Selected Papers 062309

biochemistry, biophysics
Emerging Roles for Lipids in Shaping Membrane-Protein Function [review]
Geometric Considerations in Virus Capsid Size Specificity, Auxiliary Requirements, and Buckling

molecular biology
DNA Looping Provides Stability and Robustness to the Bacteriophage λ Switch

prokaryotic cytoskeleton
Recruitment of Condensin to Replication Origin Regions by ParB/SpoOJ Promotes Chromosome Segregation in B. subtilis
Recruitment of SMC by ParB-parS Organizes the Origin Region and Promotes Efficient Chromosome Segregation
In Escherichia coli, MreB and FtsZ Direct the Synthesis of Lateral Cell Wall via Independent Pathways That Require PBP 2
Modeling the Physics of FtsZ Assembly and Force Generation

eukaryotic cytoskeleton
Transformation from Spots to Waves in a Model of Actin Pattern Formation
Structural Memory in the Contractile Ring Makes the Duration of Cytokinesis Independent of Cell Size
γ-Actin Is Required for Cytoskeletal Maintenance but not Development

cell biology
Decoding of Cytoplasmic Ca²⁺ Oscillations through the Spatial Signature Drives Gene Expression
Understanding the Warburg Effect: The Metabolic Requirements of Cell Proliferation [review]
Polar Gradients of the DYRK-Family Kinase Pom1 Couple Cell Length with the Cell Cycle
A Spatial Gradient Coordinates Cell Size and Mitotic Entry in Fission Yeast

plant physiology
Exchange of Genetic Material Between Cells in Plant Tissue Grafts

developmental biology
Interactions between Zebrafish Pigment Cells Responsible for the Generation of Turing Patterns

neuroscience
Hippocampal Theta Oscillations Are Travelling Waves

evolution
In the Light of Evolution III

theoretical biology
Entraining the Topology and the Dynamics of a Network of Phase Oscillators
Asymmetry-Induced Effects in Coupled Phase-Oscillator Ensembles: Routes to Synchronization
Evolutionary Dynamics in Set Structured Populations
Heterogeneous Preferences, Decision-Making Capacity, and Phase Transitions in a Complex Adaptive System
An Experimental Design Method Leading to Chemical Turing Patterns

Selected Papers 062009

chemical biology, evolution
Protein Dynamism and Evolvability [review]

molecular biology, biophysics
The Emergence of Lineage-Specific Chromosomal Topologies from Coordinate Gene Regulation

prokaryotic cytoskeleton
Bacterial Cell Curvature through Mechanical Control of Cell Growth
The Conserved C-terminal Tail of FtsZ Is Required for the Septal Localization and Division Inhibitory Activity of MinC^C/MinD

eukaryotic cytoskeleton, cell biology
Self-Organization of Dynein Motors Generates Meiotic Nuclear Oscillations

neuroscience, cell biology
Ion Channels versus Ion Pumps: The Principal Difference, in Principle [review]

developmental biology, cell biology
Multiscale Modeling of Form and Function [review]

ecology
The Architecture of Mutualistic Networks Minimizes Competition and Increases Biodiversity

computational biology
Complex Systems: From Chemistry to Systems Biology Special Feature

theoretical biology
Inherent Noise Can Facilitate Coherence in Collective Swarm Motion

玉簪記 A New Edition of the Jade Hairpin

(this title originally posted on May 21 '09)

這回的《玉簪記》在藝術和思想上的表現
對我而言真的是amazing
演員的眼神唱腔動作、
服裝舞台和燈光設計、
背景音樂書畫的律動、
戲目意境和整體結構......

更讓我驚嘆的是
在生動逗趣的對戲背後竟然可以潛藏如此深刻的衝突與辯證
[黃武雄老師在課堂閒聊中曾論及中國缺少辯證的傳統
我當時對這樣的想法就深感懷疑
看了《玉簪記》之後更讓我確信這樣的說法有再斟酌的必要]

