Streptomyces

cytoskeleton, modeling
A Theory of Microtubule Catastrophes and Their Regulation

cell biology
The Spindle Position Checkpoint Requires Positional Feedback from Cytoplasmic Microtubules
Cytoskeletal Forces Span the Nuclear Envelope to Coordinate Meiotic Chromosome Pairing and Synapsis
Meiotic Chromosome Homology Search Involves Modifications of the Nuclear Envelope Protein Matefin/SUN-1

cell biology, biochemistry
The Physical State of Water in Bacterial Spores

cell biology, theoretical biology
Singularity in Polarization: Rewiring Yeast Cells to Make Two Buds
Calcium Participates in Feedback Regulation of the Oscillating ROP1 Rho GTPase in Pollen Tubes

developmental biology, modeling
Dynamics of the Dorsal morphogen gradient

animal behavior
Shape Transition during Nest Digging in Ants

evolution
The Dynamics of Adaptation on Correlated Fitness Landscapes
Caterpillars Evolved from Onychophorans by Hybridogenesis
Caterpillars Did Not Evolve from Onychophorans by Hybridogenesis

computational biology, cell biology
Circadian KaiC Phosphorylation: A Multi-Layer Network

theoretical biology
Dynamics and Directionality in Complex Networks
Competition between Collective and Individual Dynamics
Stochastic Modelling of Reaction–Diffusion Processes: Algorithms for Bimolecular Reactions
Spatial Confinement Controls Self-Oscillations in Polymer Gels Undergoing the Belousov-Zhabotinsky Reaction

法鼓山禪一

2009-12-20T22:22:00.008+08:00

法鼓山　是台灣幾個佛教山頭中
在落實佛法修行這方面上我印象最好的地方
[這純粹只是個人對世俗表相的看法
實際上是否如此末學不敢評斷]
雖然一直以來都沒有機緣從書籍學習或是親炙法鼓山的禪法傳承
但是法鼓山及聖嚴師父
其實都是過去一年多來促成我能聞思修正法的助緣
曾德明和林純瑜老師都畢業於法鼓佛教學院的前身"中華佛研所"
譯著了許多影響我甚多的實修文獻的如石法師
也曾是中華佛研所的副研究員
[如石法師是曾老師在佛研所時的指導教授]
在橡樹林與橡實的多本譯作中
對於建立我正確佛學知見有相當影響者
相當大的一部分是由賴隆彥和廖本聖老師中譯的
兩位學長也是畢業於中華佛研所
[賴老師的指導教授應該也是(？)如石法師
廖老師當時的藏文老師就是曾德明老師]
乃至於晨曦社這學期的初級禪訓班能圓滿辦成
都要感謝法鼓山傳燈院提供場地跟師資的協助

這個週末
因著佛教學院的洛廷學長等人的協助
得以和晨曦社及中道社兩位學長一同上法鼓山參加禪一
這是我第一次踏上法鼓山的總本山
這裡的地勢環境園區建築看起來有變成熱門旅遊景點的趨勢
假日前來參學或是拜訪的人絡繹不絕
但周遭原始的山林、樸實的建築與和氣的四眾弟子
似乎能收攝每個到來過客的身心

下午到訪時由幾位佛教學院的學長帶我們熟悉周遭環境
[這邊的生態環境看來仍相當原始而且登山步道並不少
看來是個可以兼顧身心修行與認識生物的好地方]
用過晚齋
到祈願觀音殿和大殿頂禮過菩薩及三寶佛後
就進到禪堂開始將近一天的閉關
雖說心淨則國土淨
但還是不得不讚嘆法鼓山禪堂的不可思議
在這裡任何的起心動念都覺照得清清楚楚
從入口處的橫幅──應無所住
對聯──選佛場中別無對手　傳燈會上相印於心
到禪堂裡潔淨無暇的佛陀
無一不直指人心
策勵禪眾精進

由於這次的禪一
有許多上山參加研討會的教授和學生留下參加
大多是接觸佛教不多、沒有打坐經驗者
所以果鏡法師在晚上特地先向大家介紹了禪堂跟基本坐禪的方法
結束之前遇上今年規模最大的地震
相當有趣的因緣

禪堂的居士寮房潔淨舒適機能健全
能在這樣的環境修行真不知是過去累積多少福報得來的
而且因為體諒研討會留下的參加者
早上打板的時間延後到五點
[一般而言應該是三點半到四點間]
這一晚睡得相當好:)

做完早課用完早齋
先到禪堂外的禪堂臨溪公園走了一圈
回到禪堂後
先是果鏡法師的演講
接著是堂主果元法師關於放鬆的開示
聽果元法師講話心中有一股歡喜生起
不過一整個早上下來
真正坐禪的時間大概只有一炷香左右
對禪一而言好像少了一點XD

中午用過午齋後有短暫的出坡
之後竟然允許我們回寮房休息到兩點
這真是太令我吃驚了
雖然我也回房小小休息了一下
但是後來在結束後的小組分享時
聽佛教學院的一位法師說
她那段時間到戶外的打坐空間打坐
唉只能說自己真是太不精進

下午的打坐時間對我而言相當長
從兩點到四點整整兩個小時
不是很確定什麼時候腿部和骨盆的疼痛痠麻開始生起
先把疼痛當作禪修的對境
大概方法用得不好
這一雙腿是越觀越痛
決定採用阿姜查的方法
隨息持念buddho並觀想禪堂中微笑的佛陀
這方法很好
有一些時間身心的輕安取代了腿部的疼痛
不過我的堅毅力還是不夠強
沒有坐到果鏡法師敲引磬就起身經行
不過原本以為只坐了一小時
但是才經行兩圈引磬聲就響起
所以算起來大概坐了有100分鐘左右
還是很大的突破了
起坐後是小組分享
聽佛教學院的法師和學長分享心得
有不錯的收獲

收拾整理禪堂後禪一活動圓滿結束
不過距離回台北的國光號發車時間所剩無幾
我因為回佛教學院找昨日放在傘架上的雨傘
沒能在下山前到大殿禮佛
算是此行最大的缺憾吧:)
[其實雨傘也沒找著
因為法鼓山的傘慣例上是可以自由拿取
大概是被人撐到別棟建築去了
雨傘算是布施給法鼓山了XD]

Song of the Day

2009-12-01T19:33:00.002+08:00

一年又過去了:)

這一年來最該感謝的應該是曾德明和林純瑜老師吧
再來就是已邁入第50年的晨曦社
呵呵
當然還有身邊的家人朋友師長以及所有的有情眾生

今年的生日歌就決定是......

Reflection (from "Mulan")
[violin solo]

[English]
Look at me
I will never pass for a perfect bride
Or a perfect daughter
Can it be
I'm not meant to play this part?
Now I see
That if I were truly to be myself
I would break my family's heart

Who is that girl I see
Staring straight
Back at me?
Why is my reflection someone I don't know?
Somehow I cannot hide
Who I am
Though I've tried
When will my reflection show
Who I am inside?
When will my reflection show
Who I am inside

[Deutch]
Sieh' mich an,
niemals werde ich die perfekte Braut
So wie and're Töchter
Kann es sein,
mach' ich immer alles falsch?
Doch ich weiß,
wenn ich mich so gebe wie ich mich fühl'
Brech' ich allen hier das Herz

Was macht es mir so schwer?
Ich erkenn' mich nicht mehr
Wer ist diese fremde Frau im Spiegel drin?
Wann seh' ich's endlich ein
Ich kann nicht anders sein
Wann zeigt mir mein Spiegelbild,
wer ich wirklich bin?
Wann zeigt mir mein Spiegelbild,
wer ich wirklich bin?

[Français]
Non, jamais je ne serai faite pour le mariage
Ni une fille bien sage
Je le sais cette vie n'est pas pour moi
J'ai compris que si je veux rester ce que je suis
Mes parents seront meurtris

Quel est donc ce mirage, cette image sans visage?
Pourquoi miroir réfléchis-tu sans me voir?
Je cherche en ma mémoire
Qui je suis pour savoir
Perdu dans ces réflexions
Où mon âme s'égare
Dans mon miroir d'illusions
Quelle fille je vais voir!

誓願時時精進
不敢奢言人牛雙泯的境界
但希望一年內能馴伏自心──
綠楊蔭下古溪邊　放去收來得自然
日暮碧雲芳草地　牧童歸去不須牽

謝謝今天祝福我的人
祈願大家平安喜樂並能找到自己:)

愛這首歌

2009-11-26T23:31:00.002+08:00

今天中午在馬鈴薯咖哩吃飯時
聽到蕭煌奇的「愛這首歌」
深受音樂和歌聲中的真摯感動
到實驗室以後憑著聽到的歌詞片段把這首歌找了出來
聽說這是去年金曲獎
最佳台語男演唱人的最佳台語專輯中的最佳作曲
However,
這是我第一次聽到這首歌
[看來我跟這個這個社會脫節很久了XD]
所以還是把歌詞轉載到這
跟大家分享:)

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想欲為你唱一首歌歌聲永遠袜變卦
這首歌代替阮咒誓這款愛的心晟你甘知影

自從愛著你這個人惦惦想著你的名
想欲看到你的形影這款愛的心晟特別想嘜唱歌

愛這首歌唱乎你一個人聽不知你甘有聽出阮心聲
越頭看才知這條感情線早已經將你綁惦心肝

愛這首歌你嘜唱乎誰來聽我置這等你歌聲來作伴
你愛我我愛你的這首歌親像雨乎風攏吹袜散

自從愛著你這個人惦惦想著你的名
想欲看到你的形影這款愛的心晟特別想嘜唱歌

想欲為你唱一首歌歌聲永遠袜變卦
這首歌代替阮咒誓這款愛的心晟特別想嘜唱歌

愛這首歌唱乎你一個人聽不知你甘有聽出阮心聲
越頭看才知這條感情線早已經將你綁惦心肝

愛這首歌你嘜唱乎誰來聽我置這等你歌聲來作伴
你愛我我愛你的這首歌親像雨乎風攏吹袜散

真心對待用心感覺有你的手做靠山
酸甜苦澀兩個人擔只要牽你手永遠不怕孤單

Selected Papers 111509

2009-11-15T17:45:00.002+08:00

biophysics
Bacillus subtilis Spreads by Surfing on Waves of Surfactant

cell biology
STIM1 Is a Calcium Sensor Specialized for Digital Signaling
Mitochondrial 'Kiss-and-Run': Interplay between Mitochondrial Motility and Fusion–Fission Dynamics
Biased Segregation of DNA and Centrosomes — Moving Together or Drifting Apart? [review]

cell biology, evolution
Evolution of Biomolecular Networks — Lessons from Metabolic and Protein Interactions [perspective]

prokaryotic cytoskeleton, theoretical biology
Predictions from a Stochastic Polymer Model for the MinDE Protein Dynamics in Escherichia coli

neuroscience
Molecular and Cellular Approaches to Memory Allocation in Neural Circuits [review]

ecology, theoretical biology
Statistical Mechanics of Ecosystem Assembly

theoretical biology
Time-Delay-Induced Instabilities in Reaction-Diffusion Systems

落日微風一樹蟬

2009-10-25T16:52:00.003+08:00

碧虹分雨半山橋，橋下春雷卷怒濤
老衲定回推戶看，隔溪開盡野櫻桃
竹屋茶香滿澗煙，綠杉深處響流泉
目前有法誰能說？落日微風一樹蟬

──元僧　惟則

--------------------------------------------------

時時覺察　念念分明
聽見喧鬧生滅背後的寧靜:)

