Selected papers 080308

theoretical biology
Bosonic Reaction-Diffusion Processes on Scale-Free Networks

evolution, ecology, theoretical biology
Evolution of Flowering Decisions in a Stochastic, Density-Dependent Environment

prokaryotic cytoskeleton
FtsW Is a Dispensable Cell Division Protein Required for Z-Ring Stabilization during Sporulation Septation in Streptomyces coelicolor

Selected Papers 072608

theoretical biology
Life, Logic and Information [perspective]

cell biology, synthetic viology
Building the Cell: Design Principles of Cellular Architecture [review]

evolution, genetics
Conservation and Topology of Protein Interaction Networks under Duplication-Divergence Evolution

cytoskeleton
The Role of Microtubule Movement in Bidirectional Organelle Transport

membrane biology, theoretical biology
Lipid Localization in Bacterial Cells through Curvature-Mediated Microphase Separation

membrane biology, biochemistry
Factors Influencing Local Membrane Curvature Induction by N-BAR Domains as Revealed by Molecular Dynamics Simulations

bacteriology, biophysics
Tightly Regulated and Heritable Division Control in Single Bacterial Cells

prokaryotic cytoskeleton, microscopy
Investigating Intracellular Dynamics of FtsZ Cytoskeleton with Photoactivation Single-Molecule Tracking

Helicobacter pylori Revisited

剛剛在yclou的網誌上看到這篇──
揭開幽門桿菌致病之謎

曾經身為Helicobacter pylori宿主的我
(假如9個月前的test result不是false-negative
現在應該不是了)
興致盎然的讀了一遍
發現了一件令我驚訝的事──
「...同受幽門螺旋桿菌感染，
十二指腸潰瘍的患者與胃潰瘍患者，
在統計上卻並沒有任何的重疊。」

天啊
那我不就是一個天大的例外XD

[A Black Month 部分未公開的故事將首度在此揭露！]

去年第一次照胃鏡時
執行者(絕對)是個資淺的內科醫師
(我相信我當時的病情還滿嚴重的
而且是第一次照胃鏡
但也不至於嚴重到
要來來回回抽動鏡管
還有在我胃裡打氣抽氣那麼多次= =)

當時他親口告訴我
我的duodenal ulcer頗嚴重的
不久又非常驚訝地告訴我
我有兩個範圍較小的gastric ulcers
我當時不知道為什麼他的口氣會那麼suprising
現在終於知道原因了XD

當時這個醫生似乎還有看到什麼奇特詭譎的現象
急忙請別人找來在別間內視鏡室看診的某胃腸肝膽科大P
(沒特別注意這大P是誰
當時還滿痛苦的XD)

不過大P很忙...
因此我的消化道白白地多插了5分鐘的內視鏡管= =+
(聽說別人照胃鏡都在5分鐘內結束
我大概照了20-30分鐘吧orz)

更可惡的是
大P來的時候
這個醫生竟然找不到那個奇特詭譎的現象
又多花了5分鐘= =+
大P不想等了就走了XD

更讓我確定這個醫生很資淺的原因在於
他在看到奇特詭譎的現象的時候
竟然沒有拍照= =+
死無對證
沒人知道他到底看到什麼...

另外
他收我的病理切片收得很爽
完全不管我的死活= =+
因為即使沒有那個奇特詭譎的現象
我還是個天大的例外

故事先說到這

醮 Miroirs de Vie

古老的記憶，在深遠空靜的舞台
緩緩細說......

虔敬的儀式，在難以覺察的移動間
凝神進行......

──林麗珍

神秘肅穆的黑暗
千百盞掩映的燭光
靜坐於舞台中央的生命是神鬼仙靈抑或是有血有肉的人

裊裊香煙為誰焚燃
祈神還是祭鬼？

點起一絲光亮映照幽冥
擊響震震鼓聲撼動天地
喚醒了這片土地上前世今生的靈魂
靈魂去去又來來
到底鏤刻著什麼樣的記憶
使之在人世流連

絲縷牽連的情愛
念念思思
We'll stay forever this way
但我們甚至在不同的空間
順流而下的水燈
能否承載這片刻的溫暖
讓你重溫

坎坷曲折的路途
隱沒在漫天紛飛的芒花之後
是人是獸
引火壞滅這一切成灰也似芒花漫天紛飛
燒不去的
只有
苦痛仇恨

燈火水映
梵唄滌得淨這一切這一切？
靈魂來來又去去
無悲無喜的眼淚
究竟是怎樣的滋味

(this title originally posted on June 6 '08)