不過值得注意的是
《玉簪記》原著為明代的傳奇
明清小說對佛教大多存有誤解而且持貶抑的態度
[一個例子是"尼姑"這個有貶意的詞
這樣的稱呼應該就是元明之際出現的
而到現在一般人還是這樣用
上面的比丘尼維基條目裡頭還有三姑六婆的框框...]
高濂的原著也不例外
而來到了現代
錯誤的理解還是繼續存在
無論是楊聰財醫師的這篇〈玉簪記裡的天使與魔鬼〉
還是張淑香老師在《色膽包天玉簪記》裡頭的〈聖俗色空的辯證〉
都對佛學義理跟實踐有不正確的論斷跟詮釋
而楊醫師對佛教的發展與演進還作了時序倒置的理解
[奚淞的〈護花使者〉是我認為寫得比較好的
BTW,從奚淞的眾多作品可以感受得到其修行體悟有相當的境界:)]

是俗是聖
不是從表相可以評斷的
聖俗之間
也非兩相對立的境界
然而
色不異空空不異色色即是空空即是色
絕非模糊流動妥協
這樣深刻的見地
不經精進的修行是無從了悟的

Selected Papers 061809

cell biology
Geometric Cue for Protein Localization in a Bacterium
Sensing Chromosome Bi-Orientation by Spatial Separation of Aurora B Kinase from Kinetochore Substrates

cytoskeleton, cell biology
Spindle Fusion Requires Dynein-Mediated Sliding of Oppositely Oriented Microtubules
Membrane Scission by the ESCRT-III Complex

prokaryotic cytoskeleton, cell biology
Assembly of the MreB-associated cytoskeletal ring of Escherichia coli

prokaryotic cytoskeleton, physical biology
Pulling Helices inside Bacteria: Imperfect Helices and Rings

signaling, cell biology, computational biology
Positional Information Generated by Spatially Distributed Signaling Cascades

plant physiology
Spatiotemporal Dynamics of the Electrical Network Activity in the Root Apex

developmental biology, theoretical biology
Canalization of Gene Expression and Domain Shifts in the Drosophila Blastoderm by Dynamical Attractors

theoretical biology
Explosive Percolation in Random Networks
The Outbreak of Cooperation among Success-Driven Individuals under Noisy Conditions

imaging
Imaging Biological Structures with Fluorescence Photoactivation Localization Microscopy

翠池的玉山圓柏

在維管束課上看到翠池旁的玉山圓柏林的照片
第一個感覺就是他們長的太像一群樹人了:)



希望今年有機會上雪山走走！

Shenandoah

今晚在MPR聽到米國民謠Shenandoah
這是我第一次聽到這首歌
深受感動
與你分享之

ver.1 by Sissel Kyrkjebø
[BTW, Sissel的歌聲真的很棒
但不知道為什麼在台灣沒有知名度]

ver.2 by Cologne Cathedral Boys' Choir

Oh, Shenandoah, I long to hear you
Away, you rolling river
Oh, Shenandoah, I long to hear you
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

Oh, Shenandoah, I love your daughter
Away, you rolling river
Oh Shenandoah, I love your daughter
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

Oh, Shenandoah, I'm bound to leave you
Away, you rolling river
Oh, Shenandoah, I'm bound to leave you
Away, we're bound away, cross the wide Missouri

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既然都提到了Sissel而且正值畢業時節
就再分享一首Auld Lang Syne吧:)

Alexandre Grothendieck (Revised)

6/5/09

今早黃武雄老師轉來他與講者李信明間的mail往來
老師認為Grothendieck是二十世紀數學界的Mozart
還提到前幾年讀Notices上的Grothendieck傳記時數度老淚縱橫
看來seminar是不去不行了:)