聽‧台灣

Selected Papers 101009

2009-10-10T22:01:00.003+08:00

cell biology
Chromosome Crosstalk in Three Dimensions [review]
Kinesin superfamily motor proteins and intracellular transport [review]
Conserved Functions of Membrane Active GTPases in Coated Vesicle Formation [review]
P53 — 30 Years On [special issue]
The Tumor Suppressor p53 Regulates Polarity of Self-Renewing Divisions in Mammary Stem Cells
Global Analysis of Cdk1 Substrate Phosphorylation Sites Provides Insights into Evolution
A G Protein–Coupled Receptor Is Essential for Schwann Cells to Initiate Myelination
Spatiotemporal Patterns and Transcription Kinetics of Induced RNA in Single Bacterial Cells
Subcellular Localization of a Bacterial Regulatory RNA

cell biology, biophysics
Cell Form and Physics [special issue]

cytoskeleton
In Silico Reconstitution of Actin-Based Symmetry Breaking and Motility

prokaryotic cytoskeleton
Cell Division Ring, a New Cell Division Protein and Vertical Inheritance of a Bacterial Organelle in Anammox Planctomycetes
The Bacterial ZapA-like Protein ZED Is Required for Mitochondrial Division

developmental biology
Fgf8 Morphogen Gradient Forms by a Source-Sink Mechanism with Freely Diffusing Molecules

plant physiology, developmental biology
Signals and Prepatterns: New Insights into Organ Polarity in Plants

plant physiology
Fluorescent Chlorophyll Catabolites in Bananas Light up Blue Halos of Cell Death

computational biology
Googling Food Webs: Can an Eigenvector Measure Species' Importance for Coextinctions?

theoretical biology
Positive Interactions Promote Public Cooperation

imaging
Intracellular fluid flow in rapidly moving cells
Quantifying Cellular Interaction Dynamics in 3D Fluorescence Microscopy Data

西蓮淨苑行

2009-10-04T21:13:00.009+08:00

因著中道社跟晨曦社要到三峽的西蓮淨苑參訪
今年的中秋節沒有返家
而是和三位學長一起到淨苑和僧眾度過這個傳統節慶

這是從我比較認真學佛以來
第一次踏進佛教寺院
雖然在行前已經先了解淨苑的歷史傳承
也知道淨苑的現任住持是惠敏和尚
[法師也是法鼓山的首座和法鼓佛教學院的現任校長]
但礙於以前對台灣中國佛教傳承下的部分出家眾有些不好的印象
心裡還是會擔心
不過這點罣礙在見到淨苑的法師們就煙消雲散了
相當老實誠懇的修行人:)
從法師們言行舉止散發出來的慈悲
讓人有一種可以安穩地依止的感覺
過去從教理研習或是閱讀高僧行誼
雖能讓我肯定何以僧伽是值得皈依的三寶之一
但都比不上直接面對一個有修行的僧伽時
內心的感動與震撼

禮佛與熟悉寺院環境後
聆聽住持和尚惠敏法師的開示
法師的開示深入淺出切中要點
從中獲益不少

晚齋前參加了淨苑的晚課
這是我這輩子第一次和四眾弟子一同在大殿中課誦
在莊嚴穆肅的音聲中再一次生起了強烈的感動
不可思議的是
這種表相上看似強烈的情感卻能返照出內在的寧靜自在

晚齋後是淨苑的中秋「千江晚會」
這名字是值得細細思量的
在這裡我引永嘉證道歌作註──
一性圓通一切性　一法遍含一切法
一月普現一切水　一切水月一月攝
[聽說雲門的水月跟這有一點關係？]
很佩服淨苑的大專念佛會的學長們
在看似喧鬧的表演與活動中還能帶出佛法
相當不容易
沒料到晚會竟會以阿姜查的禪修世界作結
真是法喜充滿的一天:)

晚上宿於大殿佛正下方的男眾居士寮
雖然睡得不是很好但是相當安穩

三點半聞打板聲起身作簡單的梳洗
喜見天上明月皎潔
在天候不佳的北部能見到月亮　一樂也
能與許多有修行的僧眾度佳節　二樂也
累劫得來的不可思議因緣

上大殿禮佛後
於位置上坐定等待早課的開始
望著微笑的佛陀
啊　這真是修行的好地方與好時機
淨苑屬淨宗法脈
早課中念佛繞佛佔了相當比例
但還是有一炷香的止靜
這也讓我發現把念佛作為打坐的前行功課是相當不錯的

早齋後跟法師們一起出坡
替淨苑的午齋做準備
[雖然我們並沒有要留下來過中午]
寺院的生活比我以前認知的還要忙碌

離去之前
我們到淨苑的開山和尚智諭師父的紀念館
聽師父的開示選輯
雖然多所引用經文但並不會讓人有生澀之感
最後是小小的一段寺院後方山徑經行
微雨中穿梭樹叢並討論義理
別有一番滋味

獲益良多的一次參訪:)

The Foundations of Buddhism

2009-08-31T22:22:00.005+08:00

趁尊者來台的殊勝因緣
推薦賴老師新近翻譯的著作《佛教基本通》

Rupert Gethin所作的這本The Foundations of Buddhism
以簡要清晰的筆法引領讀者正確理解佛法僧三寶及戒定慧三學
根據當代的學術研究成果來釐清佛教不同部派的發展
又能回歸基礎教義來理出隱含其中的佛學根本核心
可使初學者避免因視域不足而產生偏執或不當批判
BTW,
這本書解行並重
在進階義理與修行實踐上的著墨較一般入門書來得多
因此對佛教史、佛教哲學、佛學實踐有興趣的
以這本書為primer應能開展出一條通往智慧的道路:)

誠心推薦之

--------------------------------------------------

賴老師的譯文堪稱暢達
但因為採用了許多傳統的中文名相來譯專有名詞
有些地方對於初機者而言可能仍過於難解
此外
以下是我認為有誤譯而易使讀者錯解之處
提出來供大家參考──

1. 第115頁倒數第四行，根據原著應該譯為
"這個體驗不是「無有」(a nothing)──僅僅沒有貪嗔痴而已──而是所謂的「無為」(unconditioned)"

2. 第139頁最後一段，因為一般人對幸福的理解可能較為粗淺，所以這邊未仔細定義或區分「功德」和「福德」兩個名相，容易使人誤判佛教精神生活的核心

3. 第143頁第四行，根據原著此處的「僧伽成功」是名詞，指上述僧制的成功(the success of monastic Sangha)

4.第284頁第五行，根據原著應譯成
"因為經驗主體(所謂的「能執」)與經驗對象(所謂的「所執」)..."

Selected Papers 082709

2009-08-27T22:28:00.003+08:00

biochemistry
Biology under Construction: In Vitro Reconstitution of Cellular Function

cell biology
Chromatin Shapes the Mitotic Spindle
A Class of Dynamin-like GTPases Involved in the Generation of the Tubular ER Network
Molecular Mechanism of Membrane Constriction and Tubulation Mediated by the F-BAR Protein Pacsin/Syndapin
A Mechanism for Cell Cycle Regulation of Sporulation Initiation in Bacillus subtilis
Cyanobacterial Daily Life with Kai-Based Circadian and Diurnal Genome-Wide Transcriptional Control in Synechococcus elongatus

eukaryotic cytoskeleton
Structural Plasticity in Actin and Tubulin Polymer Dynamics [review]

prokaryotic cytoskeleton
Bacterial Cell Division: Assembly, Maintenance and Disassembly of the Z Ring [review]
Negative Membrane Curvature as a Cue for Subcellular Localization of a Bacterial Protein
Localisation of DivIVA by Targeting to Negatively Curved Membranes
The Actin-Like MreB Cytoskeleton Organizes Viral DNA Replication in Bacteria

microbiology
Helicobacter pylori Moves Through Mucus by Reducing Mucin Viscoelasticity

animal physiology
Wake Tracking and the Detection of Vortex Rings by the Canal Lateral Line of Fish

ecology
Generalized Models Reveal Stabilizing Factors in Food Webs

evolution
Evidence for an Early Prokaryotic Endosymbiosis

theoretical biology, cell biology
Defining Network Topologies that Can Achieve Biochemical Adaptation

imaging
Cryo-Electron Tomography of Bacteria: Progress, Challenges and Future Prospects

Progress

2009-08-08T11:27:00.001+08:00

有幸認識幾個思想深刻的心靈且能略知其發展脈絡
實一大樂事也

學思歷程 by Josh Ko
學思歷程 by zhanguihan

Selected Papers 080209

2009-08-02T10:57:00.001+08:00

biophysics
Membrane Buckling Induced by Curved Filaments
Structural Origin of Circularly Polarized Iridescence in Jeweled Beetles

biophysics, prokaryotic cytoskeleton
Self-Organization of the MinE Protein Ring in Subcellular Min Oscillations

cell biology
Paracrine Signaling in a Bacterium
Cell Fate Decision Mediated by p53 Pulses
Rab GTPases as Coordinators of Vesicle Traffic [review]

cytoskeleton, cell biology
Compression Regulates Mitotic Spindle Length by a Mechanochemical Switch at the Poles
Growth, Fluctuation and Switching at Microtubule Plus Ends [review]

cell biology, immunology
Mechanisms and Functions for the Duration of Intercellular Contacts Made by Lymphocytes [review]
Membrane Vesicles as Conveyors of Immune Responses [review]

neuroscience
Maximization of the Connectivity Repertoire as a Statistical Principle Governing the Shapes of Dendritic Arbors
How the Olfactory Bulb Got Its Glomeruli: A Just So Story? [perspective]

developmental biology
A "Latent Niche" Mechanism for Tumor Initiation
Synchronous and Stochastic Patterns of Gene Activation in the Drosophila Embryo
Follow the mRNA: A New Model for Bicoid Gradient Formation [review]

evolution, ecology
Global Patterns of Speciation and Diversity

theoretical biology
A Unified and Universal Explanation for Lévy Laws and 1/f Noises
Impact of Human Activity Patterns on the Dynamics of Information Diffusion
Complex Systems and Networks [special issue]

earth science
Formation of Evenly Spaced Ridges and Valleys

Do You Hear the People Sing

2009-07-25T08:05:00.004+08:00

近來KMT政府做了太多看起來像是未經大腦思考的事情
真的讓人非常失望

贓官可恨，人人知之，清官尤可恨，人多不知。
贓官自知有病，不敢公然為非；
清官則以為不要錢，何所不可？
剛愎自用，小則殺人，大則誤國，吾人親眼所見，不知凡幾矣。

──《老殘遊記》

唉

The Fly

2009-07-18T23:27:00.003+08:00

是日傍晚妄念紛飛
然則於飯後巧遇曾林二師
心生歡喜
提起正念

感此因緣之不可思議
特分享此影片與諸位共勉之

Selected Papers 071209

2009-07-12T10:08:00.000+08:00

biochemistry
Unlimited Multistability in Multisite Phosphorylation Systems

cell biology
Noc Protein Binds to Specific DNA Sequences to Coordinate Cell Division with Chromosome Segregation

cytoskeleton, cell biology
Lateral Microtubule Bundles Promote Chromosome Alignment during Acentrosomal Oocyte Meiosis
Chromosome Congression in the Absence of Kinetochore Fibres

evolution
Adaptive Prediction of Environmental Changes by Microorganisms

theoretical biology
Locating the Transition from Periodic Oscillations to Spatiotemporal Chaos in the Wake of Invasion
Accuracy of Positional Information Provided by Multiple Morphogen Gradients with Correlated Noise
Stochastic Dynamics of Model Proteins on a Directed Graph