Selected Papers 071708

theoretical biology
The Thermodynamics of Writing a Random Polymer [commentary]
Nonequilibrium Generation of Information in Copolymerization Processes

cell biology, theoretical biology
Differential and Chaotic Calcium Signatures in the Symbiosis Signaling Pathway of Legumes

Selected Papers 071108

biophysics, cytoskeleton
Measuring Molecular Rupture Forces between Single Actin Filaments and Actin-Binding Proteins

prokaryotic cytoskeleton, biophysics
Kinetic Modeling of the Assembly, Dynamic Steady State, and Contraction of the FtsZ Ring in Prokaryotic Cytokinesis

theoretical biology
Social Diversity Promotes the Emergence of Cooperation in Public Goods Games

biochemistry [review]
Enzymes Without Borders: Mobilizing Substrates, Delivering Products

四月望雨

中研院這幾天在開院士會議
今天晚上安排的活動是到國家戲劇院觀賞四月望雨
(整場被中研院包下來了...)
因為上禮拜meeting時老闆說不想去看
所以票就到了我手上
那時候我只知道這是一齣本土音樂劇
拿到票的時候也沒有特別興奮
不過回到宿舍打開電腦
一查卻發現這是關於台灣近代歌謠之父鄧雨賢的故事
(會認識且記得鄧雨賢這個名字
大概要感謝彰中把禮堂/音樂廳取名叫雨賢館XD
關於鄧雨賢其人與其創作請自行搜尋)
才開始有了小期待
不過直到今天踏進戲劇院之後
發現今天這個場合我似乎應該要非常期待才是XD

先不論音樂劇

一進戲劇院後
我依指示往我位置的方向前進
在走道上迎面而來的就是──
李前院長、姚孟肇跟李秀敏
(姚孟肇是分生所所長/動物系學長
李秀敏是分生所研究員/植物系學姊)
一轉頭又看見賴明詔(分生所)
然後進場之後就看到王惠鈞(副院長；生化所)
不久之後也瞄到所長(當然是說生化所...蔡明道啦)走進來
到節目開演前
一堆我認得臉孔但叫不出名字的院士跟研究員陸續湧入
天啊
一生中哪來那麼難得的機會跟那麼多大頭坐在台下看演出
包括中場休息和散場後
面對面碰到且叫得出名字的院士就有
[生科組]
王惠鈞、姚孟肇、賴明詔、林榮耀、羅銅壁、何大一、黃周汝吉的老公
(應該是叫黃秉乾吧，倒是沒注意到黃周汝吉老師XD)、周昌弘、錢煦
[數理組]
李遠哲、劉炯朗、吳茂昆、卓以和、丘成桐
[人文社科組]
完全不熟所以...

回到音樂劇本身

如果你對音樂劇、歌舞劇或是台灣傳統歌謠、語言及文化有興趣的話
我覺得《四月望雨》相當值得一看
個人加加減減評了一下
雖然音樂和演出者的音色等等
相較於幾個大家熟知的音樂劇的經典版本還有努力的空間
但是因為本土文化引發我的共鳴較深
所以仍有A+的評等

下面選幾首已出現在youtube上而且我也覺得很棒的歌(片段)

桃花、櫻花、圓仔花 (閩南)
曲：冉天豪／詞：王友輝

愛　愛：三月天，東風吹，阮是妖嬌的桃花；
美　美：圓仔花，紅花蕊，阮是熱情的姊妹；
珍　珍：櫻花開，四月時，花期短短六七日，
麗　麗：探春期，有對時，百花迎春笑微微。

美、珍：花謝怨春不再回，惜春趁早免後悔，
愛、麗：歌聲隨風四界飛，月娘笑阮想要嫁。
純　純：花落成雨露水凍，莫驚擾人的運命，
花香清幽不染塵，這生美麗的疼痛。

comment:副歌和聲太棒了，歌詞也寫得極好

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我的夢‧我的世界 (客)