從許多角度看來
Grothendieck都稱得上奇人

• Wikipedia中的Grothendieck條目
• 四年半前台大數學系網站的短聞《Grothendieck的傳奇》──
  

Notices of AMS在十月、十一月號分兩期刊出Allyn Jackson的長文Comme Appele du Neant— As if Summoned from the void: The Life of Alexandre Groththendick。對Grothendieck這位傳奇數學家很好奇的讀者，一定要先睹為快。連結如下：〈十月號〉、〈十一月號〉。
Grothendieck 是20世紀數學家裡，直追Hilbert, Poincaré的數學巨人，是「數學家的數學家」。他本來的研究領域是泛函分析，31歲時即接掌當時剛成立的IHES研究所，11年內（1959-1970），他將IHES打造成數學界的尖端研究所，至今令名不衰，更重要的是，他在這段期間留下的《代數幾何基礎》（EGA）、《代數幾何講稿》（SGA），概念之新穎、結果之深邃，讓看待整個代數幾何領域的觀點，有了全新又劇烈的變化，其影響無遠弗屆，至今毫無衰退的跡象。他也因此獲得 1966年的費爾茲獎。
不過Grothendieck之奇，尚不僅止於此。他也是一個堅定的反戰主義者（也許與他動盪的童年、父親死於納粹有關），為了更加專心於反戰運動，他1970年斷然離開IHES，離棄他必須專心為之的數學，與數學界的關係只是藕斷絲連，1988年六十歲時正式退休，並拒領當時英國皇家學會特別頒給他的Crafoord獎（主要的理由是他的生活費早已足夠，並且不願意為後來的科學研究風氣背書），隨後隱居於法國南部。
1988年退休時，他留給數學界的是他的傳記Récoltes et Semailles（收穫與播種），這本照理說十分重要的傳記，卻一直到2002年終才由Roy Lisker 進行網上英文翻譯，整個翻譯目前還在進行中，有興趣的網友可到〈The Grothendieck Biography Project〉網站閱覽。
網路上還有一個網站〈Grothendieck Circle〉，蒐集了相當多Grothendieck的資料，包括他的數學文獻、傳記材料，家族照片等許多精彩的連結。舉例來說，讀者如果對他拒領Crafoord獎的原因有興趣，可以在這裡找到他的信函連結。
另外，法國數學學會2001年新出版的叢書Documents Mathematiques（數學文獻），首打書就是Correspondance Grothendieck-Serre（Grothendieck與Serre書信集），蒐羅了80幾封1955年到1966年間，代數幾何新觀點風起雲湧時，兩位費爾茲獎大師當時熱烈討論辯詰的精彩心路歷程。（讀者可參看Notices之書評）

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5/26/09

今天在大域微分幾何課後的午餐聚會上
從高連庸學長那裡聽到Grothendieck這號人物
結果晚上馬上就在數學系網站上看到關於他的演講公告──
"阿歷山大‧格羅丁迪克的生涯與業績"

看了Wikipedia上的介紹
唉！真奇人也！

既然有緣一天內聽聞到兩次Grothendieck的名號
那就過去聽一下seminar吧:)

歡迎大家一起來

修課紀念與評等

評等代碼解釋(very personal rating)──
知識(k)；思想(t)；互動(i)；影響(m)

共同必修

101 80001 黃奕珍 國文上 (t++)(i+)m
101 80002 黃奕珍 國文下 (t++)(i+)m
102 83020 林素英 英文一 kt(i+)
102 83030 林素英 英文二 kt(i+)
103 80030 秦曼儀 歷史一 (k+)(t+)(i++)m
103 80040 秦曼儀 歷史二 (k+)(t+)(i++)m
201 101B1 張鎮華 微積分乙上 k(m-)
201 101B2 張鎮華 微積分乙下 k(m-)
202 101A1 林敏聰 普通物理學甲上 (k++)(t++)(m+)
202 101A2 林敏聰 普通物理學甲下 (k++)(t++)(m+)
202 10501 　　　 普通物理學實驗上 i
202 10502 　　　 普通物理學實驗下 i
203 101C0 陳培菱 普通化學丙 ---
203 10500 　　　 普通化學實驗
203 211D0 林萬寅 分析化學丁 k
203 21500 　　　 分析化學實驗 i
203 22200 方俊民 有機化學 (k+)
203 225B0 　　　 有機化學實驗
341 81300 賴顯英 本國憲法 kti(m-)
B01 101A1 黃偉邦 普通生物學甲上
B01 101A1 王俊能 普通生物學甲上 t
B01 101A1 施秀惠 普通生物學甲上 (k-)
B01 101A1 丘臺生 普通生物學甲上
B01 101A2 王淑美 普通生物學甲下
B01 101A2 陳俊宏 普通生物學甲下
B01 101A2 閔明源 普通生物學甲下
B01 101A2 李玲玲 普通生物學甲下
B01 101A2 高文媛 普通生物學甲下
B01 106A1 　　　 普通生物學實驗甲上 k
B01 106A2 　　　 普通生物學實驗甲下 k
B01 21110 鄭石通 細胞生物學
B01 21110 王俊能 細胞生物學 t
B01 21110 黃偉邦 細胞生物學
B01 21110 楊西苑 細胞生物學 (k-)
B01 21110 潘建源 細胞生物學
B01 21110 李心予 細胞生物學 (k-)
B01 21110 柯逢春 細胞生物學 (k-)(t++)(m-)
B01 31110 黃曉薇 遺傳學 (k-)
B01 31110 吳益群 遺傳學 (k-)
B01 31110 周子賓 遺傳學 (k-)
B01 34000 林曜松 生物統計學
B01 34110 李玲玲 生態學 k
B01 34110 林雨德 生態學 (k+)
B01 34110 李培芬 生態學
B01 40010 　　　 書報討論（一）
B01 40020 　　　 書報討論（二）[李士傑 (i-)]
B02 20101 莊榮輝 生物化學上
B02 20101 楊健志 生物化學上 k
B02 20101 李平篤 生物化學上 k
B02 20102 楊健志 生物化學下 k
B02 20102 李平篤 生物化學下 k
B02 20102 張世宗 生物化學下 k
P05 U2020 　　　 生物技術核心實驗 k