痞子英雄 Black & White

2009-07-05T20:41:00.010+08:00

去年底今年初有了光陰的故事
沒想到今年還有痞子英雄:)

就節奏感跟故事背後的哲學而言
痞子英雄應該是勝出的

這部戲丟出了很多並不簡單的議題
最核心且貫串整部戲的就是
在這個世界中的人事物沒有一個能被完整地分到
是非善惡正義邪惡
這些人人以為可以一刀劃成兩半相當clear-cut的概念的其中一邊

從小念儒家的經典長大
我一直很堅持我的是非原則跟公義[可能到現在還是？！(笑)]
這點跟吳英雄很像
也是因為這樣
國中那三年我受到的傷害跟衝擊很大[舊blog談危險心靈時有點到一些]
從一個與世無爭的鄉下小學校進到彰化兩個國中數理資優班其中之一
有太多事情是我不習慣跟難以忍受的
小團體、猜忌、背後中傷甚至實質的物理性傷害......
加諸在我身上的我可以默默承受
但是最讓我看不過去的就是考試作弊這件事
這讓別人辛苦的努力不能得到他們應有的rewards
而不付出血汗的卻能坐享稱讚跟榮耀
破壞了公平與正義
當時常和幾個想法相同的同學義憤填膺地討論著
我也深信小時候會作弊出社會了一樣會幹壞事情
不過終究沒有跟老師舉發那些被我們記錄到的人
矛盾的是
後來我竟然會和裡頭許多人成為好朋友
而且發現他們也有良善的地方
However,
當時我並沒有更深入地思索到底善惡是什麼

但我也要承認
縱使我堅持我的是非原則
我還是要面對我自己身上的黑暗面
跟吳英雄一樣:)
這輩子我拿過三次不該拿的分數
小二有次國語考卷有個字我不會寫
我抄了同學丟給我的紙條上的答案
國一考認識台灣社會篇
我不確定民進黨是哪年創的(XD)
剛好轉頭時看到同學的考卷上答案跟我的不一樣
我把我的答案改掉結果對了
高三有次我默許數學小老師把我的小考分數登記得比較高
呵
或許我比吳英雄糟
吳英雄到26歲才第一次壞了他自己的原則呢

高中畢業時
Charlie送我的小卡片上寫著
這世界上沒有東西是純的
說真的高中三年和Charlie不算太熟
Chaelie會這樣寫
不是我的personality表現得太strong
[大概像吳英雄這樣吧──
吳英雄：黑的就是黑的，白的就是白的，
你在染缸裡待久了，白的都會變成黑的╰(╬￣皿￣)╯]
就是Charlie看人的功力很高

身為一個人
處在這個世界
就要面對環境的陰暗角落
以及正視自己的黑暗面

周遭的闇黑或許我們無力解決
但心中的幽微卻是值得努力讓它散發光亮的
如果要說宗教存在的目的
各大宗教的核心應該都在這裡
佛學如此天主基督宗教也是如此
從有限走向無限
正如片頭曲無賴正義中說的
如果生命真的有極限 (沒有極限)
我會衝破所有的界限 (沒有界限)
不過這不是條好走的道路

再來談吳洋檢察官在第22集說的話吧
最深的黑暗，往往來自最光明的地方
在這個世界上有個龐大的集團，他們操縱許多國家的政治和經濟
他們為所欲為的玩著一種金錢的遊戲，以億為單位
五億、十億、一百億、一千億
他們為了達到目的，不惜在每個地方製造意外、製造戰爭
從連環車禍、到大樓火災
從人為爆炸、到恐怖攻擊
人們越是害怕，他們越能利用人們的恐懼
買更多的軍火，賺更多的錢

第一次用心思考恐懼跟集體心理或集體意識
應該就是讀Michael Crichton的State of Fear的時候
而大一寫2001: A Global History和讀Imagined Community的經驗
讓我的想法更加成熟也對這樣的操作更加小心
這也是為什麼起初我完全不支持反波蘭醫生行動的主要原因

念了十幾年的儒家經典
修過一整年的基本倫理學
深入幾個月的佛學義理實踐
但看痞子英雄的過程中
還是讓我產生了一些疑惑
重新思考了光亮和黑暗的問題
痞子英雄真的很成功:)

--------------------------------------------------

在第3集中
我很喜歡吳英雄的一個表情
今天在TaiwanDrama板看到jackeyman大的文章中
把這個表情用文字符號表達得十分傳神
特別轉來這裡分享給大家:)

吳英雄：就跟你說是警察！！╰(╬￣皿￣)╯

哈哈
其實在上面已經偷偷出現了XD

BTW,
痞子英雄真的很好看
公視上禮拜三開始播第二次
周一到周五晚上9點
還沒看過的人趁暑假趕快看吧
這是公視創台以來收視率最高的節目耶

期待明年暑假的續集電影！
也希望拉法葉軍購弊案有水落石出的一天
在拉法葉案中死得不明不白的人不比痞子英雄裡的少！

Selected Papers 062309

2009-06-22T09:09:00.004+08:00

biochemistry, biophysics
Emerging Roles for Lipids in Shaping Membrane-Protein Function [review]
Geometric Considerations in Virus Capsid Size Specificity, Auxiliary Requirements, and Buckling

molecular biology
DNA Looping Provides Stability and Robustness to the Bacteriophage λ Switch

prokaryotic cytoskeleton
Recruitment of Condensin to Replication Origin Regions by ParB/SpoOJ Promotes Chromosome Segregation in B. subtilis
Recruitment of SMC by ParB-parS Organizes the Origin Region and Promotes Efficient Chromosome Segregation
In Escherichia coli, MreB and FtsZ Direct the Synthesis of Lateral Cell Wall via Independent Pathways That Require PBP 2
Modeling the Physics of FtsZ Assembly and Force Generation

eukaryotic cytoskeleton
Transformation from Spots to Waves in a Model of Actin Pattern Formation
Structural Memory in the Contractile Ring Makes the Duration of Cytokinesis Independent of Cell Size
γ-Actin Is Required for Cytoskeletal Maintenance but not Development

cell biology
Decoding of Cytoplasmic Ca²⁺ Oscillations through the Spatial Signature Drives Gene Expression
Understanding the Warburg Effect: The Metabolic Requirements of Cell Proliferation [review]
Polar Gradients of the DYRK-Family Kinase Pom1 Couple Cell Length with the Cell Cycle
A Spatial Gradient Coordinates Cell Size and Mitotic Entry in Fission Yeast

plant physiology
Exchange of Genetic Material Between Cells in Plant Tissue Grafts

developmental biology
Interactions between Zebrafish Pigment Cells Responsible for the Generation of Turing Patterns

neuroscience
Hippocampal Theta Oscillations Are Travelling Waves

evolution
In the Light of Evolution III

theoretical biology
Entraining the Topology and the Dynamics of a Network of Phase Oscillators
Asymmetry-Induced Effects in Coupled Phase-Oscillator Ensembles: Routes to Synchronization
Evolutionary Dynamics in Set Structured Populations
Heterogeneous Preferences, Decision-Making Capacity, and Phase Transitions in a Complex Adaptive System
An Experimental Design Method Leading to Chemical Turing Patterns

Selected Papers 062009

2009-06-20T20:12:00.003+08:00

chemical biology, evolution
Protein Dynamism and Evolvability [review]

molecular biology, biophysics
The Emergence of Lineage-Specific Chromosomal Topologies from Coordinate Gene Regulation

prokaryotic cytoskeleton
Bacterial Cell Curvature through Mechanical Control of Cell Growth
The Conserved C-terminal Tail of FtsZ Is Required for the Septal Localization and Division Inhibitory Activity of MinC^C/MinD

eukaryotic cytoskeleton, cell biology
Self-Organization of Dynein Motors Generates Meiotic Nuclear Oscillations

neuroscience, cell biology
Ion Channels versus Ion Pumps: The Principal Difference, in Principle [review]

developmental biology, cell biology
Multiscale Modeling of Form and Function [review]

ecology
The Architecture of Mutualistic Networks Minimizes Competition and Increases Biodiversity

computational biology
Complex Systems: From Chemistry to Systems Biology Special Feature

theoretical biology
Inherent Noise Can Facilitate Coherence in Collective Swarm Motion

玉簪記 A New Edition of the Jade Hairpin

2009-06-18T23:37:00.010+08:00

(this title originally posted on May 21 '09)

這回的《玉簪記》在藝術和思想上的表現
對我而言真的是amazing
演員的眼神唱腔動作、
服裝舞台和燈光設計、
背景音樂書畫的律動、
戲目意境和整體結構......

更讓我驚嘆的是
在生動逗趣的對戲背後竟然可以潛藏如此深刻的衝突與辯證
[黃武雄老師在課堂閒聊中曾論及中國缺少辯證的傳統
我當時對這樣的想法就深感懷疑
看了《玉簪記》之後更讓我確信這樣的說法有再斟酌的必要]

不過值得注意的是
《玉簪記》原著為明代的傳奇
明清小說對佛教大多存有誤解而且持貶抑的態度
[一個例子是"尼姑"這個有貶意的詞
這樣的稱呼應該就是元明之際出現的
而到現在一般人還是這樣用
上面的比丘尼維基條目裡頭還有三姑六婆的框框...]
高濂的原著也不例外
而來到了現代
錯誤的理解還是繼續存在
無論是楊聰財醫師的這篇〈玉簪記裡的天使與魔鬼〉
還是張淑香老師在《色膽包天玉簪記》裡頭的〈聖俗色空的辯證〉
都對佛學義理跟實踐有不正確的論斷跟詮釋
而楊醫師對佛教的發展與演進還作了時序倒置的理解
[奚淞的〈護花使者〉是我認為寫得比較好的
BTW,從奚淞的眾多作品可以感受得到其修行體悟有相當的境界:)]

是俗是聖
不是從表相可以評斷的
聖俗之間
也非兩相對立的境界
然而
色不異空空不異色色即是空空即是色
絕非模糊流動妥協
這樣深刻的見地
不經精進的修行是無從了悟的

Selected Papers 061809

2009-06-18T15:41:00.003+08:00

cell biology
Geometric Cue for Protein Localization in a Bacterium
Sensing Chromosome Bi-Orientation by Spatial Separation of Aurora B Kinase from Kinetochore Substrates

cytoskeleton, cell biology
Spindle Fusion Requires Dynein-Mediated Sliding of Oppositely Oriented Microtubules
Membrane Scission by the ESCRT-III Complex

prokaryotic cytoskeleton, cell biology
Assembly of the MreB-associated cytoskeletal ring of Escherichia coli

prokaryotic cytoskeleton, physical biology
Pulling Helices inside Bacteria: Imperfect Helices and Rings

signaling, cell biology, computational biology
Positional Information Generated by Spatially Distributed Signaling Cascades

plant physiology
Spatiotemporal Dynamics of the Electrical Network Activity in the Root Apex

developmental biology, theoretical biology
Canalization of Gene Expression and Domain Shifts in the Drosophila Blastoderm by Dynamical Attractors

theoretical biology
Explosive Percolation in Random Networks
The Outbreak of Cooperation among Success-Driven Individuals under Noisy Conditions

imaging
Imaging Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

翠池的玉山圓柏

2009-06-12T21:20:00.004+08:00

在維管束課上看到翠池旁的玉山圓柏林的照片
第一個感覺就是他們長的太像一群樹人了:)