曲：冉天豪／詞：楊忠衡、鍾永豐

鄧雨賢：放我走
鍾有妹：你就去尋
鄧雨賢：讓我飛
鍾有妹：你就去闖
鄧雨賢：我想飛過山
鍾有妹：我不計較
鄧雨賢：飛過天空
鍾有妹：我不怨恨

鄧雨賢：放我走
鍾有妹：夜深無盡
鄧雨賢：讓我飛
鍾有妹：我會掌火
鄧、鍾：飛向我的夢，我的世界

鄧雨賢：放我走
鍾有妹：夜深無盡
鄧雨賢：讓我飛
鍾有妹：我會掌火
鄧、鍾：飛向我的夢，我的世界
鍾有妹：等你浪盡，等你歸來。

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明天，我們的世界 (閩南)
曲：冉天豪／詞：王友輝

這個跳舞的黃金時代，怎樣這麼緊就來離開
明天，咱的世界，會變成啥款無人知

陳君玉：我的理想誰人會了解
不只是曲盤轟動的世界
台灣營養不良的症頭
需要特殊的藥方才有效
鄧雨賢：我的音樂誰人會了解
不只是感情虛華的世界
為了未來惦惦 來忍耐
講嘸出的話藏心內

純　純：我的心情誰人會了解
不只是歌聲虛靡的世界
想要那人溫柔來對待
牽我的手，一次再一次
吉　村：在伊身邊我就真滿足
汝毋通笑我哪會這軟弱
為了愛情完滿的結局
就算打斷骨頭我也轉倒勇

白鳥弘：（日語口白）
日本萬歲萬萬歲！天皇萬歲萬萬歲！

群　眾：這個跳舞的太平時代，
怎樣這麼緊就來離開
明天，咱的世界，會變成啥款無人知
明天，咱的世界，會變成啥款無人知

comment:雖然陣容不夠大，但是有One Day More!的味道了！

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大稻埕進行曲 (閩南)
曲：冉天豪／詞：王友輝

二十世紀向前行，文明走入台北城，
美麗花都的形影，要和東京拼輸贏，
黑貓姊啊黑狗兄，跳舞的腳步就愛踏乎定，
自由開化爬山又過嶺，無論啥麼阮是攏莫驚！

攏莫驚，攏莫驚，跳舞的腳步就愛踏乎定，
阮是台北城內，文明的黑貓黑狗兄！
攏莫驚，攏莫驚，跳舞的腳步就愛踏乎定，
阮是世界一等，摩登的黑貓黑狗兄！

Selected Papers 070108

theoretical biology
Limits of Filopodium Stability
Robust, Tunable Biological Oscillations from Interlinked Positive and Negative Feedback Loops

buichemistry, theoretical biology
Cooperativity, Sensitivity, and Noise in Biochemical Signaling
Regulation of Signal Duration and the Statistical Dynamics of Kinase Activation by Scaffold Proteins

comment:
前幾個月在讀Lehninger PoBC Signaling章節
被提醒scaffold proteins在signaling中扮演的角色
當時我覺得這東西在signal network相關理論發展是大有可為的
因為scaffold proteins把molecules在空間中的位置confined住了
temporal和spatial的因素都要考慮

這個問題是過去一年讀生化激發出的想法中
唯一我覺得both biologically and mathematically interesting的
沒想到已經有人著手在做了
而且是MIT的:)
MIT在我心目中的rating又重新回升了XD

theoretical biology, structural biology
Evolving Model of Amino Acid Networks

comment: Very interesting viewpoint!

theoretical biology, cytoskeleton
Bundle Dynamics of Interacting Polar Rods

prokaryotic cell biology, microscopy
Shape of Nonseptated Escherichia coli Is Asymmetric

comment: Of both technical and biological importance.

theoretical biology, ecology
Extinction Risk Depends Strongly on Factors Contributing to Stochasticity

biophysics
Curvature-Driven Lipid Sorting in a Membrane Tubule

dynamical systems
Partial Synchronization of Chaotic Systems with Uncertainty