Selected Papers 073011

biochemistry
A Synthetic Prestin Reveals Protein Domains and Molecular Operation of Outer Hair Cell Piezoelectricity

genetics
Fundamental Relationship between Operon Organization and Gene Expression

autophagy
SNARE Proteins Are Required for Macroautophagy
Autophagosome Precursor Maturation Requires Homotypic Fusion
Mitochondria Regulate Autophagy by Conserved Signalling Pathways
Distinct Autophagosomal-Lysosomal Fusion Mechanism Revealed by Thapsigargin-Induced Autophagy Arrest

cell biology
On a Bender—BARs, ESCRTs, COPs, and Finally Getting Your Coat [review]
The Nucleoplasmic Reticulum: Form and Function [review]
Metazoan Operons Accelerate Recovery from Growth-Arrested States
Feedback Control in Sensing Chromosome Biorientation by the Aurora B Kinase
Dynamics of Cdk1 Substrate Specificity during the Cell Cycle
Temporal and Spatial Oscillations in Bacteria [review]
Modularity of the Bacterial Cell Cycle Enables Independent Spatial and Temporal Control of DNA Replication
Micropatterned Mammalian Cells Exhibit Phenotype-specific Left-right Asymmetry

cell biology, evolution
Evolution of the Mitochondrial Fusion–Fission Cycle and Its Role in Aging
Non-adaptive Origins of Interactome Complexity

cell biology, modeling
Turing's Next Steps: The Mechanochemical Basis of Morphogenesis [perspective]

developmental biology
Scales of Understanding in Biological Development [special issue]
A Decade of Developmental Cell [special issue]

neuroscience
Perceiving Spatial Relations via Attentional Tracking and Shifting
The Human Visual System's Assumption That Light Comes from Above Is Weak

neuroscience, modeling
Using Theoretical Models to Analyse Neural Development [review]

ecology
How Social Influence can Undermine the Wisdom of Crowd Effect
Gene Flow Increases Fitness at the Warm Edge of a Species’ Range
Aerosol–cloud–precipitation System as a Predator-prey Problem

evolution
Chaos and Unpredictability in Evolutionary Dynamics in Discrete Time

imaging
Fast, Three-dimensional Super-resolution Imaging of Live Cells

論文致謝

真的沒想到，這個當初合力接手時，還深埋在荊棘荒礫中的小苗，在眾人的心力灌溉下，短短一年不到的時光就能如此茁壯。雖然還未到花開果熟的時節，但抬頭仰望那鮮綠的枒葉，或者低頭俯瞰它堅穩的腳根，抑或伸手撫抱它那年輕卻已佈滿歲月滄桑紋理的枝幹，就足以讓我心裡漾起一抹微笑──是的，正如收穫季節你會在農夫臉上見到的，那種陽光下滴滴汗水揮灑凝聚而成的笑容。

這個研究主題能有今日的生機盎然，首先要感謝我現在的指導教授楊維元老師。想起碩一下在原本的題目遇到瓶頸時，雖然那時候還不是實驗室的一份子，老師卻樂意聽我訴苦，並給我許多實用可行的建議；也記得某晚心情極糟時，冒昧打電話給老師，打算問問看可能的解決辦法，想不到老師真的大半夜跑出來陪我聊天，雖然事情最後並不是朝原先所想的那樣發展。無論如何，真的感謝老師給我這個機會學習PALM這個在生物顯微技術領域中相當新穎的方法，從架設光路、使用電腦控制周邊設備、組裝符合運算需求的電腦、設定Linux作業環境，到寫程式分析資料。雖然因為老師總是讓我們自己嘗試，所以過程中遇到很多障礙，不過還好老師也會適時地幫忙分析、排除問題，柳暗花明後又是一條可行的小徑。

碩士班兩年的歲月，待在實驗室的時間少說也有三分之一，要是沒有身邊夥伴的引領與支持，大概沒有辦法完成手上這本論文。首先是正偉，謝謝你在我碩一下的那段黑暗時光，願意花時間聽我的抱怨、打消我想要放棄的念頭，在當時的一片闇黑渾沌中，你是少數的光亮與溫暖。接下來是聿賢，謝謝你願意和我分享一切你所知道的，無論是實驗上的、生活上的，還是海賊王；當實驗操作或是程式除錯遇到困難時，總是有人可以討論的感覺很好。再來是惠君跟柏樺，謝謝你們教我許多細胞與分生實驗的技巧，還有實驗室裡大大小小儀器的操作。最後要謝謝旭祺、顯壹和佩璇，還好一路上有你們三個好同學的互相扶持，讓我的奮鬥不顯得孤單。

此外，我要真心感謝在這兩年內，特別是我換實驗室前後的那段日子，曾經陪我聊天，甚至出過好主意的朋友與師長們：遠在UCSD的家宜以及NYU的暐翔學長，有你們走在前方，讓我更有勇氣朝理論生物學的未知疆域前進；國中時代的好朋友映均和大學時期的好學弟明翰，你們的故事分享，讓我知道每個實驗室或家庭都有本難念的經；還有景旭、桑傑、宗諺、慧柔、明媛、景賀、國華、彥鈞、振華、姜寧、幸怡、婕媞、冠毅、雅丹、惠明、乙雯、禮鋒學長、信增學長，你們適時的關心鼓勵或幫忙，讓我看見這個世界最美好的一面；當然也要謝謝王致恬老師、何佳幸老師、吳世雄老師、張震東老師，願意同年輕氣盛的我分享你們珍貴的人生歷練。

人總要經過磨難才能有所成長，研究工作也是如此。所以我要感謝王偉仲老師、陳光超老師和陳培菱老師，對於我們的主題與我的論文中尚待補強之處所給的批判與建議，無論是軟硬體部分的可能提升，還是生物學與實驗上的邏輯思考。此外，我也應該感謝之前的指導教授史有伶老師，在我分生與生化實驗技術上的教導與啟發。

另外，我要感謝這一路上遇到的各個繽紛有趣的生物們，特別是那些出沒或是定居在台大農場中的，你們身上展現的動人生命力與複雜秩序，是促使我繼續前進的原動力；還有佛法僧三寶與眾多在佛學上的良師益友，特別是台大晨曦社的各位、曾德明老師和林純瑜老師、聖嚴師父與法鼓山僧團，以及一行師父與梅村僧團，是你們讓我找回生命中真正的安穩。

最後，我要謝謝我的好朋友與家人們：首先是向上和為晋，感謝你們對我智識上的啟發，即使你們知道我有很多會讓人不快的脾氣和個性，還是願意在我最需要的時候聆聽陪伴，你們的友誼就像月光，單純卻有照亮我心中黑暗的力量；再來是耀華，雖然我們認識不久，但和你無意間的再次相遇，讓我重新找回生命裡失落已久的開朗和樂觀；當然最該感謝的，是願意容忍我不當濟世救人的醫生、讓我得以追求自己夢想的爸爸和媽媽。

實驗技術終究會過時，科學理論常常會被修正，但生命裡有些事物，我相信是可以恆久長存的。正如席慕蓉在〈詩的成因〉中所寫的：「為了爭得那些終必要丟棄的／我付出了／整整的一日啊　整整的一生／日落之後　我才開始／不斷地回想／回想在所有溪流旁的／淡淡的陽光　和／淡淡的花香」謹以此篇致謝，聊記這些輕柔美好的陽光與花香。