希望今年有機會上雪山走走！

Shenandoah

2009-06-09T23:10:00.006+08:00

今晚在MPR聽到米國民謠Shenandoah
這是我第一次聽到這首歌
深受感動
與你分享之

ver.1 by Sissel Kyrkjebø
[BTW, Sissel的歌聲真的很棒
但不知道為什麼在台灣沒有知名度]

ver.2 by Cologne Cathedral Boys' Choir

Oh, Shenandoah, I long to hear you
Away, you rolling river
Oh, Shenandoah, I long to hear you
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

Oh, Shenandoah, I love your daughter
Away, you rolling river
Oh Shenandoah, I love your daughter
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

Oh, Shenandoah, I'm bound to leave you
Away, you rolling river
Oh, Shenandoah, I'm bound to leave you
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

--------------------------------------------------

既然都提到了Sissel而且正值畢業時節
就再分享一首Auld Lang Syne吧:)

Alexandre Grothendieck (Revised)

2009-06-05T19:47:00.004+08:00

6/5/09

今早黃武雄老師轉來他與講者李信明間的mail往來
老師認為Grothendieck是二十世紀數學界的Mozart
還提到前幾年讀Notices上的Grothendieck傳記時數度老淚縱橫
看來seminar是不去不行了:)

從許多角度看來
Grothendieck都稱得上奇人

Wikipedia中的Grothendieck條目
四年半前台大數學系網站的短聞《Grothendieck的傳奇》──

Notices of AMS在十月、十一月號分兩期刊出Allyn Jackson的長文Comme Appele du Neant— As if Summoned from the void: The Life of Alexandre Groththendick。對Grothendieck這位傳奇數學家很好奇的讀者，一定要先睹為快。連結如下：〈十月號〉、〈十一月號〉。
Grothendieck 是20世紀數學家裡，直追Hilbert, Poincaré的數學巨人，是「數學家的數學家」。他本來的研究領域是泛函分析，31歲時即接掌當時剛成立的IHES研究所，11年內（1959-1970），他將IHES打造成數學界的尖端研究所，至今令名不衰，更重要的是，他在這段期間留下的《代數幾何基礎》（EGA）、《代數幾何講稿》（SGA），概念之新穎、結果之深邃，讓看待整個代數幾何領域的觀點，有了全新又劇烈的變化，其影響無遠弗屆，至今毫無衰退的跡象。他也因此獲得 1966年的費爾茲獎。
不過Grothendieck之奇，尚不僅止於此。他也是一個堅定的反戰主義者（也許與他動盪的童年、父親死於納粹有關），為了更加專心於反戰運動，他1970年斷然離開IHES，離棄他必須專心為之的數學，與數學界的關係只是藕斷絲連，1988年六十歲時正式退休，並拒領當時英國皇家學會特別頒給他的Crafoord獎（主要的理由是他的生活費早已足夠，並且不願意為後來的科學研究風氣背書），隨後隱居於法國南部。
1988年退休時，他留給數學界的是他的傳記Récoltes et Semailles（收穫與播種），這本照理說十分重要的傳記，卻一直到2002年終才由Roy Lisker 進行網上英文翻譯，整個翻譯目前還在進行中，有興趣的網友可到〈The Grothendieck Biography Project〉網站閱覽。
網路上還有一個網站〈Grothendieck Circle〉，蒐集了相當多Grothendieck的資料，包括他的數學文獻、傳記材料，家族照片等許多精彩的連結。舉例來說，讀者如果對他拒領Crafoord獎的原因有興趣，可以在這裡找到他的信函連結。
另外，法國數學學會2001年新出版的叢書Documents Mathematiques（數學文獻），首打書就是Correspondance Grothendieck-Serre（Grothendieck與Serre書信集），蒐羅了80幾封1955年到1966年間，代數幾何新觀點風起雲湧時，兩位費爾茲獎大師當時熱烈討論辯詰的精彩心路歷程。（讀者可參看Notices之書評）

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5/26/09

今天在大域微分幾何課後的午餐聚會上
從高連庸學長那裡聽到Grothendieck這號人物
結果晚上馬上就在數學系網站上看到關於他的演講公告──
"阿歷山大‧格羅丁迪克的生涯與業績"

看了Wikipedia上的介紹
唉！真奇人也！

既然有緣一天內聽聞到兩次Grothendieck的名號
那就過去聽一下seminar吧:)

歡迎大家一起來

修課紀念與評等

2009-06-05T19:29:00.000+08:00

評等代碼解釋(very personal rating)──
知識(k)；思想(t)；互動(i)；影響(m)

共同必修

101 80001 黃奕珍國文上 (t++)(i+)m
101 80002 黃奕珍國文下 (t++)(i+)m
102 83020 林素英英文一 kt(i+)
102 83030 林素英英文二 kt(i+)
103 80030 秦曼儀歷史一 (k+)(t+)(i++)m
103 80040 秦曼儀歷史二 (k+)(t+)(i++)m
201 101B1 張鎮華微積分乙上 k(m-)
201 101B2 張鎮華微積分乙下 k(m-)
202 101A1 林敏聰普通物理學甲上 (k++)(t++)(m+)
202 101A2 林敏聰普通物理學甲下 (k++)(t++)(m+)
202 10501 　　　普通物理學實驗上 i
202 10502 　　　普通物理學實驗下 i
203 101C0 陳培菱普通化學丙 ---
203 10500 　　　普通化學實驗
203 211D0 林萬寅分析化學丁 k
203 21500 　　　分析化學實驗 i
203 22200 方俊民有機化學 (k+)
203 225B0 　　　有機化學實驗
341 81300 賴顯英本國憲法 kti(m-)
B01 101A1 黃偉邦普通生物學甲上
B01 101A1 王俊能普通生物學甲上 t
B01 101A1 施秀惠普通生物學甲上 (k-)
B01 101A1 丘臺生普通生物學甲上
B01 101A2 王淑美普通生物學甲下
B01 101A2 陳俊宏普通生物學甲下
B01 101A2 閔明源普通生物學甲下
B01 101A2 李玲玲普通生物學甲下
B01 101A2 高文媛普通生物學甲下
B01 106A1 　　　普通生物學實驗甲上 k
B01 106A2 　　　普通生物學實驗甲下 k
B01 21110 鄭石通細胞生物學
B01 21110 王俊能細胞生物學 t
B01 21110 黃偉邦細胞生物學
B01 21110 楊西苑細胞生物學 (k-)
B01 21110 潘建源細胞生物學
B01 21110 李心予細胞生物學 (k-)
B01 21110 柯逢春細胞生物學 (k-)(t++)(m-)
B01 31110 黃曉薇遺傳學 (k-)
B01 31110 吳益群遺傳學 (k-)
B01 31110 周子賓遺傳學 (k-)
B01 34000 林曜松生物統計學
B01 34110 李玲玲生態學 k
B01 34110 林雨德生態學 (k+)
B01 34110 李培芬生態學
B01 40010 　　　書報討論（一）
B01 40020 　　　書報討論（二）[李士傑 (i-)]
B02 20101 莊榮輝生物化學上
B02 20101 楊健志生物化學上 k
B02 20101 李平篤生物化學上 k
B02 20102 楊健志生物化學下 k
B02 20102 李平篤生物化學下 k
B02 20102 張世宗生物化學下 k
P05 U2020 　　　生物技術核心實驗 k

選擇必修

B01 22210 黃玲瓏植物解剖學 (k+)(i+)(m-)
B01 22220 陳香君植物解剖學實驗 k(i+)
B01 23410 謝長富臺灣維管束植物與植被 k(m-)
B01 23420 蕭錦隆臺灣維管束植物與植被實習 (k-)im
B01 31120 謝玉玲遺傳學實驗 ki
B01 32410 王淑美植物生理學 (k+)
B01 32420 李中芬植物生理學實驗 ki
B01 41010 黃火鍊發生生物學 (k+)
B41 U1150 丘臺生演化生物學 (k+)(t+)(m-)

生科選修

B01 48900 　　　生命科學專題討論
B41 U1500 郭鴻基生命科學數學 t
B41 U1550 閔明源神經生物學 k
B41 U1550 嚴震東神經生物學 k
B41 U1590 齊肖琪病毒生物學 k
B43 U1310 王致恬神經傳導 (k+)(i+)

數學輔系

201 14410 林紹雄線性代數一 (k++)(t-)m
201 14420 林紹雄線性代數二 (k++)(t-)m
201 21310 陳金次高等微積分一 (k++)(t+)m
201 21320 陳金次高等微積分二 (k++)(t+)m
201 24900 陳宜良常微分方程導論 (k+)tm
201 25300 蔡宜洵幾何學 (k++)(t++)(m+)
201 27100 江金倉統計導論 k(t+)i
201 30310 陳素雲數理統計一 (k+)t(i+)m
201 30320 陳素雲數理統計二 (k+)t(i+)m
221 U3760 黃武雄大域微分幾何 (k++)(t++)(i++)(m+)

其他選修

103 51510 林純瑜亞洲佛教 kti(m-)[旁聽]
104 10601 孫效智倫理學上 (k+)(t+)im
104 10602 孫效智倫理學下 (k+)(t+)im
209 10120 許晃雄地球系統科學概論 (k++)(t+)m
209 10120 魏國彥地球系統科學概論 (k+)(t+)m
209 26400 柯文雄數值分析 (k-)
621 U6110 謝兆樞分子遺傳學 (k++)(t+)m

通識

104 14700 柯志明愛的哲學 (t++)im
204 22000 吳逸民地球環境概論 (k-)
204 22000 范光龍地球環境概論 (k-)(t-)(m-)
204 22000 徐美玲地球環境概論 (k-)
204 22000 林依依地球環境概論 (k-)(t-)
241 U1280 范光龍海洋環境概論 (k-)t(m-)
302 20610 黃旻華統計史導論 (k-)t
303 48900 劉碧珍國際經濟學導論 k
H01 00500 曾德明西藏宗教文化 (k+)(t++)(i++)(m+)

體育軍訓

002 10210 康正男體育一
002 10220 游添燈體育二 t(i-)
002 20230 呂碧琴體育三 i
002 20240 黃英哲體育四 k(i-)
003 10110 王潤身軍訓一
003 10120 唐瑞和軍訓二
003 20130 唐瑞和軍訓三
003 20140 莊炫淦軍訓四

服務學習

B01 00010 服務一
B01 00020 服務二
B01 00330 服務學習三

Medical Education Revisited

2009-05-09T23:47:00.006+08:00

[previous post: Medical Education]

從去年底到現在這幾波關於波蘭醫師的討論當中
很多人檢討了制度或是幾個較為表淺的公義問題
但是幾乎沒有人注意到我認為是最核心的問題
今天在P28A板看到PrincessDD的大作"給所有非醫療背景的朋友們"
P大文章恰好提供了一個數據支持了我的想法──
"台灣現階段每年國內醫學生共計1300餘位
而每一年全台灣醫院的住院醫師招收名額約1800以上"

我從去年就很好奇
醫學生每年1300名的限額到底是怎麼訂出來的？
而最近廣為流傳的連署書上是這樣說的──
"為了維持醫療市場平衡、確保台灣醫療品質與維護全民健康"
這樣的理由和現況對照下來實在是難以令人信服
P大文章已經指出每年缺額可達1800名以上
所以限額1300是為了維持市場平衡還是醫師的平均收入？
在醫師供需失衡的狀況下
醫療品質要如何確保？全民健康要如何維護？
相信無論在小診所或是大醫院
很多人都有遇到過醫師問診時間極短過程匆促的情形
這個現象某種程度也反映了醫病比例失衡的問題

