Selected Papers 121711

biochemistry
How Fast-Folding Proteins Fold
A Mechanism for the Evolution of Phosphorylation Sites

biophysics
Chemically Mediated Mechanical Expansion of the Pollen Tube Cell Wall
Nonequilibrium Candidate Monte Carlo Is an Efficient Tool for Equilibrium Simulation

autophagy
Autophagy: Renovation of Cells and Tissues
Autophagy [special issue]
Canonical and Non-canonical Autophagy: Variations on a Common Theme of Self-eating? [perspective]
Atg8 Transfer from Atg7 to Atg3: A Distinctive E1-E2 Architecture and Mechanism in the Autophagy Pathway
Structural Basis of Atg8 Activation by a Homodimeric E1, Atg7
Microtubule-associated Protein 1 Light Chain 3 Alpha (LC3)-associated Phagocytosis Is Required for the Efficient Clearance of Dead Cells

cell biology
ER Tubules Mark Sites of Mitochondrial Division
Extracting a Cellular Hierarchy from High-Dimensional Cytometry Data with SPADE
Linking Flickering to Waves and Whole-Cell Oscillations in a Mitochondrial Network Model
Physical Limits of Cells and Proteomes
A Quantitative Model for Ordered Cdk Substrate Dephosphorylation during Mitotic Exit
A Highly Dynamic ER-Derived Phosphatidylinositol-Synthesizing Organelle Supplies Phosphoinositides to Cellular Membranes

developmental biology
Measurement and Perturbation of Morphogen Lifetime: Effects on Gradient Shape

developmental biology, computational biology
Dynamics and Control of State-dependent Networks for Probing Genomic Organization

ecology, computational biology
Bayesian Modeling to Unmask and Predict Influenza A/H1N1pdm Dynamics in London
Temporal Dynamics of Bacterial Aging and Rejuvenation

evolution, computational biology
Predictability of Evolutionary Trajectories in Fitness Landscapes

imaging
Single-Molecule Transcript Counting of Stem-Cell Markers in the Mouse Intestine
A Reversibly Photoswitchable GFP-like Protein with Fluorescence Excitation Decoupled from Switching
Probing Protein Heterogeneity in the Plasma Membrane Using PALM and Pair Correlation Analysis

Song of the Day

今年的生日選歌是梅村的Happiness is here and now :)

相當感謝在過去一年艱辛的日子中，
仍有許多善良的因緣匯集與種子萌發。

首先是一行師父跟梅村僧團（還有晨光跟游老師等...）
讓我在強烈的世俗八風席捲過後，
還能重新找回安穩與自在，
即使必須以相當短的時間弄好碩論和申請學校的考試與資料，
還是可以隨時回到當下，按部就班地把事情完成

再來是四位幫我寫推薦信的老師們
本年度的奮戰目標有一半正好deadline在12/01，
看到學校網頁顯示letter received，
真的是今年最大的生日禮物:)

還有實驗室的大家以及眾多在國外的同學與朋友們
感謝你們無私的幫助，
今年如果真的能申請到學校&&未來能有任何好的成就，
你們功不可沒;)

不能不提本年度幾個新認識的朋友們
從你們每個人獨特的life history，
我成長了很多而且多了不少歡樂的時光;D

最後很感謝100-1T的準POA們
認識你們讓我有機會開拓原本狹隘的視野、
得以學著在種種環境中掌握心緒轉化心念；
還有幾個原本就認識的同學朋友沒注意到我的生日，
讓我可以平平安安地渡過莒光日。
星期四吃晚餐前在餐廳門口，
陳宜嶸說他很累問我要不要當一日POA，
原本讓我以為別有陰謀，
不過在我直接回絕後他的反應讓我知道應該是多慮了。
記不記得生日這種很表層的東西向來不是我衡量友誼的標準，
今年生日最快樂的兩個moments要感謝楊智凱跟黃顯欽：
星期四下午楊智凱轉診失敗跑過來坐我這邊哈幹，
我很喜歡跟別人聊biology &&
謝謝你幫忙看了我已經送出去的申請資料，
並給了一些要是今年失敗明年再來時有用的意見，
還有謝謝你覺得我自認寫得沒有很好的PHS很不錯，
把它推銷出去給江杰翰過目還有被小小地傳閱了一番，
這給我帶來不少的信心:)
星期四洗完澡黃顯欽又啓動了Dixit邀約，
玩得很開心雖然被集合打斷不過我是該回合的最高分呵呵:)
雖然天性有Dororo...uhhh...
或者說很容易就變成路邊一棵不起眼的松樹的傾向，
而且實際上我很喜歡這種一個人靜靜地看世界變化的感覺，
不過對於偶爾路過願意駐足聊聊我們各自眼中的世界或是
常常跑來跑來拍拍枝幹澆澆養分與水的人們，
你們會是大樹願意在烈陽下提供遮蔽暴雨中提供躲藏的朋友:)