選擇必修

B01 22210 黃玲瓏 植物解剖學 (k+)(i+)(m-)
B01 22220 陳香君 植物解剖學實驗 k(i+)
B01 23410 謝長富 臺灣維管束植物與植被 k(m-)
B01 23420 蕭錦隆 臺灣維管束植物與植被實習 (k-)im
B01 31120 謝玉玲 遺傳學實驗 ki
B01 32410 王淑美 植物生理學 (k+)
B01 32420 李中芬 植物生理學實驗 ki
B01 41010 黃火鍊 發生生物學 (k+)
B41 U1150 丘臺生 演化生物學 (k+)(t+)(m-)

生科選修

B01 48900 　　　 生命科學專題討論
B41 U1500 郭鴻基 生命科學數學 t
B41 U1550 閔明源 神經生物學 k
B41 U1550 嚴震東 神經生物學 k
B41 U1590 齊肖琪 病毒生物學 k
B43 U1310 王致恬 神經傳導 (k+)(i+)

數學輔系

201 14410 林紹雄 線性代數一 (k++)(t-)m
201 14420 林紹雄 線性代數二 (k++)(t-)m
201 21310 陳金次 高等微積分一 (k++)(t+)m
201 21320 陳金次 高等微積分二 (k++)(t+)m
201 24900 陳宜良 常微分方程導論 (k+)tm
201 25300 蔡宜洵 幾何學 (k++)(t++)(m+)
201 27100 江金倉 統計導論 k(t+)i
201 30310 陳素雲 數理統計一 (k+)t(i+)m
201 30320 陳素雲 數理統計二 (k+)t(i+)m
221 U3760 黃武雄 大域微分幾何 (k++)(t++)(i++)(m+)

其他選修

103 51510 林純瑜 亞洲佛教 kti(m-)[旁聽]
104 10601 孫效智 倫理學上 (k+)(t+)im
104 10602 孫效智 倫理學下 (k+)(t+)im
209 10120 許晃雄 地球系統科學概論 (k++)(t+)m
209 10120 魏國彥 地球系統科學概論 (k+)(t+)m
209 26400 柯文雄 數值分析 (k-)
621 U6110 謝兆樞 分子遺傳學 (k++)(t+)m

通識

104 14700 柯志明 愛的哲學 (t++)im
204 22000 吳逸民 地球環境概論 (k-)
204 22000 范光龍 地球環境概論 (k-)(t-)(m-)
204 22000 徐美玲 地球環境概論 (k-)
204 22000 林依依 地球環境概論 (k-)(t-)
241 U1280 范光龍 海洋環境概論 (k-)t(m-)
302 20610 黃旻華 統計史導論 (k-)t
303 48900 劉碧珍 國際經濟學導論 k
H01 00500 曾德明 西藏宗教文化 (k+)(t++)(i++)(m+)

體育軍訓

002 10210 康正男 體育一
002 10220 游添燈 體育二 t(i-)
002 20230 呂碧琴 體育三 i
002 20240 黃英哲 體育四 k(i-)
003 10110 王潤身 軍訓一
003 10120 唐瑞和 軍訓二
003 20130 唐瑞和 軍訓三
003 20140 莊炫淦 軍訓四

服務學習

B01 00010 服務一
B01 00020 服務二
B01 00330 服務學習三