曾經有醫學系的學生指出
總量管制的部分理由在於醫學教育成本極高
要是訓練過量的醫師會浪費社會資源
但是假如上面的數據是正確的話
那當前的限額實在有立即檢討的必要
至少應提升至1800名左右
不過若以一個非醫學生的角度來說話
那我認為總量應設在2000名左右或更高
讓醫師平均收入降到一個合理的程度
這樣一來可以解決醫病比例的問題
同時台灣也比較不會有「唸書拚醫科」的奇怪現象
使得真正有心想懸壺濟世的人都能進入醫學系
對於匡正台灣社會的價值觀與教育風氣會有很大的幫助
這樣的影響或許能outweigh過量訓練醫師的資源浪費
而且才是從根本解決波蘭醫生的問題:)

要是有人認同以上的想法
而且不怕與全國的執業醫師與醫學生為敵(？)
願意蒐集更多的數據把它擴寫成社論投出去
促使它形成一個公共議題
歡迎與我聯絡:)

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本文歡迎在註明出處的條件下轉載

三白草

2009-05-04T20:15:00.004+08:00

台大農場水溝旁的三白草Saururus chinensis
這一個月來因為開花的緣故
近花序的幾片葉子都變白了
此現象下的分子機制應該會很有趣
究竟是何者抑制了chl. production或者改變了葉綠體的分化狀態？
由於三白草只會在花期時讓近花序的葉子轉白
而且同科植物臭腥草Houttuynia cordata在花部周圍有四個白色總苞
推測上游調控者有機會是花部發育的相關因子
我今天作了一下literature search似乎還沒有相關文獻討論過
對植物生理或發育或演化有興趣的
這應該會是不錯的研究題目

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要是發現有這方面的研究報告
或是有人想著手研究這個topic
請務必讓我知道:)

星空

2009-05-04T00:32:00.004+08:00

今晚又逢台大無預警停電
一時興起便到誠品先翻了一下《星空》
故事真的很令我感動
畫作中也加入了許多不錯的新元素

簡介是這樣結尾的──
這本書，獻給所有無法與世界溝通的孩子。
有人曾說我有自閉症的傾向
所以我該說謝謝幾米嗎？:)

或許有追平《月亮忘記了》的潛力
等十年後再來評斷:)

棋靈王

2009-04-30T23:45:00.007+08:00

看了Tass板上棋靈王的討論串
加上最近和高中老師聊李易駿的事
感觸真的很深......

從高中開始談吧

高一碰巧進了中研院的生命科學資優生培育計畫
[我很確定我是因為校際分布考量才上的
當年我是正取生的最後一名(#60?)]
所以不能否認跟大多數人比起來
我能接觸到的資源相當豐富
在那一年中
我的確受到相當大的刺激與衝擊
可以很肯定的說
這大概就是之後在幾個競賽拿到意外結果的主因

彰中生物科的老師們很用心
但是彰中當時沒有培訓的環境
如果我是進藤光
那我不只沒有佐為更沒有塔矢亮

靠著從小對生物的熱誠與直覺
和高一在中研院一年的想法刺激
一路跌破眾人眼鏡地
在高一下校內初選拿下1st prize
在高二上中區複賽拿下2nd prize
聖誕節前的全國賽拿下二等獎(rank #5?)
在Ion Channels v.s. Ion Pumps那篇
我講了一些可能讓眾強者們訝異的經歷
但那不是全部
我想應該沒人知道
那年全國賽的動物生理實驗
是我這輩子中第一次拿解剖工具
也是我這輩子中第一次解剖青蛙

全國賽之後
我不知道(也沒有人告訴我)
全國賽前十名可以不經初複試直接參加IBO選訓營
所以在知道自己IBO初試沒過後
[這也可以間接佐證我根本沒唸多少Campbell]
我花了相當大的心力在科展上面
雖然成果並不是很好但也得到許多好壞經驗

高二下正值科展趕實驗進度與初步報告之際
接到通知可以參加選訓
我很清楚我沒有時間準備(both理論and實驗)
所以真的一點也沒有準備就到西子灣去了
現在想起來當初實在豁達得有點誇張XD
不過當年的結果應該也跌破不少人的眼鏡
事實上連我自己都不太敢相信
[我沒有機會access委員會的報告書
要是有人願意跟我講那年到底發生了什麼事
我會很樂意聽故事:)]

高三那年的戲劇化程度不輸高二
再次跌破眾人眼鏡地
高三上中區複賽沒過(當然也就與全國賽無緣)
[我現在還是不清楚當時到底發生了什麼事]
那段日子還好有《棋靈王》陪伴我
讓我有意志繼續往前進

諦めきれるモノならば　最初から興味持たない
忘れられるモノなら　必要さも感じないから
不安な心と勇気が背中合わせになっている
だけど今なら夢をこの手で叶えてみせるよ

傷ついて壊れそうな日も　涙して困らせる日もあるけれど
僕達はそれを超えていくんだ　誰より上を目指して

楽しいことだけ　選んで生きても
その先には何も見えなくて
だからどんな事も　現実から逃げないで受け止めるよ

順利過了初複試後
或許有心但整個環境對我還是相當不利
我的生物老師(也是李易駿的生物老師)當時的態度是
競賽是個人的事
我想知道或練習什麼應該是自己主動提出的
另外那年進藤光還是沒有塔矢亮
那次的選訓營第一(二？)天考完實驗我就知道機會不大了
其他實驗感覺起來跟大家差不多
但最大的爆點大概是分生那場測濃度我忘了做序列稀釋......
所以後來知道有進前十甚至最後結果是備一
對我而言還算不小的surprise

環境的助緣其實相當重要
彰中在葉淨元學弟等人之後
把準備台大醫科推甄的過程傳了下去
學弟能和準備推甄的同學請假一個月一起看切片作實驗
我想幫助應該很大

台大呢？

我的想法大致上跟Tass一樣
而且我覺得層面可能並不僅限於做學問
思想、態度......太多太多了(見Les Misérables)
當然也有可能是我太被動而不積極向外接觸找尋
不過實際情形很可能還是如同Tass講的
我很少感受到那樣的atmosphere除了在極少數的場合外
[這學期的例外大概就是大域微分幾何吧:)]
我大多是自個兒在台大校內或附近吃飯
所以有滿多機會聽附近的人在聊些什麼
我極少聽到議題深刻思想不膚淺的
[最近一次例外是在老莊聽到高連庸學長講陳省身XD]
我真的很期待
哪天會遇到鄰座的人們興高采烈地在討論
Kant, Wittgenstein, Gauss, Gödel, Bohr, Einstein, Darwin...
抑或吃飯真的不適合聊這些吧(苦笑)

雖然在台大的時日不多了
我還是一直在期待
子期、塔矢亮或是月亮

夜訪富陽

2009-04-26T00:31:00.007+08:00

今天晚上拜訪富陽
雖然可能是因為天氣不佳或是人為干擾太大
螢火蟲出沒數量相當少
但是聽到至少六種無尾目動物的叫聲
有黑眶蟾蜍、腹斑蛙、貢德氏赤蛙、面天樹蛙、白頷樹蛙、台北樹蛙
[40 sec record, 音辨錯誤還請各位強者指正]
也算不錯的收穫了:)

--------------------------------------------------

懇請從來沒到過富陽或是對富陽不熟的人
盡量不要第一次前往就是在正值螢火蟲繁殖季的夜晚
也請老師或家長不要強求沒有自制力的小孩前往
更請不要使用強力的手電筒或頭燈照路徑以外的地方
並於接近生態池時關掉手電筒並減低音量
也請不要無知到拿著手電筒照螢火蟲......
今天人為干擾的情況真的超乎我想像的誇張
尊重其他生命是最基本的要求──

はりつめた弓のふるえる弦(つる)よ
月の光にざわめくおまえの心

とぎすまされた刃(やいば)の美しい
そのきっさきによく似たそなたの横顔

悲しみと怒りにひそむ
まことの心を知るは
森の精もののけ達だけ
もののけ達だけ

I Dreamed A Dream

2009-04-24T11:54:00.002+08:00

雨果的Les Misérables是我人生中第一本讀完的長篇小說
[遠景的中文完整版，小四時(？)讀的]
它對我理解世界的角度有相當深刻的影響
不是三言兩語可以道盡的

高中音樂課時因為"Do You Hear The People Sing ?"
知道Les Misérables有改編的音樂劇
接著從柯禿頭那裡得到10週年紀念版
起初我認為改編音樂劇丟失了原著中很多元素
因此對它沒有很高的評價
但是在幾次觀看或聆聽之後
慢慢從音樂中感受到原著的精神
而對它完全改觀

最近身邊每天都會有人談到Susan Boyle的歌唱
早先我聽完時是相當感動的
可以從她的歌聲中感覺到歌詞與她的生命經驗應該有某種程度的呼應
不過一直猶豫要不要在這邊寫一篇討論
猶豫的原因是這樣有點趕流行的感覺
而且相信大家都會聽到她的歌聲也沒有必要做什麼宣傳
然而最近吃飯時聽鄰近的人閒聊
感覺起來為數不少的人其焦點都很表面
所以這篇post就出現了:)

衷心期盼所有被Boyle歌聲感動到
但是沒讀過雨果的原著或欣賞過音樂劇的人
能找個時間去體會背後的意涵跟精神

Ion Channels v.s. Ion Pumps

2009-04-24T10:01:00.007+08:00

還記得五年半以前也就是高二上的時候
我高中生物教材內容沒讀完
Campbell也沒有讀超過十章
卻一路幸運地從學校初試走到全國賽
[我舉些例子讓大家相信我所說為真而不是裝弱──
當年全國賽有一題實驗是要test NE跟ACh還有毒素X對蛙心跳快慢的影響
當時我只知道NE跟ACh一個是促進一個是抑制還不知到哪個是哪個
我印象非常深刻
我那時交出去的結果跟我出了考場看生物課本的答案完全相反XD
也就是不知道為什麼我測出來NE是抑制而ACh是促進
另外口試我被問乙烯作為plant hormone的效應
我只知道乙烯能催熟水果跟讓葉子掉下來而已:)]

在全國賽一場口試裡
有教授問我ion channels跟ion pumps有什麼差別
我記得我第一句話就是「沒什麼差別。」
接著開始講了許多我自己的想法來支持這句話
這回答在當年大概是所有參加者中天大的異類
我記得陳俊宏老師當時還搖頭苦笑
口試結束我翻課本才知道兩個差別好像滿多的XD

剛剛看到Nat Rev上這篇不禁勾起上面的回憶
該說我有先見之明嗎:)

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BTW,
恭喜彰中今年出了有史以來第一個IBO正選國手
也希望學弟好好努力
預先祝福能拿牌:)

Paper Managing System

2009-04-19T11:33:00.004+08:00

無意間發現Labmeeting這個Paper Managing System
有許多相當好用的功能
而且資料庫是在線上
隨時隨地都可以access自己的collection或是跟其他人分享

更重要的是
只要註冊email是在學術單位之下的
那所有服務都是免費提供

*****推薦之:)

An Excellent Commercial

2009-04-17T11:36:00.002+08:00

情節或許誇張了一點
但是寓意極好:)

聖母醫院

2009-04-16T23:05:00.002+08:00

雖然我認為聖母醫院需要3000萬的事
在多個媒體管道上曝光之後應該很快就能解決
但還是在這邊幫忙宣傳一下
衷心期盼有能力的人可以奉獻一點心力
也希望醫院在財團法人化之後
能繼續秉著初衷做真正該做的事

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之前在誠品瀏覽《海岸山脈的瑞士人》時
就被白冷會的行誼深深感動
前幾天看到聖母醫院的新聞
當下就覺得這會是我拿到的不該拿的補助的最佳去處
在仔細的交叉查證跟確認後
聖母醫院的確還用心在做好事
有意願幫忙的可以放心:)

Selected Papers 041509

2009-04-15T15:58:00.002+08:00

molecular biology
Self-Sustained Replication of an RNA Enzyme

molecular biology, biochemistry
The Dynamic Landscapes of RNA Architecture [review]

biochemistry
Dodging the Crisis of Folding Proteins with Knots

cell biology
mRNA Localization: Gene Expression in the Spatial Dimension [review]

signaling, cell biology
Sensors, Transducers, and Effectors That Regulate Cell Size and Shape [review]

signaling, computational biology, cell biology
Models of Spatially Restricted Biochemical Reaction Systems [review]
Feedback Loops Shape Cellular Signals in Space and Time [review]

cytoskeleton, biophysics, cell biology
Mathematical Models and Simulations of Cellular Processes Based on Actin Filaments [review]

developmental biology, computational biology
From Signals to Patterns: Space, Time, and Mathematics in Developmental Biology [review]
Pattern Formation by Dynamically Interacting Network Motifs

neuroscience, cell biology
The Subcellular Organization of Neocortical Excitatory Connections

computational biology
Synchronization of Chaotic Early Afterdepolarizations in the Genesis of Cardiac Arrhythmias

theoretical biology
Defect Development in a Three-Dimensional Reaction-Diffusion System with Gradient
Coherent Wave Patterns Sustained by a Localized Inhomogeneity in an Excitable Medium
Cross-Modulated Amplitudes and Frequencies Characterize Interacting Components in Complex Systems

phase transition
Dynamic Order-Disorder in Atomistic Models of Structural Glass Formers

imaging
Electron Microscopy of Whole Cells in Liquid with Nanometer Resolution
Interferometric Fluorescent Super-Resolution Microscopy Resolves 3D Cellular Ultrastructure
Direct Observation of the Nanoscale Dynamics of Membrane Lipids in a Living Cell

月亮忘記了

2009-04-07T22:04:00.016+08:00

《月亮忘記了》一直是幾米所有作品中我最欣賞的一本
不過即便在過去將近十年來的歲月中時常展讀思索
我一直不能明白為什麼會以
"長大的男孩拄著枴杖、包著紗布，
站在草地上帶著微笑望向一彎新月"來收尾

當然我知道這樣的收尾
從故事結構等等角度來看都是極好且應當如此的
真正令我百思不得其解的是
為什麼男孩是帶著微笑？
(由此我認為這意境應該不是標題連結中第二篇書評說的
「明月夜，短松岡」)

這個懸宕已久的問題
在這半年多來開始深切地用心觀察與參法下
終於有了比較深刻的體悟
這同時也回答了
為何簡介會有「無常的美麗」這樣的字句出現
無常／美麗這個表面看似反差很大的組合
真的值得用心去體察它的實在

只能說到這樣:)

職業性格測試

2009-04-07T00:22:00.004+08:00

最近幾天很流行的test
我會做這個
絕對不是因為趕流行
也不是因為很多人說很準
(在這種test中輸入那麼多的資訊
輸出結果不符合自己當前的認知也滿奇怪的)
是因為結果(粗體)可以回應上上禮拜Weijin提到的事──

我的測試結果　INFJ　作家型
尋求思想、關係、物質等之間的意義和聯繫。希望瞭解什麼能夠激勵人，對人有很強的洞察力。有責任心，堅持自己的價值觀。對於怎樣更好的服務大眾有清晰的遠景。在對於目標的實現過程中有計劃而且果斷堅定。 INFJ型的人生活在思想的世界裡。他們是獨立的、有獨創性的思想家，具有強烈的感情、堅定的原則和正直的人性。即使面對懷疑，INFJ型的人仍相信自己的看法與決定。他們對自己的評價高於其他的一切，包括流行觀點和存在的權威，這種內在的觀念激發著他們的積極性。通常INFJ型的人具有本能的洞察力，能夠看到事物更深層的含義。即使他人無法分享他們的熱情，但靈感對於他們重要而令人信服。 INFJ型的人忠誠、堅定、富有理想。他們珍視正直，十分堅定以至達到倔強的地步。因為他們的說服能力，以及對於什麼對公共利益最有利有清楚的看法，所以 INFJ型的人會成為偉大的領導者。由於他們的貢獻，他們通常會受到尊重或敬佩。因為珍視友誼和和睦，INFJ型的人喜歡說服別人，使之相信他們的觀點是正確的。通過運用嘉許和讚揚，而不是爭吵和威脅，他們贏得了他人的合作。他們願意毫無保留地激勵同伴，避免爭吵。通常INFJ型的人是深思熟慮的決策者，他們覺得問題使人興奮，在行動之前他們通常要仔細地考慮。他們喜歡每次全神貫注於一件事情，這會造成一段時期的專心致志。滿懷熱情與同情心，INFJ型的人強烈地渴望為他人的幸福做貢獻。他們注意其他人的情感和利益，能夠很好地處理複雜的人。INFJ型的人本身具有深厚複雜的性格，既敏感又熱切。他們內向，很難被人瞭解，但是願意同自己信任的人分享內在的自我。他們往往有一個交往深厚、持久的小規模的朋友圈，在合適的氛圍中能產生充分的個人熱情和激情。

或許有人會訝異為啥我不是專家型或學者型之類的
不過我很清楚
我當前的狀態的確比較近於作家型而不是上面兩者XD

After Darwin

2009-03-13T22:27:00.006+08:00

有思想的劇本
富張力的詮釋

****(*)推薦之

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開始正視「認識、理解世界的徑路的多樣性」
是自大一秦曼儀老師的法國文化史開始
在這之前其實我很難對我不認同的方式有尊重跟同情
(尊重、同情並不意謂我不批判...)
近四年來的學習
讓我會跳出自己的架構去思考別人是怎麼想的
這應該是在台大四年來最大的收穫之一
(雖然我還是很難尊重那些從未認真思考渾渾噩噩過活的人們XD)

本來想討論一下
人們處理思想的衝突或矛盾的各種方式
以及信仰信念科學宗教......
但發現裡頭的線緒錯綜複雜
怎麼寫都很膚淺
所以放棄了

下禮拜在中正廟前的《仰觀蒼穹四百年‧伽利略的一生》
應該也會是值得參與的活動:)

Nash Equilibrium

2009-03-10T22:07:00.005+08:00

posts in this series:
Atiyah-Singer Index Theorem,
Hairy Ball Theorem,
Brouwer Fixed Point Theorem

--------------------------------------------------

今天從黃武雄老師那裡聽到
Nash equilibrium的存在性可以用Brouwer F. P. T.來證時
(Nash eq, after John Nash [就是美麗境界的主角] )
真的是感動得快要落淚了
以無法生有法
以有法貫眾法
隱藏在世界繽紛樣貌背後那一以貫之的道啊

大家都唸過「朝聞道，夕死可矣」
可是有多少人在這輩子中能有這樣深刻的感動呢？

Calculus & Linear Algebra

2009-03-08T10:54:00.004+08:00

為了回顧基本的分析工具
最近開始讀龔昇和張德健老師發表在《數學傳播》上的〈微積分五講〉
Quite a good work!
學過更多數學後
來看這系列文章當能有豁然開朗的感覺
初學者閱讀之
應該能對微積分或基礎分析中重要的概念有更好的掌握
BTW,
對數學的演進開展有興趣的
這系列文章也會是不錯的閱讀材料:)

The important thing in science is not so much to obtain new facts as to discover new ways of thinking about them.

W. Bragg

為道日損，損之又損，以至於無為，無為而無不為

老子

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姊妹作：〈線性代數五講〉
(an abstract algebraical view on linear algebra)

人生與閃電DD

2009-03-04T21:41:00.005+08:00

在《光陰的故事》中
最有深度的一幕我認為是第52集閃電DD這段

就劇情架構來說
這一段與孫、陶、汪等人小時候玩點穴遊戲的段落相呼應
過去的誓言就像那課本裡繽紛的書籤
刻劃著多少美麗的詩可是終究是一陣煙
景色依舊人事已非

而阿公跟永安看似簡單的對話
起初引人發噱
但收尾卻含意深遠──
阿祖：「那個...Why you no 去玩？」
永安：「我不會玩！」
阿祖：「很簡單啊！分兩國啊！如果敵人給你閃電你就不能動，
　　　如果同一國的給你DD你就又活過來了！]
永安：「好傻的遊戲喔！]
阿祖：「是阿...是很傻啦，但在裡面玩的人不知道自己很傻...
　　　人生也是一樣...哈哈哈...]

上個月11號在墾丁看了這段後
好幾天都在思索這個問題
回來之後嘗試找這段台詞po上來分享
只可惜搜尋不到
當初想
全台灣看這部戲的人那麼多
應該不會只有我有共鳴才是
今天一時興起搜尋「人生+閃電DD」
終於在第1頁看到三篇討論文:)

生科系必修

2009-03-03T21:53:00.003+08:00

這學期開始補前幾年沒上的系必修
上了一星期的課下來
深覺生科系的眾多必修課都在同樣的事情上打轉
更有甚者
前幾堂課的講授內容是general biol甚至國高中課程已涵蓋的
美其名是複習或回復記憶
但說實在的根本就是浪費生命與時間

書本為了integrity必須如此編排陳述
並不代表能把課本從第一章教到最後一章就是好的課程安排
cell biol, genetics, biochem三門課重疊之處應有所斟酌才是

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感謝Hobbit在系主任時間提這個問題
聽了反面意見
再把我自己的想法弄清楚後
我認為為了非生科系學生或者是課程完整性等種種理由
要一再談這些重疊的題材是可以的
但是應從不同的層次／觀點／思想來談
記誦性的內容一講再講我仍覺得是相當沒意義的事
只是實務面上
我懷疑有多少老師能這樣上課？

Isometric Deformation

2009-02-22T09:30:00.007+08:00

唸過古典微分幾何的人應該都曉得
"catenoid和helicoid是locally isometric"這個事實
不過其幾何圖像對初學者而言是頗難想像的
剛剛在wikipedia上發現一個很好的動畫
給搜尋到這裡的人做個參考:)

Global Differential Geometry

2009-02-17T17:37:00.012+08:00

這學期因緣具足
得以在小小的班上跟黃武雄老師學幾何
當好好珍惜這個機會淬鍊數學思想與能力
除了幾何直覺的培養外
也該趁這個學期把基礎的分析和代數工具唸到某個程度:)
才不會愧對老師啊

輯錄老師的一些文章於後
*數學的理論與實用

comment:
在這次系刊的邀稿中
我希望舉Gauss研究幾何的例子
把數學(理型)世界和現實世界的關係還有「什麼是數學」說清楚
然後說明理想中所謂的生物數學和數學生物學應該像什麼樣子
(就目前的發展而言
"Biology is mathematics' next physics, only better."這句話
我認為是相當自大的講法)
基本思想主要會參考這篇以及
魏慶榮老師譯的「蘇格拉底對話錄──數學篇」
(on數學傳播第1卷第3期)

*我的數學生涯

comment:
第四段提到一個unify probability, PDE and geometry的熱傳導問題
今天親自聽老師講背後的intuition頗有啟發:)
第十段提到了singularity的重要性
之前陳宜良上ODE時也說過有趣的事情會在singularity發生
日後工作當留意之:)

教與學的訪談
大學數學教育的理念與實踐
*通識教育﹑科學教育與數學教育(上)

comment:
some reflections on science.

通識教育﹑科學教育與數學教育(下)
*高中解析幾何後記

comment:
念過高中數學就可以讀的文章
最後一節隱藏在二次曲線(橢圓、拋物線與雙曲線)背後的實相
應該會讓你感到surprising才是:)

Selected Papers 021409

2009-02-14T16:01:00.005+08:00

membrane biology
Alternative Zippering as an On-Off Switch for SNARE-Mediated Fusion
Complexin Controls the Force Transfer from SNARE Complexes to Membranes in Fusion
Molecular Mechanisms of Membrane Deformation by I-BAR Domain Proteins

membrane biology, cytoskeleton
Septin-Mediated Uniform Bracing of Phospholipid Membranes

cytoskeleton
Establishing New Sites of Polarization by Microtubules

prokaryotic cytoskeleton, cell biology
Electron Cryomicroscopy of E. coli Reveals Filament Bundles Involved in Plasmid DNA Segregation
Actin Homolog MreB Affects Chromosome Segregation by Regulating Topoisomerase IV in Escherichia coli
Life without a Wall or Division Machine in Bacillus subtilis
RodZ (YfgA) Is Required for Proper Assembly of the MreB Actin Cytoskeleton and Cell Shape in E. coli
RodZ, a Component of the Bacterial Core Morphogenic Apparatus
Plant-Specific Protein MCD1 Determines the Site of Chloroplast Division in Concert with Bacteria-Derived MinD

theoretical biology, dynamical systems
Dynamical Quorum Sensing and Synchronization in Large Populations of Chemical Oscillators

developmental biology, theoretical biology
Signaling Gradients in Cascades of Two-State Reaction-Diffusion Systems

cell biology, theoretical biology
Distinct Mechanisms Act in Concert to Mediate Cell Cycle Arrest

ecology, theoretical biology
A Simple Model of Bipartite Cooperation for Ecological and Organizational Networks

evolution
Darwin's Bridge between Microevolution and Macroevolution [review]

evolution, theoretical biology
Exploration Dynamics in Evolutionary Games
Emergence of Species in Evolutionary "Simulated Annealing"

imaging
Nanoscale Magnetic Resonance Imaging

光陰的故事

2009-02-02T22:05:00.004+08:00

光陰的故事這部有歡笑有淚水的電視劇
在中視已經播了近三個月接近尾聲了QQ
(錯過的朋友...中天綜合台今天開始播第一集XD
或者可以找找看中視上星期播的新春濃縮版[44集→4集])

光陰的故事真的是少數傳統有線台電視劇
水準能達到甚至超越公視之前幾部電視劇的
劇本與音樂都相當用心
我猜故事裡頭應該融入了許多王偉忠自己的回憶
那樣的家庭街坊同學朋友愛人間的真摯情感:)
今年金鐘應該有很大機會拿下多個獎項

製作緣由

2008年秋天，世界金融風暴，全球環境丕變，國內藍綠鬥爭不停也不歇。台灣四、五年級身為社會中堅，或為父母，或為子女，多少都有些感觸。

想當年，在我們成長的年代，什麼都缺乏，但是莫名奇妙的擁有一些希望與信心，就像颱風的夜晚，外面狂風暴雨，全家人躲在破屋簷下，卻有股溫暖不畏的感覺。

就在這種心情下，我們製作了「光陰的故事」。看看過去，想想未來，試圖找回一種我們曾經擁有又失去的感動。於是我們誠意的開拍了...

片頭曲──光陰的故事

by 張艾嘉

春天的花開　秋天的風以及冬天的落陽
憂鬱的青春　年少的我曾經無知的這麼想
光陰它帶走四季的歌裡我輕輕的悠唱
風花雪月的詩句裡我在年年的成長
流水它帶走光陰的故事改變了一個人
就在那多愁善感而初次等待的青春

發黃的相片　古老的信以及褪色的聖誕卡
年輕時為你寫的歌恐怕你早已忘了吧
過去的誓言就像那課本裡繽紛的書籤
刻劃著多少美麗的詩可是終究是一陣煙
流水它帶走光陰的故事改變了兩個人
就在那多愁善感而初次流淚的青春

遙遠的路程　昨日的夢以及遠去的笑聲
再次的見面我們又歷經了多少的路程
不再是舊日熟悉的你　有著舊日狂熱的夢
也不是舊日熟悉的我　有著依然的笑容
流水它帶走光陰的故事改變了我們
就在那多愁善感而初次回憶的青春

by 羅大佑

春天的花開　秋天的風以及冬天的落陽
憂鬱的青春　年少的我曾經無知的這麼想
風車在四季輪迴的歌裡它天天地流轉
風花雪月的詩句裡我在年年的成長
流水它帶走光陰的故事改變了一個人
就在那多愁善感而初次等待的青春

發黃的相片　古老的信以及褪色的聖誕卡
年輕時為你寫的歌恐怕你早已忘了吧
過去的誓言就像那課本裡繽紛的書籤
刻劃著多少美麗的詩可是終究是一陣煙
流水它帶走光陰的故事改變了兩個人
就在那多愁善感而初次流淚的青春

遙遠的路程　昨日的夢以及遠去的笑聲
再次的見面我們又歷經了多少的路程
不再是舊日熟悉的我　有著舊日狂熱的夢
也不是舊日熟悉的你　有著依然的笑容
流水它帶走光陰的故事改變了我們
就在那多愁善感而初次回憶的青春

Geometry

2009-01-23T01:27:00.003+08:00

學期總分出乎我意料外的高(93/100; rank: 4/57)
雖然分數並不代表什麼也不曾是我所重視的東西
不過連著這學期愉快的修課經驗
這真的是我9.5年來第一次感覺自己還有一點數學天份
而且還能受到別人小小肯定的一段學習歷程:)

謝謝所有這學期修幾何學的過程中陪伴我的課本老師助教朋友QQ

Selected Papers 012108

2009-01-21T08:08:00.003+08:00

molecular biology
Quality Control by the Ribosome Following Peptide Bond Formation

biochemistry
Folding Energy Landscape and Network Dynamics of Small Globular Proteins

eukaryotic cytoskeleton
Filament Rigidity Causes F-Actin Depletion from Nonbinding Surfaces
Force Amplification Response of Actin Filaments under Confined Compression

prokaryotic cytoskeleton, biophysics
Force Generation by a Dynamic Z-Ring in Escherichia coli Cell Division
Condensation of FtsZ Filaments can Drive Bacterial Cell Division

neuroscience
Molecular Mechanism for the Umami Taste Synergism
Emergence of Complex Cell Properties by Learning to Generalize in Natural Scenes

developmental biology
Temporal and Spatial Control of Germ-Plasm RNAs

ecology
Simple Prediction of Interaction Strengths in Complex Food Webs
Origin of Pareto-like Spatial Distributions in Ecosystems

evolution
Darwin's Originality [review]
Simpson's Paradox in a Synthetic Microbial System

computational biology
Shape, Size, and Robustness: Feasible Regions in the Parameter Space of Biochemical Networks

dynamical systems
From Networks of Unstable Attractors to Heteroclinic Switching
Coherence versus Reliability of Stochastic Oscillators with Delayed Feedback
Partition of Networks into Basins of Attraction

astronomy
18 Years of Science with the Hubble Space Telescope [review]

Ajahn Chah

2009-01-18T21:47:00.004+08:00

在西藏宗教文化的最後一堂課
接觸到了阿姜查的法語
看似樸實的語句
卻處處流露四法印的甘冽

這是我稍做修改後的pps播放檔
很單純的佛學哲思
並不帶有宗教色彩
所以可以放心的點下去看
並願能帶給你一些啟發:)

Selected Papers 011708

2009-01-17T11:04:00.003+08:00

biochemistry
Disordered Flanks Prevent Peptide Aggregation
Stabilizing Effect of Knots on Proteins
How Main-Chains of Proteins Explore the Free-Energy Landscape in Native States

biophysics, cell biology
Dynein Pulls Microtubules without Rotating Its Stalk
Real-Time Visualization of Dynamin-Catalyzed Membrane Fission and Vesicle Release
GTPase Cycle of Dynamin Is Coupled to Membrane Squeeze and Release, Leading to Spontaneous Fission

cell biology, immunology
Scaffold Proteins and Immune-Cell Signalling [review]

developmental biology
Properties of Developmental Gene Regulatory Networks [perspective]

developmental biology, plant physiology
A Conserved Molecular Framework for Compound Leaf Development

evolution
The Eocyte Hypothesis and the Origin of Eukaryotic Cells [commentary]
The Archaebacterial Origin of Eukaryotes

computational biology
Dependence of Bacterial Chemotaxis on Gradient Shape and Adaptation Rate

theoretical biology
Self-Organization of Topological Defects due to Applied Constraints

Brouwer Fixed Point Theorem

2009-01-14T00:01:00.006+08:00

posts in this series:
Atiyah-Singer Index Theorem,
Hairy Ball Theorem

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果然...
毛球定理是某個固定點定理(Brouwer F. P. T.)的S^2特例
每次讀幾何都會遇到令人驚奇的事情:)
近來有改行研究geometry/topology的衝動
看來蔡宜洵這學期的幾何教學大大的成功啊

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posts in this series:
Nash Equilibrium

Hairy Ball Theorem

2009-01-03T16:01:00.010+08:00

posts in this series:
Atiyah-Singer Index Theorem

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順著Gauss-Bonnet Thm的思維
可以得到Poincaré-Hopf Index Theorem
P.-H.I.T.得到的結果是相當令人驚訝的
因為sum of indices竟然與向量場無關而和流形的拓樸有關
從P.-H.I.T.出發
我們又可以得到著名的毛球定理Hairy Ball Thm
毛球定理在大氣動力學上有個相當有趣的推論
而其定理形式與固定點定理Fixed Point Thm又有神似之處
It's really awesome!

do Carmo在他的課本上這樣寫著──
"The Gauss-Bonnet theorem is probably the deepest theorem in the differential geometry of surfaces."

雖然分數應該不會太好看
但這學期修幾何的經驗是相當愉快的
下學期蔡宜洵會開幾何概論
(historical approach on non-Euclidean geometry, I think)
黃武雄會開大域微分幾何
特別是黃武雄的一番話實在深深的感動了我──
"...關於曲面幾何，大域性質通常都是non-trivial。
每一個大域定理，都隱藏某種原創性的想法。
這是大域幾何最吸引人的地方。
欣賞幾何學家的洞察力，便是十分愉快的經驗。..."
寒假時該好好考慮下學期要不要繼續學幾何:)

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posts in this series:
Brouwer Fixed Point Theorem,
Nash Equilibrium

Atiyah-Singer Index Theorem

2008-12-28T15:44:00.013+08:00

這學期會決定修幾何除了排課上的技術問題外
主要的動機應該源於三年前丘成桐的演講
而最後一根稻草則是去年讀到的這篇nature review

如果說我學classical diff geo有什麼實用目的
大概就是弄清楚Gauss-Bonnet Thm的來龍去脈
近日蔡宜洵開始談G.-B.T.時說
G.-B.T.只是Atiyah-Singer Index Thm的special case
才驚覺Gauss-Bonnet Thm的優雅深邃
並不止於其最為人熟知的表象上(幾何與拓樸的橋樑)
其根源於Gauss的測地實務而至管窺宇宙最深層的實在
......
證明了一個定理真的不代表了解該定理背後可能的蘊涵
A.-S.I.T.某些版本的證明手法甚至是受到物理的啟發而來
隱藏在世界繽紛樣貌背後那一以貫之的道啊！

下節錄自Atiyah和Singer獲頒Abel Prize時的prize announcement──

Scientists describe the world by measuring quantities and forces that vary over time and space. The rules of nature are often expressed by formulas, called differential equations, involving their rates of change. Such formulas may have an "index," the number of solutions of the formulas minus the number of restrictions that they impose on the values of the quantities being computed. The Atiyah–Singer index theorem calculated this number in terms of the geometry of the surrounding space.

A simple case is illustrated by a famous paradoxical etching of M. C. Escher, "Ascending and Descending," where the people, going uphill all the time, still manage to circle the castle courtyard. The index theorem would have told them this was impossible.

不得不提一下
title連結的那篇文章寫得十分清晰易懂
沒什麼接觸數學的人看了應該也會大受感動才是XD

BTW,
因為那篇文章我才知道原來theorem跟theater同字源──
theorem: worthy of closer examination and appreciation
僅僅一個字就道盡了數學本質上的真與美！

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posts in this series:
Hairy Ball Theorem
Brouwer Fixed Point Theorem,
Nash Equilibrium

Songs from Disney Films

2008-12-27T22:01:00.003+08:00

不小心撞見了許多曾經之於我意義重大的片段:)

Circle of Life from The Lion King
original movie clip (English)
original movie clip (French)

Colors of the Wind from Pocahontas
original movie clip (English)
original movie clip (French)

Go the Distance from Hercules
original movie clip (English)
original movie clip (French)

On the Way (Mulan Revisited)

2008-12-27T20:16:00.003+08:00

Two inspiring songs from Mulan

Know yourself; 本覺真如

Reflection
[original movie clip by Lea Salonga
pop version by Christina Aguilera
violin by Vanessa-Mae]

Look at me
You may think you see who I really am
But you'll never know me
Every day, is as if I play apart
Now I see if I wear a mask
I can fool the world
But I can not fool my heart

Who is that girl I see
Staring straight back at me?
When will my reflection show
Who I am inside?

I am now in a world
Where I have to hide my heart
And what I believe in
But somehow I will show the world
What's inside my heart
And be loved for who I am

Who is that girl I see
Staring straight back at me?
Why is my reflection
Someone I don't know?

Must I pretend that I'm someone else for all time?
When will my reflection show who I am inside?

There's a heart that must be free to fly
That burns with a need to know the reason why
Why must we all conceal
What we think
How we feel
Must there be a secret me I'm forced to hide?
I won't pretend that I'm someone else for all time
When will my reflections show
Who I am inside?
When will my reflections show
Who I am inside?

Determination & Responsibility; 精進修行

I'll Make a Man Out of You
[original movie clip by Donny Osmond
Chinese movie clip by Jacky Chan
pop version (Mandarin) by Jacky Chan
pop version (Cantonese) by Jacky Chan]

Let's get down to business
To defeat the Huns
Did they send me daughters
When I asked for sons?
You're the saddest bunch I ever met
But you can bet before we're through
Mister, I'll make a man out of you

Tranquil as a forest
But on fire within
Once you find your center you are sure to win
You're a spineless, pale pathetic lot
And you haven't got a clue
Somehow I'll make a man out of you

I'm never gonna catch my breath
Say good-bye to those who knew me
Boy, was I a fool in school for cutting gym
This guy's got 'em scared to death
Hope he doesn't see right through me
Now I really wish that I knew how to swim

(Be a man)
We must be swift as the coursing river
(Be a man)
With all the force of a great typhoon
(Be a man)
With all the strength of a raging fire
Mysterious as the dark side of the moon

Time is racing toward us till the Huns arrive
Heed my every order and you might survive
You're unsuited for the rage of war
So pack up, go home you're through
How could I make a man out of you?

(Be a man)
We must be swift as the coursing river
(Be a man)
With all the force of a great typhoon
(Be a man)
With all the strength of a raging fire
Mysterious as the dark side of the moon

Selected Papers 122008

2008-12-20T09:18:00.002+08:00

prokaryotic cytoskelton, evolution
Cell Sorting Protein Homologs Reveal an Unusual Diversity in Archaeal Cell Division [commentary]
A Role for the ESCRT System in Cell Division in Archaea
A Unique Cell Division Machinery in the Archaea

comment: Two groups have identified the cell division components in one of the main archaeal phylum, Crenarchaeota. This solves the long-puzzling question that how Crenarchaeotes execute cytokinesis without any known tublin or actin homologs and provides some clue about evolutionary relationship between Bacteria, Archaea and Eukarya.

biophysics
Cell Shape and Cell-Wall Organization in Gram-Negative Bacteria
Membrane Shape as a Reporter for Applied Forces
Receptor Noise Limitations on Chemotactic Sensing

imaging
Characterizing Heterogeneous Cellular Responses to Perturbations

cell biology, theoretical biology
Negative Feedback that Improves Information Transmission in Yeast Signalling

plant developmental biology
Developmental Patterning by Mechanical Signals in Arabidopsis

ecology, theoretical biology
Strong Effect of Dispersal Network Structure on Ecological Dynamics

evolution
Reverse Engineering the Genotype-Phenotype Map with Natural Genetic Variation [review]

theoretical biology
Extinction and Resurrection in Gene Networks
Ordered Cyclic Motifs Contribute to Dynamic Stability in Biological and Engineered Networks

Les Misérables

2008-12-18T22:12:00.003+08:00

Comment faire un monde sans misère et sans frontières?

看了教官的這篇《土地銀行》
心中的難過已經沒法用言語形容了
自認受Victor Hugo影響甚深
自認有人道關懷的襟懷與實踐
自認有在省察世間的幽暗與苦難
？
進台大後的資源豐富
我也成了一個何不食肉糜的腐儒
對室友鎮日除了睡覺以外就是打電動的生活方式
一直疑惑何以台大學生可以這樣浪費國家資源卻不知反省
但我卻沒有質疑自己為何會對
可以拿國科會的經費報研討會的帳不用自付餐宿這樣的事情
覺得自己賺到了
真是糟糕到了極致

只能坐在電腦前聽Condamnés讓自己更難過
唉

Selected Papers 120508

2008-12-05T22:22:00.002+08:00

genetics, biophysics
Stochasticity and Traffic Jams in the Transcription of Ribosomal RNA: Intriguing Role of Termination and Antitermination

cell biology, eukaryotic cytoskeleton, theoretical biology
Regulation of Microtubule Dynamics by Reaction Cascades Around Chromosomes

cytoskeleton
Detection of GTP-Tubulin Conformation in Vivo Reveals a Role for GTP Remnants in Microtubule Rescues

cell biology
Polarity and Differential Inheritance-- Universal Attributes of Life? [review]
Determination of Bacterial Rod Shape by a Novel Cytoskeletal Membrane Protein
Network Hubs Buffer Environmental Variation in Saccharomyces cerevisiae
Real-Time Luminescence Monitoring of Cell-Cycle and Respiratory Oscillations in Yeast

synthetic biology
Design Principles of Biochemical Oscillators [review]
A Fast, Robust and Tunable Synthetic Gene Oscillator

developmental biology, evolution
Evolution Acts on Enhancer Organization to Fine-Tune Gradient Threshold Readouts

ecology
Defined Spatial Structure Stabilizes a Synthetic Multispecies Bacterial Community

theoretical biology
Interaction Stochasticity Supports Cooperation in Spatial Prisoner's Dilemma
Oscillations and Patterns in Interacting Populations of Two Species

imaging
Fluorescent Probes for Super-Resolution Imaging in Living Cells [review]
Whole-Cell 3D STORM Reveals Interactions between Cellular Structures with Nanometer-Scale Resolution

Song of the Day

2008-12-01T21:12:00.006+08:00

挑了很久
決定是......

となりのトトロ My Neighbor Totoro :)
[selected youtube videos 1, 2; mp3]

トトロ　トトロ
Totoro, Totoro
トトロ　トトロ
Totoro, Totoro

だれかが　こっそり
小路に　木の実　うずめて
Someone planted some seeds on the footpath in secret
ちっさな芽　生えたら
And if you find small buds
秘密の暗号　森へのパスポート
It's the secret password; it's the passport to the forest
すてきな冒険はじまる
Now your wonderful adventure starts

となりのトトロ　トトロ
My neighbor Totoro, Totoro
トトロ　トトロ
Totoro, Totoro
森の中に　むかしから住んでる
Living in the forest from ancient days
となりのトトロ　トトロ
My neighbor Totoro, Totoro
トトロ　トトロ
Totoro, Totoro
子供のときにだけ
You can see them only when you are kid
あなたに訪れる
不思議な出会い
It's an amazing encounter

雨ふり　バス停
In a raining day, at a bus stop
ズブヌレ　オバケがいたら
If you encounter a soaking giant
あなたの雨ガサ
さしてあげましょ　森へのパスポート
Don't be afraid just pass your umbrella to him;
it's the passport to the forest
魔法の扉　あきます
Now the magical door opens to you

となりのトトロ　トトロ
My neighbor Totoro, Totoro
トトロ　トトロ
Totoro, Totoro
月夜の晩に　オカリナ吹いてる
They play ocarina under the moonlight
となりのトトロ　トトロ
My neighbor Totoro, Totoro
トトロ　トトロ
Totoro, Totoro
もしも会えたなら
If you can meet them
すてきな　しあわせが
あなたに来るわ
A beautiful happiness will fall to you

今天唯一的願望就是希望到老
都能很快樂地唱這首歌
還能用這樣的角度看世界:)

謝謝今天祝福我的人
我沒什麼東西可以送給你們
那就一起聽となりのトトロ吧XD

Selected Papers 113008

2008-11-30T00:18:00.002+08:00

genetics
Signatures of Combinatorial Regulation in Intrinsic Biological Noise

biophysics
Exciting Cytoskeleton-Membrane Waves

theoretical biology
Scale-Free Networks as Entropy Competition

biochemistry
The Molecular Face of Lipid Rafts in Model Membranes

microscopy, developmental biology
Reconstruction of Zebrafish Early Embryonic Development by Scanned Light Sheet Microscopy

microscopy, cell biology
Multiplexed FRET to Image Multiple Signaling Events in Live Cells

ecology
The Interaction between Predation and Competition

Apron Strings 家事美人

2008-11-20T21:15:00.003+08:00

We have more in common with each other across cultures than we think.

--Sima Urale

看完之後不後悔選了這部片子
這個評論寫得不錯
所以我不打算再寫一篇XD

框架、限制、不完美
轉身？面對？放下？寬容？

對我而言
場景與對話相當親切
議題與思想很對口味

綜觀之
顯然導演並沒有要讓觀眾有大的情緒起伏
但一股淡淡的感覺會緩緩釋放:)
Still waters run deep.
****推薦之
(雖然在台灣幾乎不可能再看到這部片XD)